SARS-CoV-2 Intra-Wirtsdiversität und Transmission
Impact of intra-host diversity and inter-host transmission
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (40%); Gesundheitswissenschaften (40%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (20%)
Keywords
-
SARS-CoV-2,
COVID-19,
Pandemic,
Viral Evolution,
Mutations,
Sequencing
Die SARS-CoV-2 Pandemie stellt eine große globale Herausforderung für alle Gesellschaftsbereiche dar. Das Virus verändert sich kontinuierlich weiter in der menschlichen Population, aber wie genau Virusmutationen entstehen und übertragen werden ist immer noch unklar. Wir vermuten, daß Zeit, antivirale Immunantworten sowie Transmissionsflaschenhä lse diese evolutionären Dynamiken von SARS-CoV-2 maßgeblich beeinflussen. In diesem Projekt werden wir unsere etablierte SAR-CoV-2 Genomsequenzierungspipeline einsetzen, um die Entstehung und Verbreitung von Mutationen im SARS-CoV-2 Genom im Kontext von Intra- Wirt Diversität und Inter-Host Transmission tiefergehend zu untersuchen. Unsere bioinformatischen Analysen werden unterstützt durch Expertise in Virologie, Genetik, Epidemiologie, Klinische Infektiologie und Evolutionsbiologie durch unser interdisziplinäres Kollaborationsnetzwerk. Damit erhoffen wir ein besseren Verständnis über die treibenden Kräfte der Evolution von SARS-CoV-2 zu erzielen. Dies wiederum könnte einen wichtigen Beitrag liefern für das zukünftige Pandemiemanagement sowie präventive und therapeutische Maßnahmen.
- Franz Allerberger, AGES - Österreichische Agentur für Gesundheit und Ernährungssicherheit , nationale:r Kooperationspartner:in
- Christoph Bock, CeMM – Forschungszentrum für Molekulare Medizin GmbH , nationale:r Kooperationspartner:in
- Judith Aberle, Medizinische Universität Wien , nationale:r Kooperationspartner:in
- Alexander Zoufaly, Wiener Gesundheitsverbund , nationale:r Kooperationspartner:in
- Johannes B. Huppa, Charité - Universitätsmedizin Berlin - Deutschland
- Volker Thiel, University of Bern - Schweiz
- Fransziska Michor, Harvard University - Vereinigte Staaten von Amerika
Research Output
- 2 Zitationen
- 2 Publikationen
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2022
Titel WAVES (Web-based tool for Analysis and Visualization of Environmental Samples) – a web application for visualization of wastewater pathogen sequencing results DOI 10.1101/2022.05.31.22275831 Typ Preprint Autor Triska P Seiten 2022.05.31.22275831 Link Publikation -
2023
Titel WAVES (Web-based tool for Analysis and Visualization of Environmental Samples)—a web application for visualization of wastewater pathogen sequencing results DOI 10.1093/bioinformatics/btad160 Typ Journal Article Autor Triska P Journal Bioinformatics Link Publikation