Struktur und Wechselwirkung biologischer Makromoleküle
Structure and Interaction of Biological Macromolecules
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (100%)
Keywords
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Macromolecular structure and dynamics,
Macromolecular complexes,
Structure-function analysis,
Molecular conformation,
Inter-molecular recognition,
Protein engineering
Ziel des DK-plus ist es, ausgewählten Studenten eine tiefgreifende, interdisziplinäre Ausbildung in wissenschaftlichen Methoden zu vermitteln die sie befähigt, biologische Probleme zu verstehen, rigoros zu analysieren und zu lösen. Dieses Ziel ist mit dem Thema "Struktur und Interaktion biologischer Makromoleküle" optimal erreichbar. Es umfasst zentrale Fragen moderner molekularer und zellulärer Biologie die mit leistungsfähigen Techniken untersucht werden. Die Studenten werden damit vertraut ein biologisches Problem strukturell zu lösen und die besten Ansätze auszuwählen. Die theoretische und praktische Ausbildung legt besonderes Augenmerk auf die Bedeutung der Interaktionen zwischen Makromolekülen. Besonderer Wert wird auf die Grundlagen wechselseitigen Erkennens und auf die Funktion des gesamten Komplexes gelegt. Der beteiligte Lehrkörper umfasst zwölf Forscher mit ausgezeichneten Leistungen auf dem Gebiet der Interaktionsanalyse biologischer Makromoleküle unter Verwendung der meisten derzeit verfügbaren Techniken. Acht Fakultätsmitglieder haben erhebliche Erfahrung in Betreuung und Ausbildung von Doktoranden. Die übrigen vier Gruppenleiter sind jüngere Wissenschaftler, die am Beginn ihrer Karriere stehen; diese werden selbst von den erfahreneren Fakultätsmitgliedern bei der Studentenbetreuung unterstützt werden. Der Mehrwert dieses DK-plus ergibt sich aus dem gemeinsamen Thema, der Betreuung und den beteiligten Faktultätsmitgliedern. Die Studenten werden mit verschiedensten Techniken und wissenschaftlichen Ansätzen zur Untersuchung von Strukturen und Interaktionen biologische Makromoleküle vertraut gemacht werden. Die Projekte spannen den Bogen von der Rolle der Faltung in makromolekularen Interaktionen über die Bedeutung von Wechselwirkungen für die Funktion bis hin zu den Konsequenzen der Protein-Protein Erkennung in infektiösen Pathogenen. Sie bekommen einen zweiten Betreuer aus dem Programm zugeteilt und werden durch ein PhD Komitee begleitet werden. Laborseminare, die Analyse von Publikationen und Rotationen während ihres Studiums wird die Studenten verschiedenen Denkweisen und Umgebungen aussetzen und ihnen letztendlich erlauben, eine wesentlich größere Auswahl von Methoden zu beherrschen als es je außerhalb des DK-plus möglich wäre. Ihre wissenschaftliche Entwicklung wird besonders durch den interdisziplinären Ansatz und das Umfeld des Vienna Biocenter Campus bestimmt sein. Vorlesungen und Seminare, Besuche in kollaborierenden Laboratorien, die Organisation eines internationalen Workshops und die Teilnahme an internationalen Kongressen wird die Entwicklung der Studenten fördern und erweitern. Kurse in Fähigkeiten wie das Schreiben von Publikationen und Förderanträgen, Präsentationstechniken, Ethik, Projektmanagement, geschlechtsspezifische Fragen und Karriereplanung rundet die Ausbildung der Studenten ab. Dieser DK-plus wird Absolventen hervorbringen, die mit vielen wissenschaftlichen Methoden vertraut sind, wissenschaftliche Probleme mit intellektueller Strenge zu analysieren vermögen und die die analytische Fähigkeit besitzen, um in Zukunft unerwartete Entdeckungen zu machen.
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Konsortiumsmitglied (01.03.2009 - 31.08.2014)
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Konsortiumsmitglied (01.03.2009 - 31.08.2014)
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Konsortiumsmitglied (01.03.2009 - 31.08.2014)
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Konsortiumsmitglied (01.03.2009 - 31.08.2014)
- Medizinische Universität Wien
- Institut für Molekulare Pathologie - IMP
- Universität Wien
- IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH
- Thomas Marlovits, IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH , assoziierte:r Forschungspartner:in
- Jan-Michael Peters, Institut für Molekulare Pathologie - IMP , assoziierte:r Forschungspartner:in
- Robert Konrat, Universität Wien , assoziierte:r Forschungspartner:in
- Luiz Juliano, Universidade de Sao Paulo - Brasilien
- Matthias Wilmanns, European Molecular Biology Laboratory Hamburg - Deutschland
- Ivo Sbalzarini, Max Planck Institut Dresden - Deutschland
- Dariush Hinderberger, Max Planck-Institut f. Polymerforschung - Deutschland
- Anthony A. Hyman, Max-Planck-Gesellschaft - Deutschland
- Emmanuelle Charpentier, Max-Planck-Gesellschaft - Deutschland
- Brenda A. Schulman, Max-Planck-Institut - Deutschland
- Gerhard Hummer, Max-Planck-Institut für Biophysik - Deutschland
- Bernd Bukau, Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg - Deutschland
- Holger Stark, Technische Universität Berlin - Deutschland
- Dieter O. Fürst, Universität Bonn - Deutschland
- Michael Ehrmann, Universität Duisburg-Essen - Deutschland
- Bettina Warscheid, Universität Freiburg - Deutschland
- Bernhard Brutscher, UMR 5075 CNRS-CEA-UJF - Frankreich
- Lewis E. Kay, University of Toronto - Kanada
- Anita Krisko, Mediterranean Institute for Life Sciences - Kroatien
- Navraj Pannu, Universiteit Leiden - Niederlande
- Bartosz Rozycki, Polish Academy of Sciences - Polen
- Yuri Drygin, Lomonosov Moscow State University - Russland
- Philippe Hünenberger, ETH Hönggerberg - Schweiz
- Wilfred F. Van Gunsteren, ETH Zürich - Schweiz
- Jose Caston, Centro Nacional de Biotecnología - Spanien
- Luis Carrasco, Centro Nacional de Biotecnología - Spanien
- Miquel Pons, Institute for Research in Biomedicine - Spanien
- Nuria Verdaguer, Spanish National Research Council - Spanien
- Xavier Daura, University of Barcelona - Spanien
- Martin Gregor, Academy of Sciences of the Czech Republic - Tschechien
- Farrah Kheradmand, Baylor College of Medicine - Vereinigte Staaten von Amerika
- Adrian Elcock, The University of Iowa - Vereinigte Staaten von Amerika
- Kurt Gustin, University of Arizona - Vereinigte Staaten von Amerika
- Karla Kirkegaard, University of Stanford - Vereinigte Staaten von Amerika
- Vijay Pande, University of Stanford - Vereinigte Staaten von Amerika
- Edward H. Egelman, Virginia State University - Vereinigte Staaten von Amerika
- Jorge E. Galan, Yale University - Vereinigte Staaten von Amerika
- Mathias Gautel, King´s College London - Vereinigtes Königreich
- John Vakonakis, University of Oxford - Vereinigtes Königreich
Research Output
- 1372 Zitationen
- 38 Publikationen
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2021
Titel PHF3 regulates neuronal gene expression through the Pol II CTD reader domain SPOC DOI 10.1038/s41467-021-26360-2 Typ Journal Article Autor Appel L Journal Nature Communications Seiten 6078 Link Publikation -
2021
Titel Order from disorder in the sarcomere: FATZ forms a fuzzy but tight complex and phase-separated condensates with a-actinin DOI 10.1126/sciadv.abg7653 Typ Journal Article Autor Sponga A Journal Science Advances Link Publikation -
2020
Titel Molecular basis of F-actin regulation and sarcomere assembly via myotilin DOI 10.1101/2020.09.25.310029 Typ Preprint Autor Kostan J Seiten 2020.09.25.310029 Link Publikation -
2020
Titel In-depth interrogation of protein thermal unfolding data with MoltenProt DOI 10.1002/pro.3986 Typ Journal Article Autor Kotov V Journal Protein Science Seiten 201-217 Link Publikation -
2019
Titel Structures of three MORN repeat proteins and a re-evaluation of the proposed lipid-binding properties of MORN repeats DOI 10.1101/826180 Typ Preprint Autor Sajko S Seiten 826180 Link Publikation -
2019
Titel HspB1 phosphorylation regulates its intramolecular dynamics and mechanosensitive molecular chaperone interaction with filamin C DOI 10.1126/sciadv.aav8421 Typ Journal Article Autor Collier M Journal Science Advances Link Publikation -
2018
Titel Phosphorylation of HspB1 regulates its mechanosensitive molecular chaperone interaction with native filamin C DOI 10.1101/325712 Typ Preprint Autor Collier M Seiten 325712 Link Publikation -
2021
Titel FLNC-Associated Myofibrillar Myopathy DOI 10.1212/nxg.0000000000000590 Typ Journal Article Autor Kley R Journal Neurology: Genetics Link Publikation -
2021
Titel Molecular basis of F-actin regulation and sarcomere assembly via myotilin DOI 10.1371/journal.pbio.3001148 Typ Journal Article Autor Kostan J Journal PLOS Biology Link Publikation -
2020
Titel X-ray–induced photoreduction of heme metal centers rapidly induces active-site perturbations in a protein-independent manner DOI 10.1074/jbc.ra120.014087 Typ Journal Article Autor Pfanzagl V Journal Journal of Biological Chemistry Seiten 13488-13501 Link Publikation -
2020
Titel Structures of three MORN repeat proteins and a re-evaluation of the proposed lipid-binding properties of MORN repeats DOI 10.1371/journal.pone.0242677 Typ Journal Article Autor Sajko S Journal PLOS ONE Link Publikation -
2023
Titel Unlocking Predictive Power: A Machine Learning Tool Derived from In-Depth Analysis to Forecast the Impact of Missense Variants in Human Filamin C DOI 10.1101/2023.08.05.552086 Typ Preprint Autor Nagy M Seiten 2023.08.05.552086 Link Publikation -
2020
Titel PHF3 regulates neuronal gene expression through the new Pol II CTD reader domain SPOC DOI 10.1101/2020.02.11.943159 Typ Preprint Autor Appel L Seiten 2020.02.11.943159 Link Publikation -
2020
Titel Vaccinia Virus Immunomodulator A46: Destructive Interactions with MAL and MyD88 Shown by Negative-Stain Electron Microscopy DOI 10.1016/j.str.2020.09.007 Typ Journal Article Autor Azar D Journal Structure Link Publikation -
2020
Titel Calcium modulates the domain flexibility and function of an a-actinin similar to the ancestral a-actinin DOI 10.1073/pnas.1917269117 Typ Journal Article Autor Pinotsis N Journal Proceedings of the National Academy of Sciences Seiten 22101-22112 Link Publikation -
2022
Titel A Potential Citrate Shunt in Erythrocytes of PKAN Patients Caused by Mutations in Pantothenate Kinase 2 DOI 10.3390/biom12020325 Typ Journal Article Autor Werning M Journal Biomolecules Seiten 325 Link Publikation -
2015
Titel Structural Insights into Ca2+-Calmodulin Regulation of Plectin 1a-Integrin ß4 Interaction in Hemidesmosomes DOI 10.1016/j.str.2015.01.011 Typ Journal Article Autor Song J Journal Structure Seiten 558-570 Link Publikation -
2017
Titel Hydrophobic Collapse of the Intrinsically Disordered Transcription Factor Myc Associated Factor X DOI 10.1021/acs.biochem.7b00679 Typ Journal Article Autor Kizilsavas G Journal Biochemistry Seiten 5365-5372 Link Publikation -
2016
Titel Vaccinia Virus Immunomodulator A46: A Lipid and Protein-Binding Scaffold for Sequestering Host TIR-Domain Proteins DOI 10.1371/journal.ppat.1006079 Typ Journal Article Autor Fedosyuk S Journal PLOS Pathogens Link Publikation -
2017
Titel Conformational plasticity and evolutionary analysis of the myotilin tandem Ig domains DOI 10.1038/s41598-017-03323-6 Typ Journal Article Autor Puž V Journal Scientific Reports Seiten 3993 Link Publikation -
2016
Titel Topology and structure of an engineered human cohesin complex bound to Pds5B DOI 10.1038/ncomms12523 Typ Journal Article Autor Hons M Journal Nature Communications Seiten 12523 Link Publikation -
2015
Titel 1H, 15N, 13C resonance assignment of human osteopontin DOI 10.1007/s12104-014-9594-7 Typ Journal Article Autor Platzer G Journal Biomolecular NMR Assignments Seiten 289-292 Link Publikation -
2015
Titel Structure of human dipeptidyl peptidase 10 (DPPY): a modulator of neuronal Kv4 channels DOI 10.1038/srep08769 Typ Journal Article Autor Bezerra G Journal Scientific Reports Seiten 8769 Link Publikation -
2011
Titel Mutations in the N-terminal Actin-Binding Domain of Filamin C Cause a Distal Myopathy DOI 10.1016/j.ajhg.2011.04.021 Typ Journal Article Autor Duff R Journal The American Journal of Human Genetics Seiten 729-740 Link Publikation -
2011
Titel Lipocalin Q83 Reveals a Dual Ligand Binding Mode with Potential Implications for the Functions of Siderocalins DOI 10.1021/bi201115q Typ Journal Article Autor Coudevylle N Journal Biochemistry Seiten 9192-9199 -
2011
Titel The Metastasis-Associated Extracellular Matrix Protein Osteopontin Forms Transient Structure in Ligand Interaction Sites DOI 10.1021/bi200291e Typ Journal Article Autor Platzer G Journal Biochemistry Seiten 6113-6124 -
2011
Titel Random Mutagenesis of the Prokaryotic Peptide Transporter YdgR Identifies Potential Periplasmic Gating Residues* DOI 10.1074/jbc.m111.239657 Typ Journal Article Autor Malle E Journal Journal of Biological Chemistry Seiten 23121-23131 Link Publikation -
2013
Titel Cooperative Unfolding of Compact Conformations of the Intrinsically Disordered Protein Osteopontin DOI 10.1021/bi400502c Typ Journal Article Autor Kurzbach D Journal Biochemistry Seiten 5167-5175 Link Publikation -
2013
Titel Electron microscopy structure of human APC/CCDH1–EMI1 reveals multimodal mechanism of E3 ligase shutdown DOI 10.1038/nsmb.2593 Typ Journal Article Autor Frye J Journal Nature Structural & Molecular Biology Seiten 827-835 Link Publikation -
2010
Titel The v-myc-induced Q83 Lipocalin Is a Siderocalin* DOI 10.1074/jbc.m110.123331 Typ Journal Article Autor Coudevylle N Journal Journal of Biological Chemistry Seiten 41646-41652 Link Publikation -
2010
Titel Substrate binding on the APC/C occurs between the coactivator Cdh1 and the processivity factor Doc1 DOI 10.1038/nsmb.1979 Typ Journal Article Autor Buschhorn B Journal Nature Structural & Molecular Biology Seiten 6-13 Link Publikation -
2014
Titel Characterization of a DNA exit gate in the human cohesin ring DOI 10.1126/science.1256904 Typ Journal Article Autor Huis In 'T Veld P Journal Science Seiten 968-972 -
2013
Titel CtpB Assembles a Gated Protease Tunnel Regulating Cell-Cell Signaling during Spore Formation in Bacillus subtilis DOI 10.1016/j.cell.2013.09.050 Typ Journal Article Autor Mastny M Journal Cell Seiten 647-658 Link Publikation -
2013
Titel Characterization and Structure of the Vaccinia Virus NF-?B Antagonist A46 * DOI 10.1074/jbc.m113.512756 Typ Journal Article Autor Fedosyuk S Journal Journal of Biological Chemistry Seiten 3749-3762 Link Publikation -
2013
Titel Strategies for purifying variants of human rhinovirus 14 2C protein DOI 10.1016/j.pep.2013.11.012 Typ Journal Article Autor Sára T Journal Protein Expression and Purification Seiten 28-37 -
2012
Titel APC15 mediates CDC20 autoubiquitylation by APC/CMCC and disassembly of the mitotic checkpoint complex DOI 10.1038/nsmb.2412 Typ Journal Article Autor Uzunova K Journal Nature Structural & Molecular Biology Seiten 1116-1123 Link Publikation -
2012
Titel 1H, 13C, and 15N backbone and side chain resonance assignments of the C-terminal DNA binding and dimerization domain of v-Myc DOI 10.1007/s12104-012-9437-3 Typ Journal Article Autor Kizilsavas G Journal Biomolecular NMR Assignments Seiten 321-324 Link Publikation -
2011
Titel Siderocalin Q83 exhibits differential slow dynamics upon ligand binding DOI 10.1007/s10858-011-9543-z Typ Journal Article Autor Coudevylle N Journal Journal of Biomolecular NMR Seiten 83