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Ein pleiotroper Regulator des Sekundärmetabolismus

A pleiotropic Regulator of Secondary Metabolism

Robert L. Mach (ORCID: 0000-0003-2375-7244)
  • Grant-DOI 10.55776/P29556
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.01.2017
  • Projektende 30.06.2021
  • Bewilligungssumme 435.141 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (80%); Industrielle Biotechnologie (20%)

Keywords

    Gene regulation, Secondary metabolism, Filamentous Fungi, Polyketides, Mycoparasitism

Abstract Endbericht

Pilze sind für die Herstellung von vielen Naturstoffen und so auch für die Produktion von Sekundärmetaboliten verantwortlich. Die Diversität dieser Substanzen resultiert einerseits aus einer großen Vielzahl von Pilzspezies sowie unterschiedlichster Biosynthesewege für deren Produktion. In den letzten Jahrzehnten wurden zahlreiche dieser Produkte identifiziert und viele davon werden heute von der Biotech- und Pharmaindustrie genutzt. Nichtdestotrotz ist die große Mehrzahl dieser Naturstoffgruppe noch unbekannt und harrt ihrer Entdeckung. Zwei Hauptherausforderungen begrenzen den Zugang zu neuen Verbindungen: i) das Unvermögen, diverse Produzenten von Sekundärmetaboliten im Labor zu kultivieren, und ii) die Tatsache, dass ein Großteil der Sekundärmetabolismus bezogenen Biosynthesegene und Gencluster unter Standardlaborbedingungen stumm sind, also nicht abgelesen werden. Um diese Hindernisse zu überwinden werden viele Strategien, einschließlich jener der Identifikation und Manipulation von pleiotropen Regulatoren des Sekundärstoffwechsels, verfolgt. Die Antragsteller und deren Teams haben vor kurzem einen Transkriptionsfaktor isoliert und vorcharakterisiert, der als pleiotroper, negativer Regulator der Sekundärmetaboliten Biosynthese fungiert. Erste Ergebnisse verdeutlichen, seine Schlüsselrolle in der Sekundärmetabolitenproduktion im filamentösen Pilz Trichoderma reesei. Dieser in trans agierende Faktor ist aber auch in einer Vielzahl von biotechnologisch und landwirtschaftlich relevanten Pilzspezies zu finden. Basierend auf diesen Ergebnissen werden im Projekt folgende Untersuchungen durchgeführt: i) Aufklärung des Regulons dieses Faktors in T. reesei ii) Analysieren seiner regulatorischen Funktion im Biokontrolle aktiven Pilz T. atroviride, den pflanzenpathogenen Pilzen Fusarium graminearum und F. fujikuroi und dem pharmakologisch genutzten Pilz Claviceps purpurea, iii) Untersuchung der molekularen Mechanismen über welche er seine regulatorische Funktion in T. reesei ausübt.

Der pilzliche Sekundärstoffwechsel ist eine riesige, unerschlossene Quelle für verschiedene Verbindungen mit hohem Anwendungspotential wie z.B. Pharmazeutika oder Pigmente. Bemerkenswerterweise sind die meisten Gene, die für die Produktion dieser sekundären Metaboliten verantwortlich sind, unter Standard-Laborbedingungen stumm. Das Projekt Resme zielte darauf ab, neue Strategien und Methoden zu entwickeln, um diese Gene zu aktivieren und neue Sekundärmetaboliten zu erkennen. Zu diesem Zweck verfolgten wir einige parallele Strategien. Zunächst untersuchten wir die Rolle und Funktionsweise eines neuartigen globalen Regulators des Sekundärstoffwechsels namens Xpp1. Als nächstes aktivierten wir stumme Gene direkt durch einen gezielten Überexpressionsansatz, was zur Entdeckung von zwei neuen sekundären Metaboliten mit antimykotischen Eigenschaften führte. Darüber hinaus haben wir vier neue bioinformatische Methoden mit dem Ziel entwickelt, die Vorhersage und Identifizierung von SMs zu verbessern. Insbesondere war Resme auch der Nährboden für mehrere Folgeprojekte. Wir konnten basierend auf den Ergebnissen von Resme Fördermittel für 3 einzelne Forschungsprojekte akquirieren und starteten ein PhD-Programm mit 10 voll finanzierten Stellen an der TU Wien.

Forschungsstätte(n)
  • Technische Universität Wien - 61%
  • Universität für Bodenkultur Wien - 39%
Nationale Projektbeteiligte
  • Rainer Schuhmacher, Universität für Bodenkultur Wien , assoziierte:r Forschungspartner:in
Internationale Projektbeteiligte
  • Roberto Nascimento Silva, Universidade de Sao Paulo - Brasilien

Research Output

  • 218 Zitationen
  • 19 Publikationen
  • 2 Weitere Förderungen
Publikationen
  • 2025
    Titel Dark matter of an orchid: metagenome of the microbiome associated with the rhizosphere of Dactylorhiza traunsteineri
    DOI 10.1101/2025.07.21.665863
    Typ Preprint
    Autor Vignolle G
    Seiten 2025.07.21.665863
    Link Publikation
  • 2021
    Titel FunOrder: A robust and semi-automated method for the identification of essential biosynthetic genes through computational molecular co-evolution
    DOI 10.1371/journal.pcbi.1009372
    Typ Journal Article
    Autor Vignolle G
    Journal PLOS Computational Biology
    Link Publikation
  • 2023
    Titel The phenomenon of strain degeneration in biotechnologically relevant fungi
    DOI 10.1007/s00253-023-12615-z
    Typ Journal Article
    Autor Danner C
    Journal Applied Microbiology and Biotechnology
    Seiten 4745-4758
    Link Publikation
  • 2020
    Titel The Comprehensive and Reliable Detection of Secondary Metabolites in Trichoderma reesei: A Tool for the Discovery of Novel Substances
    DOI 10.1007/978-1-0716-1048-0_19
    Typ Book Chapter
    Autor Seidl B
    Verlag Springer Nature
    Seiten 271-295
  • 2020
    Titel Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp
    DOI 10.1186/s12864-020-6653-6
    Typ Journal Article
    Autor Vignolle G
    Journal BMC Genomics
    Seiten 258
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Additional file 3 of Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp
    DOI 10.6084/m9.figshare.12038250
    Typ Other
    Autor Mach R
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Additional file 3 of Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp
    DOI 10.6084/m9.figshare.12038250.v1
    Typ Other
    Autor Mach R
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Additional file 4 of Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp
    DOI 10.6084/m9.figshare.12038253
    Typ Other
    Autor Mach R
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Additional file 4 of Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp
    DOI 10.6084/m9.figshare.12038253.v1
    Typ Other
    Autor Mach R
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Additional file 6 of Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp
    DOI 10.6084/m9.figshare.12038268
    Typ Other
    Autor Mach R
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Additional file 6 of Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp
    DOI 10.6084/m9.figshare.12038268.v1
    Typ Other
    Autor Mach R
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Biosynthesis of the Isocoumarin Derivatives Fusamarins is Mediated by the PKS8 Gene Cluster in Fusarium
    DOI 10.1002/cbic.202200342
    Typ Journal Article
    Autor Atanasoff-Kardjalieff A
    Journal ChemBioChem
    Link Publikation
  • 2022
    Titel In Vitro Characterization of a Nuclear Receptor-like Domain of the Xylanase Regulator 1 from Trichoderma reesei
    DOI 10.3390/jof8121254
    Typ Journal Article
    Autor Mello-De-Sousa T
    Journal Journal of Fungi
    Seiten 1254
    Link Publikation
  • 2022
    Titel CPExtract, a Software Tool for the Automated Tracer-Based Pathway Specific Screening of Secondary Metabolites in LC-HRMS Data
    DOI 10.1021/acs.analchem.1c04530
    Typ Journal Article
    Autor Seidl B
    Journal Analytical Chemistry
    Seiten 3543-3552
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Genome Sequence of the Black Yeast-Like Strain Aureobasidium pullulans var. aubasidani CBS 100524
    DOI 10.1128/mra.01293-20
    Typ Journal Article
    Autor Vignolle G
    Journal Microbiology Resource Announcements
    Link Publikation
  • 2021
    Titel The Functional Order (FunOrder) tool – Identification of essential biosynthetic genes through computational molecular co-evolution
    DOI 10.1101/2021.01.29.428829
    Typ Preprint
    Autor Vignolle G
    Seiten 2021.01.29.428829
    Link Publikation
  • 2017
    Titel In Vivo Study of the Sorbicillinoid Gene Cluster in Trichoderma reesei
    DOI 10.3389/fmicb.2017.02037
    Typ Journal Article
    Autor Derntl C
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 2037
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Transcription factor Xpp1 is a switch between primary and secondary fungal metabolism
    DOI 10.1073/pnas.1609348114
    Typ Journal Article
    Autor Derntl C
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Withdrawal-induced escalated oxycodone self-administration is mediated by kappa opioid receptor function
    DOI 10.1101/177899
    Typ Preprint
    Autor Nguyen J
    Seiten 177899
    Link Publikation
Weitere Förderungen
  • 2021
    Titel Identification and Characterization of Fungal RiPPs
    Typ Other
    Förderbeginn 2021
  • 2019
    Titel TU doctorate college
    Typ Research grant (including intramural programme)
    Förderbeginn 2019

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