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Integrative Strukturbiologie

Integrative Structure Biology

Timothy Robin Skern (ORCID: )
  • Grant-DOI 10.55776/W1258
  • Förderprogramm Doktoratskollegs
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.01.2016
  • Projektende 30.09.2021
  • Bewilligungssumme 1.752.838 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Macromolecular Structure And Dynamics, Macromolecular Complexes, Structure-Function Analysis, Molecular Conformation, Inter-Molecular Recognition, Protein Engineering

Abstract

Ziel des Doktoratsprogrammes Integrative Strukturbiologie ist eine umfassende interdisziplinäre Ausbildung in wissenschaftlichem Denken und wissenschaftlichen Methoden für ausgewählte StudentInnen. Sie sollen lernen, biologische Probleme aus einer grundsätzlich strukturellen Perspektive zu verstehen, zu analysieren und zu lösen. Diese Disziplin behandelt zentrale Fragen der modernen Molekular- und Zellbiologie, die mit einer Kombination diverser hocheffizienter Techniken erforscht wird. Die StudentInnen werden angeleitet moderne Problemlösungsansätze zu verstehen, sich ihrer zu bedienen und Erfahrung in ihrer Anwendung auf biologische Systeme im Zusammenhang mit molekularen Strukturen zu sammeln. Die einführende drei monatige Ausbildung konzentriert sich auf zeitgemäße Themen; die Bedeutung strukturelle Daten im Zusammenhang mit biologischen Systemen wird betont. Das teilnehmende Fakultätskollegium umfasst zehn WissenschaftlerInnen mit hervorstechenden Veröffentlichungen und geförderten Projekten in Zusammenhang mit der Analyse von biologischen Makromolekülen. Alle verwenden die besten derzeit verfügbaren Techniken. Acht Mitglieder haben umfassende Erfahrung in der Ausbildung von DoktorandInnen. Die übrigen drei jüngeren WissenschaftlerInnen werden von den erfahreneren Fakultätsmitgliedern unterstützt. Der herausragende Mehrwert des vorgeschlagenen Doktoratsprogrammes liegt in dem drei Monate dauernden intensiven und umfassenden Ausbildungsblock am Beginn des Doktorates, in der ungewöhnlich umfangreichen Betreuung und in den vielfältigen von den teilnehmenden FakultätskollegInnen verwendeten Lösungsansätzen. Die StudentInnen werden sich mit all jenen wissenschaftlichen Methoden auseinandersetzen, die zum Verständnis der Arbeitsweise von Makromolekülen erforderlich sind. Alle vorgeschlagenen Doktoratsprojekte legen besonderes Gewicht auf die umfassende Verwendung strukturbiologischer Ansätze zur Problemlösung und betonen die Notwendigkeit der biologischen Validierung der Ergebnisse. Die StudentInnen werden in ihrer Forschung durch eine(n) MitbetreuerIn aus der Fakultät und ein Doktorats-Komitee unterstützt. Regelmäßige Treffen mit den Fakultätsmitgliedern sowie Seminare über den Arbeitsfortschritt setzen die StudentInnen einer Vielzahl von Denkansätzen und einer wissenschaftsdurchdrungenen Umgebung aus. Die kritische Analyse ihrer Forschung und der Präsentation ihrer Arbeit ist Teil dieser Seminare. Der interdisziplinäre Ansatz der Fakultät, die wissenschaftliche Umgebung des Wiener Biozentrums und der erforderliche Auslandsaufenthalt befördert in außerordentlicher Weise die geistige Entwicklung der StudentInnen. Ausgewählte Vorträge, Besuche der Laboratorien von Kooperationspartnern, die Organisation eines internationalen Arbeitskreises und die Teilnahme an internationalen Kongressen tragen hierzu in großem Maße bei. Kurse, wie das Schreiben wissenschaftlicher Artikel, Präsentationstechniken, Ethik, Projektmanagement, geschlechtsspezifische Fragen und die Planung der eigenen Karriere lassen die studentische Ausbildung weit über das übliche Maß hinauswachsen. Das Doktoratsprogramm Integrative Strukturbiologie ist darauf ausgerichtet, AbsolventInnen hervorzubringen, die die Verwendung moderner makromolekularer Analysetechniken beherrschen, wissenschaftliche Probleme analysieren und den besten Lösungsansatz wählen. Ausgestattet mit Kreativität und umfassendem Wissen erhofft man von ihnen unerwartete Entdeckungen in der Zukunft.

Konsortium
  • Annette Rompel, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 30.09.2021)
  • Bojan Zagrovic, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 30.09.2021)
  • Clemens Plaschka, Institut für Molekulare Pathologie - IMP
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 30.09.2021)
  • David Haselbach, Institut für Molekulare Pathologie - IMP
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 30.09.2021)
  • Dea Slade, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 30.09.2021)
  • Gang Dong, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 30.09.2021)
  • Gülsün Elif Karagöz, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 30.09.2021)
  • Robert Konrat, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 30.09.2021)
  • Sebastian Falk, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 30.09.2021)
  • Timothy Robin Skern, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.01.2016 - 30.09.2021)
Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien
  • Medizinische Universität Wien
  • Institut für Molekulare Pathologie - IMP
Nationale Projektbeteiligte
  • Kristina Djinovic-Carugo, Universität Wien , assoziierte:r Forschungspartner:in
Internationale Projektbeteiligte
  • David Komander, The University of Melbourne - Australien
  • Bostjan Kobe, University of Queensland - Australien
  • Luiz Juliano, Universidade de Sao Paulo - Brasilien
  • Ulrich Kortz, Constructor University Bremen - Deutschland
  • Dmitri I. Svergun, European Molecular Biology Laboratory Hamburg - Deutschland
  • Matthias Wilmanns, European Molecular Biology Laboratory Hamburg - Deutschland
  • Ivo Sbalzarini, Max Planck Institut Dresden - Deutschland
  • Stefan Raunser, Max-Planck-Gesellschaft - Deutschland
  • Vladimir Pena, Max-Planck-Gesellschaft - Deutschland
  • Brenda A. Schulman, Max-Planck-Institut - Deutschland
  • Ben Engel, Max-Planck-Institut für Biochemie - Deutschland
  • Enrica Bordignon, Ruhr Universität Bochum - Deutschland
  • Carsten Schultz, Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg - Deutschland
  • Clemens Steegborn, Universität Bayreuth - Deutschland
  • Dieter O. Fürst, Universität Bonn - Deutschland
  • Michael Ehrmann, Universität Duisburg-Essen - Deutschland
  • Bettina Warscheid, Universität Freiburg - Deutschland
  • Florian Fröhlich, Universität Osnabrück - Deutschland
  • Samuel Wagner, Universität Tübingen - Deutschland
  • Didier Auboeuf, Ecole Normale Superieure de Lyon - Frankreich
  • Fabien Ferrage, Ecole Normale Supérieure - Frankreich
  • Geoffrey Bodenhausen, Ecole Normale Supérieure de Paris - Frankreich
  • Bernhard Brutscher, UMR 5075 CNRS-CEA-UJF - Frankreich
  • Derrick R. Robinson, University of Bordeaux - Frankreich
  • Melanie Bonhivers, University of Bordeaux - Frankreich
  • Ho Ying Fu, City University of Hong Kong - Hong Kong
  • Philipp Selenko, Weizmann Institute of Science - Israel
  • Isabella C. Felli, Università degli Studi di Firenze - Italien
  • Cheryl H Arrowsmith, University of Toronto - Kanada
  • Julie Forman-Kay, University of Toronto - Kanada
  • Lewis E. Kay, University of Toronto - Kanada
  • René F. Ketting, Royal Netherlands Academy of Arts and Sciences - Niederlande
  • Navraj Pannu, Universiteit Leiden - Niederlande
  • Wiktor Kozminski, Warsaw University - Polen
  • Manuel Aureliano, Universidade do Algarve - Portugal
  • Gebhard F. X. Schertler, Paul-Scherrer-Institut Villigen - Schweiz
  • Erich A. Nigg, Universität Basel - Schweiz
  • Cynthia He, National University of Singapore - Singapur
  • Subhash G. Vasudevan, National University of Singapore - Singapur
  • Jose Caston, Centro Nacional de Biotecnología - Spanien
  • Luis Carrasco, Centro Nacional de Biotecnología - Spanien
  • Nuria Verdaguer, Spanish National Research Council - Spanien
  • Miquel Pons, Universitat Autònoma de Barcelona - Spanien
  • Xavier Daura, University of Barcelona - Spanien
  • Victoriano Garre, University of Murcia - Spanien
  • Richard Stefl, Brno University of Technology - Tschechien
  • David M. Glover, California Institute of Technology - Vereinigte Staaten von Amerika
  • David Z. Rudner, Harvard Medical School - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Ke Hu, Indiana University - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Hongmin Qin, Texas A&M University - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Ziyin Li, Texas A&M University System - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Kurt Gustin, University of Arizona - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Randy Schekman, University of California Berkeley - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Eliezer Masliah, University of California San Diego - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Karen Oegema, University of California San Diego - Vereinigte Staaten von Amerika
  • R. Holland Cheng, University of California at Davis - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Ron D. Vale, University of California at San Francisco - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Diego Acosta-Alvear, University of California at Santa Barbara - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Michael Shirts, University of Colorado Boulder - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Roberto N. De Guzman, University of Kansas - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Nicholas G. Brown, University of North Carolina at Chapel Hill - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Wei Guo, University of Pennsylvania - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Liwang Cui, University of South Florida - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Karla Kirkegaard, University of Stanford - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Edward H. Egelman, Virginia State University - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Christian Tschudi, Yale University - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Jorge E. Galan, Yale University - Vereinigte Staaten von Amerika
  • Graham Sandford, Durham University - Vereinigtes Königreich
  • Steven Cobb, Durham University - Vereinigtes Königreich
  • Radoslav Enchev, Francis Crick Institute - Vereinigtes Königreich
  • Mathias Gautel, King´s College London - Vereinigtes Königreich
  • Chris Tate, Medical Research Council - Vereinigtes Königreich
  • Perry Eliott, University College London - Vereinigtes Königreich
  • John Sutherland, University of Cambridge - Vereinigtes Königreich
  • Michael A. Geeves, University of Kent at Canterbury - Vereinigtes Königreich
  • David Leys, University of Manchester - Vereinigtes Königreich
  • Feixia Chu, University of New Hampshire - Vereinigtes Königreich
  • Justin Benesch, University of Oxford - Vereinigtes Königreich
  • Katja Gehmlich, University of Oxford - Vereinigtes Königreich
  • Philipp Kukura, University of Oxford - Vereinigtes Königreich

Research Output

  • 337 Zitationen
  • 27 Publikationen
Publikationen
  • 2019
    Titel 19F NMR Spectroscopy Tagging and Paramagnetic Relaxation Enhancement-Based Conformation Analysis of Intrinsically Disordered Protein Complexes
    DOI 10.1002/cbic.201900453
    Typ Journal Article
    Autor Somlyay M
    Journal ChemBioChem
    Seiten 696-701
  • 2018
    Titel 1H, 13C, 15N resonance assignment of human YAP 50–171 fragment
    DOI 10.1007/s12104-018-9805-8
    Typ Journal Article
    Autor Feichtinger M
    Journal Biomolecular NMR Assignments
    Seiten 179-182
    Link Publikation
  • 2018
    Titel 19 F multiple-quantum coherence NMR spectroscopy for probing protein–ligand interactions
    DOI 10.1039/c8ra09296f
    Typ Journal Article
    Autor Zawadzka-Kazimierczuk A
    Journal RSC Advances
    Seiten 40687-40692
    Link Publikation
  • 2018
    Titel NMR Characterization of Long-Range Contacts in Intrinsically Disordered Proteins from Paramagnetic Relaxation Enhancement in 13C Direct-Detection Experiments
    DOI 10.1002/cbic.201800539
    Typ Journal Article
    Autor Mateos B
    Journal ChemBioChem
    Seiten 335-339
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Exploring Protein Structure: Principles and Practice
    DOI 10.1007/978-3-319-76858-8
    Typ Book
    Autor Skern T
    Verlag Springer Nature
  • 2018
    Titel Structure of a Novel Dimeric SET Domain Methyltransferase that Regulates Cell Motility
    DOI 10.1016/j.jmb.2018.08.017
    Typ Journal Article
    Autor Pivovarova Y
    Journal Journal of Molecular Biology
    Seiten 4209-4229
    Link Publikation
  • 2023
    Titel The SPOC domain is a phosphoserine binding module that bridges transcription machinery with co- and post-transcriptional regulators
    DOI 10.1038/s41467-023-35853-1
    Typ Journal Article
    Autor Appel L
    Journal Nature Communications
    Seiten 166
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Structural and functional studies of the first tripartite protein complex at the Trypanosoma brucei flagellar pocket collar
    DOI 10.1371/journal.ppat.1009329
    Typ Journal Article
    Autor Isch C
    Journal PLOS Pathogens
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Structural and functional studies of the first tripartite protein complex at the Trypanosoma brucei flagellar pocket collar
    DOI 10.1101/2021.01.26.428227
    Typ Preprint
    Autor Isch C
    Seiten 2021.01.26.428227
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Hyperphosphorylation of Human Osteopontin and Its Impact on Structural Dynamics and Molecular Recognition
    DOI 10.1021/acs.biochem.1c00050
    Typ Journal Article
    Autor Mateos B
    Journal Biochemistry
    Seiten 1347-1355
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Structural studies of the shortest extended synaptotagmin with only two C2 domains from Trypanosoma brucei
    DOI 10.1016/j.isci.2021.102422
    Typ Journal Article
    Autor Stepinac E
    Journal iScience
    Seiten 102422
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Development and characterization of specific anti-Usutu virus chicken-derived single chain variable fragment antibodies
    DOI 10.1002/pro.3937
    Typ Journal Article
    Autor Schoenenwald A
    Journal Protein Science
    Seiten 2175-2188
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Dissecting distinct proteolytic activities of FMDV Lpro implicates cleavage and degradation of RLR signaling proteins, not its deISGylase/DUB activity, in type I interferon suppression
    DOI 10.1371/journal.ppat.1008702
    Typ Journal Article
    Autor Visser L
    Journal PLOS Pathogens
    Link Publikation
  • 2022
    Titel The SPOC domain is a phosphoserine binding module that bridges transcription machinery with co- and post-transcriptional regulators
    DOI 10.1101/2022.02.26.482114
    Typ Preprint
    Autor Appel L
    Seiten 2022.02.26.482114
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Redox Cofactor Rotates during Its Stepwise Decarboxylation: Molecular Mechanism of Conversion of Coproheme to Heme b
    DOI 10.1021/acscatal.9b00963
    Typ Journal Article
    Autor Milazzo L
    Journal ACS Catalysis
    Seiten 6766-6782
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Crystal structure of the TbBILBO1 N-terminal domain reveals a ubiquitin fold with a long rigid loop for the binding of its partner
    DOI 10.1101/738153
    Typ Preprint
    Autor Vidilaseris K
    Seiten 738153
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Crystal structure of the N-terminal domain of the trypanosome flagellar protein BILBO1 reveals a ubiquitin fold with a long structured loop for protein binding
    DOI 10.1074/jbc.ra119.010768
    Typ Journal Article
    Autor Vidilaseris K
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 1489-1499
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Cosolute modulation of protein oligomerization reactions in the homeostatic timescale
    DOI 10.1016/j.bpj.2021.03.020
    Typ Journal Article
    Autor Mateos B
    Journal Biophysical Journal
    Seiten 2067-2077
    Link Publikation
  • 2020
    Titel PHF3 regulates neuronal gene expression through the new Pol II CTD reader domain SPOC
    DOI 10.1101/2020.02.11.943159
    Typ Preprint
    Autor Appel L
    Seiten 2020.02.11.943159
    Link Publikation
  • 2021
    Titel PHF3 regulates neuronal gene expression through the Pol II CTD reader domain SPOC
    DOI 10.1038/s41467-021-26360-2
    Typ Journal Article
    Autor Appel L
    Journal Nature Communications
    Seiten 6078
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Defining substrate selection by rhinoviral 2A proteinase through its crystal structure with the inhibitor zVAM.fmk
    DOI 10.1016/j.virol.2021.07.008
    Typ Journal Article
    Autor Deutschmann-Olek K
    Journal Virology
    Seiten 128-141
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Biodegradation of pentafluorosulfanyl-substituted aminophenol in Pseudomonas spp.
    DOI 10.1007/s10532-018-9827-z
    Typ Journal Article
    Autor Saccomanno M
    Journal Biodegradation
    Seiten 259-270
  • 2017
    Titel A histone-mimicking interdomain linker in a multidomain protein modulates multivalent histone binding
    DOI 10.1074/jbc.m117.801464
    Typ Journal Article
    Autor Kostrhon S
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 17643-17657
    Link Publikation
  • 2017
    Titel A novel non-canonical PIP-box mediates PARG interaction with PCNA
    DOI 10.1093/nar/gkx604
    Typ Journal Article
    Autor Kaufmann T
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 9741-9759
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Vaccinia Virus Immunomodulator A46: Destructive Interactions with MAL and MyD88 Shown by Negative-Stain Electron Microscopy
    DOI 10.1016/j.str.2020.09.007
    Typ Journal Article
    Autor Azar D
    Journal Structure
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Structural and antigenic investigation of Usutu virus envelope protein domain III
    DOI 10.1016/j.virol.2020.09.002
    Typ Journal Article
    Autor Josephine Schoenenwald A
    Journal Virology
    Seiten 46-57
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Vaccinia Virus Immunomodulator A46: A Lipid and Protein-Binding Scaffold for Sequestering Host TIR-Domain Proteins
    DOI 10.1371/journal.ppat.1006079
    Typ Journal Article
    Autor Fedosyuk S
    Journal PLOS Pathogens
    Link Publikation

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