Identifizierung und Charakterisierung von RiPPs aus Pilzen
Identification and Characterization of Fungal RiPPs
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (100%)
Keywords
-
RiPP,
Genome Mining,
Trichoderma,
Proteomics,
Secondary Metabolism
Auf der Suche nach neuartigen Wirkstoffen aus dem Reich der Pilze Wien. Ein junges Forschungsteam der TU Wien stellt sich der Herausforderung, eine wenig bekannte Stoffklasse aus Pilzen zu untersuchen und neuen Substanzen zu entdecken. Die sogenannten RiPPs sind eine Reihe von natürlichen Wirkstoffen mit unterschiedlichen Wirkungen. So gehört etwa das Gift des Knollenblätterpilzes zu den RiPPs. Es gibt aber auch RiPPs mit positiven Eigenschaften, beispielsweise verschiedene Antibiotika. In dem Projekt sollen neue RiPPs entdeckt und beschrieben werden und so die Grundlage für neue Pharmazeutika geschaffen werden. Wirkstoffe aus Pilzen haben eine lange Tradition als natürliche und effektive Medikamente. Das bekannteste ist wohl Penicillin. Diese Wirkstoffe können entsprechend ihrer chemischen Grundstruktur in verschiedene Gruppen unterteilt werden. Eine in Pilzen noch wenig bekannte und erforschte Gruppe dieser Wirkstoffe sind die sogenannten RiPPs (engl. ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides). RiPPs sind Peptide, also verknüpfte Aminosäuren, die in den Zellen der Pilze modifiziert werden, um so eine verbesserte Stabilität und Wirkweise zu erhalten. Pilze produzieren diese RiPPs von Haus aus, um sich zum Beispiel vor Fraßfeinden zu schützen oder sich gegenüber anderen Pilzen und Bakterien durchzusetzen. Vor allem die antibakterielle Wirkung ist ein lohnender Anreiz neue RiPPs zu erforschen und zu entdecken. In dem neu gestarteten Projekt arbeiten ein Bioinformatiker, ein Molekularbiologe und eine chemische Analytikerin eng zusammen. Zunächst werden in verschiedenen Pilzen nach Genen gesucht, die für RiPPs zuständig sein könnten. Durch gezielte molekularbiologische Eingriffe können diese Gene aktiviert werden und die danach nach den RiPPs gesucht werden. Das Team verspricht sich nicht nur die Entdeckung neuer RiPPs sondern auch die Entwicklung neuer molekularbiologische und analytischer Methoden, die anderen Forschungsgruppen auf der Suche nach RiPPs zu Gute kommen können. Kontakt: Dr. Christian Derntl, christian.derntl@tuwien.ac.at
- Technische Universität Wien - 100%
- Matthias Schittmayer-Schantl, Medizinische Universität Graz , nationale:r Kooperationspartner:in
- Christian Stanetty, Technische Universität Wien , nationale:r Kooperationspartner:in
- Robert L. Mach, Technische Universität Wien , nationale:r Kooperationspartner:in
- Ruth Birner-Grünberger, Technische Universität Wien , nationale:r Kooperationspartner:in
Research Output
- 31 Zitationen
- 6 Publikationen
-
2024
Titel MIBiG 4.0: advancing biosynthetic gene cluster curation through global collaboration DOI 10.1093/nar/gkae1115 Typ Journal Article Autor Zdouc M Journal Nucleic Acids Research Link Publikation -
2021
Titel An overview on current molecular tools for heterologous gene expression in Trichoderma DOI 10.1186/s40694-021-00119-2 Typ Journal Article Autor Tomico-Cuenca I Journal Fungal Biology and Biotechnology Seiten 11 Link Publikation -
2021
Titel Expanding the toolbox: another auxotrophic marker for targeted gene integrations in Trichoderma reesei DOI 10.1186/s40694-021-00116-5 Typ Journal Article Autor Primerano P Journal Fungal Biology and Biotechnology Seiten 9 Link Publikation -
2021
Titel FunOrder: A robust and semi-automated method for the identification of essential biosynthetic genes through computational molecular co-evolution DOI 10.1371/journal.pcbi.1009372 Typ Journal Article Autor Vignolle G Journal PLOS Computational Biology Link Publikation -
2022
Titel FunOrder 2.0 – a method for the fully automated curation of co-evolved genes in fungal biosynthetic gene clusters DOI 10.3389/ffunb.2022.1020623 Typ Journal Article Autor Vignolle G Journal Frontiers in Fungal Biology Seiten 1020623 Link Publikation -
2022
Titel Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP2) facilitates norepinephrine transporter dimerization and modulates substrate efflux DOI 10.1038/s42003-022-04210-1 Typ Journal Article Autor Luethi D Journal Communications Biology Seiten 1259 Link Publikation