Präsidium
Das Präsidium setzt sich aus dem:der Präsident:in sowie drei wissenschaftlichen Vizepräsident:innen und dem:der kaufmännischen Vizepräsident:in zusammen und koordiniert die Aktivitäten des FWF. Zu seinen Aufgaben gehören die strategische Ausrichtung sowie die Entwicklung und Weiterentwicklung der Förderprogramme. Daneben ist das Präsidium Verhandlungspartner für die Entscheidungsträger:innen der österreichischen und europäischen Forschungspolitik, es arbeitet mit Universitäten und anderen wissenschaftlichen Einrichtungen im In- und Ausland zusammen und repräsentiert den FWF auf nationaler und internationaler Ebene. Die Mitglieder des Präsidiums sind Mitglieder in der Delegiertenversammlung und im Kuratorium. Die wissenschaftlichen Vizepräsident:innen stehen den jeweiligen FWF-Fachabteilungen vor.
Der:Die Präsident:in vertritt den FWF nach außen, führt den Vorsitz im Kuratorium und im Präsidium und leitet die Geschäftsstelle des FWF.
Aufsichtsrat
Der Aufsichtsrat hat zahlreiche Überwachungs- und Zustimmungsbefugnisse. Er fasst unter anderem Beschlüsse über den Jahresabschluss, den Entwurf des jeweiligen Dreijahresprogramms sowie die Finanzierungsvereinbarungen. Er wählt den:die Präsident:in sowie die wissenschaftlichen Vizepräsident:innen aus einem Dreiervorschlag der Delegiertenversammlung. Weiters bestellt er den:die kaufmännische:n Vizepräsident:in nach Anhörung des:der Präsident:in.
Delegiertenversammlung
Die Delegiertenversammlung fasst Beschlüsse über die Geschäftsordnungen für das Präsidium, das Kuratorium sowie für die Delegiertenversammlung selbst und erstellt einen Dreiervorschlag für die Funktion des:der Präsident:in. Weiters wählt sie die Mitglieder des Kuratoriums auf Vorschlag des Präsidiums sowie vier Mitglieder des Aufsichtsrats. Die stimmberechtigten Mitglieder der Delegiertenversammlung setzen sich aus Vertreter:innen der Forschungsstätten zusammen. Darüber hinaus sind auch Vertreter:innen des Bundesministeriums für Klimaschutz, Umwelt, Energie, Mobilität, Innovation und Technologie, des Bundesministeriums für Bildung, Wissenschaft und Forschung sowie das FWF-Präsidium Teil der Delegiertenversammlung.
Kuratorium
Das Kuratorium entscheidet über die Förderung von Forschungsvorhaben. Es setzt sich aus den Referent:innen und deren Stellvertreter:innen sowie den Mitgliedern des FWF-Präsidiums zusammen. Das Kuratorium sichert die hohe Qualität der Förderentscheidungen des FWF. Die Referent:innen des Kuratoriums werden für die Dauer von drei Jahren gewählt.
Jurys
Die in einigen Programmen eingesetzten Jurys bzw. Panels geben Förderempfehlungen an das FWF-Kuratorium ab.