Ein pleiotroper Regulator des Sekundärmetabolismus
A pleiotropic Regulator of Secondary Metabolism
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (80%); Industrielle Biotechnologie (20%)
Keywords
-
Gene regulation,
Secondary metabolism,
Filamentous Fungi,
Polyketides,
Mycoparasitism
Pilze sind für die Herstellung von vielen Naturstoffen und so auch für die Produktion von Sekundärmetaboliten verantwortlich. Die Diversität dieser Substanzen resultiert einerseits aus einer großen Vielzahl von Pilzspezies sowie unterschiedlichster Biosynthesewege für deren Produktion. In den letzten Jahrzehnten wurden zahlreiche dieser Produkte identifiziert und viele davon werden heute von der Biotech- und Pharmaindustrie genutzt. Nichtdestotrotz ist die große Mehrzahl dieser Naturstoffgruppe noch unbekannt und harrt ihrer Entdeckung. Zwei Hauptherausforderungen begrenzen den Zugang zu neuen Verbindungen: i) das Unvermögen, diverse Produzenten von Sekundärmetaboliten im Labor zu kultivieren, und ii) die Tatsache, dass ein Großteil der Sekundärmetabolismus bezogenen Biosynthesegene und Gencluster unter Standardlaborbedingungen stumm sind, also nicht abgelesen werden. Um diese Hindernisse zu überwinden werden viele Strategien, einschließlich jener der Identifikation und Manipulation von pleiotropen Regulatoren des Sekundärstoffwechsels, verfolgt. Die Antragsteller und deren Teams haben vor kurzem einen Transkriptionsfaktor isoliert und vorcharakterisiert, der als pleiotroper, negativer Regulator der Sekundärmetaboliten Biosynthese fungiert. Erste Ergebnisse verdeutlichen, seine Schlüsselrolle in der Sekundärmetabolitenproduktion im filamentösen Pilz Trichoderma reesei. Dieser in trans agierende Faktor ist aber auch in einer Vielzahl von biotechnologisch und landwirtschaftlich relevanten Pilzspezies zu finden. Basierend auf diesen Ergebnissen werden im Projekt folgende Untersuchungen durchgeführt: i) Aufklärung des Regulons dieses Faktors in T. reesei ii) Analysieren seiner regulatorischen Funktion im Biokontrolle aktiven Pilz T. atroviride, den pflanzenpathogenen Pilzen Fusarium graminearum und F. fujikuroi und dem pharmakologisch genutzten Pilz Claviceps purpurea, iii) Untersuchung der molekularen Mechanismen über welche er seine regulatorische Funktion in T. reesei ausübt.
Der pilzliche Sekundärstoffwechsel ist eine riesige, unerschlossene Quelle für verschiedene Verbindungen mit hohem Anwendungspotential wie z.B. Pharmazeutika oder Pigmente. Bemerkenswerterweise sind die meisten Gene, die für die Produktion dieser sekundären Metaboliten verantwortlich sind, unter Standard-Laborbedingungen stumm. Das Projekt Resme zielte darauf ab, neue Strategien und Methoden zu entwickeln, um diese Gene zu aktivieren und neue Sekundärmetaboliten zu erkennen. Zu diesem Zweck verfolgten wir einige parallele Strategien. Zunächst untersuchten wir die Rolle und Funktionsweise eines neuartigen globalen Regulators des Sekundärstoffwechsels namens Xpp1. Als nächstes aktivierten wir stumme Gene direkt durch einen gezielten Überexpressionsansatz, was zur Entdeckung von zwei neuen sekundären Metaboliten mit antimykotischen Eigenschaften führte. Darüber hinaus haben wir vier neue bioinformatische Methoden mit dem Ziel entwickelt, die Vorhersage und Identifizierung von SMs zu verbessern. Insbesondere war Resme auch der Nährboden für mehrere Folgeprojekte. Wir konnten basierend auf den Ergebnissen von Resme Fördermittel für 3 einzelne Forschungsprojekte akquirieren und starteten ein PhD-Programm mit 10 voll finanzierten Stellen an der TU Wien.
- Rainer Schuhmacher, Universität für Bodenkultur Wien , assoziierte:r Forschungspartner:in
Research Output
- 218 Zitationen
- 19 Publikationen
- 2 Weitere Förderungen
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2025
Titel Dark matter of an orchid: metagenome of the microbiome associated with the rhizosphere of Dactylorhiza traunsteineri DOI 10.1101/2025.07.21.665863 Typ Preprint Autor Vignolle G Seiten 2025.07.21.665863 Link Publikation -
2021
Titel FunOrder: A robust and semi-automated method for the identification of essential biosynthetic genes through computational molecular co-evolution DOI 10.1371/journal.pcbi.1009372 Typ Journal Article Autor Vignolle G Journal PLOS Computational Biology Link Publikation -
2023
Titel The phenomenon of strain degeneration in biotechnologically relevant fungi DOI 10.1007/s00253-023-12615-z Typ Journal Article Autor Danner C Journal Applied Microbiology and Biotechnology Seiten 4745-4758 Link Publikation -
2020
Titel The Comprehensive and Reliable Detection of Secondary Metabolites in Trichoderma reesei: A Tool for the Discovery of Novel Substances DOI 10.1007/978-1-0716-1048-0_19 Typ Book Chapter Autor Seidl B Verlag Springer Nature Seiten 271-295 -
2020
Titel Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp DOI 10.1186/s12864-020-6653-6 Typ Journal Article Autor Vignolle G Journal BMC Genomics Seiten 258 Link Publikation -
2020
Titel Additional file 3 of Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp DOI 10.6084/m9.figshare.12038250 Typ Other Autor Mach R Link Publikation -
2020
Titel Additional file 3 of Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp DOI 10.6084/m9.figshare.12038250.v1 Typ Other Autor Mach R Link Publikation -
2020
Titel Additional file 4 of Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp DOI 10.6084/m9.figshare.12038253 Typ Other Autor Mach R Link Publikation -
2020
Titel Additional file 4 of Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp DOI 10.6084/m9.figshare.12038253.v1 Typ Other Autor Mach R Link Publikation -
2020
Titel Additional file 6 of Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp DOI 10.6084/m9.figshare.12038268 Typ Other Autor Mach R Link Publikation -
2020
Titel Additional file 6 of Novel approach in whole genome mining and transcriptome analysis reveal conserved RiPPs in Trichoderma spp DOI 10.6084/m9.figshare.12038268.v1 Typ Other Autor Mach R Link Publikation -
2022
Titel Biosynthesis of the Isocoumarin Derivatives Fusamarins is Mediated by the PKS8 Gene Cluster in Fusarium DOI 10.1002/cbic.202200342 Typ Journal Article Autor Atanasoff-Kardjalieff A Journal ChemBioChem Link Publikation -
2022
Titel In Vitro Characterization of a Nuclear Receptor-like Domain of the Xylanase Regulator 1 from Trichoderma reesei DOI 10.3390/jof8121254 Typ Journal Article Autor Mello-De-Sousa T Journal Journal of Fungi Seiten 1254 Link Publikation -
2022
Titel CPExtract, a Software Tool for the Automated Tracer-Based Pathway Specific Screening of Secondary Metabolites in LC-HRMS Data DOI 10.1021/acs.analchem.1c04530 Typ Journal Article Autor Seidl B Journal Analytical Chemistry Seiten 3543-3552 Link Publikation -
2021
Titel Genome Sequence of the Black Yeast-Like Strain Aureobasidium pullulans var. aubasidani CBS 100524 DOI 10.1128/mra.01293-20 Typ Journal Article Autor Vignolle G Journal Microbiology Resource Announcements Link Publikation -
2021
Titel The Functional Order (FunOrder) tool – Identification of essential biosynthetic genes through computational molecular co-evolution DOI 10.1101/2021.01.29.428829 Typ Preprint Autor Vignolle G Seiten 2021.01.29.428829 Link Publikation -
2017
Titel In Vivo Study of the Sorbicillinoid Gene Cluster in Trichoderma reesei DOI 10.3389/fmicb.2017.02037 Typ Journal Article Autor Derntl C Journal Frontiers in Microbiology Seiten 2037 Link Publikation -
2017
Titel Transcription factor Xpp1 is a switch between primary and secondary fungal metabolism DOI 10.1073/pnas.1609348114 Typ Journal Article Autor Derntl C Journal Proceedings of the National Academy of Sciences Link Publikation -
2017
Titel Withdrawal-induced escalated oxycodone self-administration is mediated by kappa opioid receptor function DOI 10.1101/177899 Typ Preprint Autor Nguyen J Seiten 177899 Link Publikation
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2021
Titel Identification and Characterization of Fungal RiPPs Typ Other Förderbeginn 2021 -
2019
Titel TU doctorate college Typ Research grant (including intramural programme) Förderbeginn 2019