Am 25. Oktober 1967 beschloss der österreichische Nationalrat das Forschungsförderungsgesetz, durch das zwei Forschungsförderorganisationen mit eigener Rechtspersönlichkeit – der Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung und der Forschungsförderungsfonds der gewerblichen Wirtschaft – ins Leben gerufen wurden. Die konstituierende Versammlung des damals noch als FFWF bezeichneten Wissenschaftsfonds fand am 4. März 1968 unter dem Vorsitz von Bundesminister Theodor Piffl-Perčević statt, nachdem die Senate und Fakultäten der elf wissenschaftlichen Hochschulen ihre Vertreter:innen in die Delegiertenversammlung gewählt hatten. Wenige Tage später wurden dem Fonds die Aktiva und Passiva des im Jahre 1960 gegründeten Österreichischen Forschungsrats übertragen.
Der rechtliche Rahmen, den das Forschungsförderungsgesetz 1967 bildete, wurde bis heute zweimal verändert, wovon die wesentlichen Elemente und Prinzipien des FWF jedoch unberührt blieben. 1981 erfuhr das Forschungsförderungsgesetz die erste Novellierung durch das Forschungsorganisationsgesetz. Für den FWF brachte das Gesetz hauptsächlich eine Neuerung bei der Zusammensetzung seiner Organe. Sowohl die Delegiertenversammlung als auch das Kuratorium wurden um Vertreter:innen von Verbänden und Interessenvertretungen erweitert. 2004 erfolgte in Reaktion auf das Universitätsgesetz 2002 die zweite große Reform, welche die österreichische Forschungsförderlandschaft umgestaltete. Der FWF wurde reformiert, die im Forschungsorganisationsgesetz vorgenommene Erweiterung der Gremien wurde im Wesentlichen zurückgenommen. Der FWF in seiner heutigen Form ist eine gesetzlich eingerichtete österreichische Institution mit eigener Rechtspersönlichkeit zur Förderung der Grundlagenforschung. Mit dem Forschungs- und Technologieförderungsgesetz erhielt der FWF neue Strukturen, strategische und operative Einheiten wurden getrennt. Ein Aufsichtsrat kontrolliert seit dieser Reform die Arbeit des FWF.