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Struktur-Funktionsanalyse von humanem Afamin

Structure-function investigations of human afamin

Bernhard Rupp (ORCID: 0000-0002-3300-6965)
  • Grant-DOI 10.55776/P28395
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.01.2016
  • Projektende 31.10.2019
  • Bewilligungssumme 380.152 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Afamin, Protein Structure, X-ray Crystallography, Transport, Metabolic Syndrome

Abstract Endbericht

Das Glykoprotein Afamin ist ein Biomarker im Blutplasma dessen erhöhte Werte mit praktisch allen Riskofaktoren assoziiert sind, die unter dem metabolischen Syndrom zusammengefasst wer- den: Erhöhte Blutzucker- und Blutfettspiegel, Übergewicht, Bluthochdruck, sowie Präeklampsie (erhöhtes Risiko für Frühgeburten). Trotz der Assoziation von Afamin mit weitverbreiteten Symp- tomen und Risikofaktoren für Zivilisationskrankheiten ist nur sehr wenig über seine Funktion be- kannt. Studien in unserer Arbeitsgruppe an der Medizinischen Universität Innsbruck haben gezeigt dass es sich bei Afamin primär um einen vielseitigen Transporter von schwer wasserlöslichen Mo- lekülen (darunter Vitamin E) handelt. Praktisch nichts ist bekannt über Details der molekularen Struktur und ihrem Zusammenhang mit der Funktion dieses wichtigen Biomarkers und Transpor- ters. Ziel unseres international integrierten Projektes ist daher die molekulare Struktur von Afamin mittels Röntgenstrukturanalyse aufzuklären. Die detaillierte Kenntnis der molekularen Struktur er- laubt weitreichende Einsichten und Entdeckungen, die wichtige Fragen zu vermuteten als auch zu noch unbekannten Funktionen beantworten: Wie sieht Afamin im Detail aus? Wodurch unterschei- det es sich von bekannten, ähnlichen Transportproteinen wie Albumin? Welche aktiven Bindungs- taschen können wir in Afamin identifizieren? Welche Klassen von Molekülen könnten dort binden? Welche Moleküle binden bereits natürlich an Afamin, und welche können wir experimentell mit Afamin komplexieren? Kann Afamin ebenfalls wie Albumin therapeutisch relevante Wirkstoffmole- küle im Blutstrom abtransportieren und daher ihre Wirksamkeit beeinflussen? Zur Röntgenstrukturaufklärung müssen kleine Kristalle von Afamin in winzigen Lösungs- Tröpfchen gezüchtet werden. Wir haben erhebliche Fortschritte bei der notwendigen Expression, Reinigung, und Kristallisation von Afamin-Varianten erzielt. Noch nicht optimierte Kristalle von Afamin haben einen Streudatensatz bis 3.2 Å geliefert, Afamin-Antikörper Fragmente als Gerüst- moleküle haben erste Streuung gezeigt, und Afamin-Antikörper-Komplexe haben erste Kristalle gebildet. Aus den Röntgenstreudaten der Kristalle wird ein detailliertes Strukturmodell als Basis für bioinformatische Analysen der Bindungstaschen und Ligandenbindung erstellt. Diese Methoden haben wir unter Verwendung eines Homologie-Modells (basierend auf der verwandten Albumin- Struktur) getestet und eine-Tocopherol (Vitamin E) als auch multiple potenzielle sekundäre hydrophobe Bindungstaschen identifiziert. Die tatsächliche experimentelle Afamin-Struktur wird erlauben, wichtige funktionelle, potentiell wirkstoff-bindende Bindungstas- chen zu identifizieren, und in Folgeexperimenten experimentell zu verifizieren. Die Analyse der molekularen Struktur von Afamin und seiner Komplexe mit niedermolekularen Liganden ist hervorragend geeignet, den Ursprung seiner Funktionsvielfalt zu enthüllen. Sie er- möglicht kritische Bewertung seiner Transporteigenschaften, und ultimativ die Abschätzung ob und wie Afamin therapeutisches Potential besitzt. Die Ergebnisse aus dieser Studie werden völlig neu- artig und von signifikanter Bedeutung sowohl für die Strukturbiologie als auch für die biomedizini- sche Atherosklerose-Forschungsgemeinde sein.

Strukturgeleitete Untersuchungen am humanen Glykoprotein Afamin enthüllen seine struktu-relle Plastizität und Multifunktionalität. Das Glykoprotein Afamin ist ein Biomarker, dessen erhöhte Werte im Blutplasma mit praktisch allen Riskofaktoren assoziiert sind, die unter dem metabolischen Syndrom zusammengefasst werden: Erhöhte Blutzucker- und Blutfettspiegel, Übergewicht, Bluthochdruck, sowie Präeklampsie (erhöhtes Risiko für Frühgeburten). Trotz der Assoziation von Afamin mit weitverbreiteten Symptomen und Risikofaktoren für Zivilisationskrankheiten war nur sehr wenig über seine Funktion und praktisch nichts über seine molekulare Struktur bekannt. Durch Studien an der Medizinischen Universität In-nsbruck war jedoch vermutet, dass es sich bei Afamin primär um einen vielseitigen Transporter von schwer wasserlöslichen Molekülen handelt. Details der molekularen Struktur und ihr Zusammen-hang mit der Funktion dieses wichtigen Biomarkers wurden durch dieses FWF geförderte Projekt aufgeklärt. Die detaillierte Kenntnis der molekularen Struktur erlaubte uns weitreichende Einsichten und neue Entdeckungen, die wichtige Fragen zur vermuteten Funktion beantwortet haben und auch vollkommen neue Funktionen aufgezeigt haben. Die Bestimmung der molekularen Struktur mittels Röntgenkristallographie war enorm schwierig da das Afamin Molekül höchst flexibel ist und nur sehr ungern die geordneten Kristalle formt, die für Röntgenstrukturanalyse unbedingt notwendig sind. Hunderte von winzigen Afamin-Kristallen muss-ten gezüchtet werden und an einer der leistungsfähigsten Strahlenquellen Europas, am ESRF Syn-chrotron in Grenoble, untersucht werden. Durch Einsatz neuester und technisch anspruchsvollster experimenteller Methoden konnten wir detailreiche Strukturmodelle erstellen, welche die Bindungs-taschen und darin gebundenen Moleküle präsentieren. Unsere Strukturanalyse zeigte, dass Afamin eine Vielzahl von verschieden Konformationen einnehmen kann, um verschiedene, nur schwer was-serlösliche Moleküle in tiefen hydrophoben Bindungstaschen zu transportieren. Besonders interes-sant und unerwartet war die Entdeckung, dass Afamin auch hydrophobe Signalproteine transportie-ren kann, die in der interzellulären Kommunikation wichtig sind. Dies wiederum ist ein Hinweis da-rauf, dass Afamin ursächlich an den Krankheitsbildern des metabolischen Syndroms beteiligt sein kann. Wir haben ebenfalls entdeckt, dass Afamin in der Lage ist, im Blutkreislauf Gadoliniumverbin-dungen, die als Kontrastmittel in der Magnetresonanztomografie eingesetzt werden, zu transportie-ren. Die von uns erstellten experimentellen Strukturmodelle von Afamin sind öffentlich für alle Forscher zugänglich und erlauben erstmals eine kritische und rationale Untersuchung seiner Transporteigen-schaften sowie eine Abschätzung ob und wie Afamin therapeutisches Potential besitzt. Die Ergeb-nisse unserer Studie sind völlig neuartig und von signifikantem Interesse für die Strukturbiologie und für die biomedizinische Forschungsgemeinde.

Forschungsstätte(n)
  • Medizinische Universität Innsbruck - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Martin Haslbeck, Technische Universität München - Deutschland
  • Matthew Bowler, EMBL Grenoble - Frankreich
  • Pauline Mary Rudd, University College Dublin - Irland
  • Stipan Jonjic, University Rijeka - Kroatien
  • Katherine A. Kantardjieff, California State University San Marcos - Vereinigte Staaten von Amerika

Research Output

  • 520 Zitationen
  • 22 Publikationen
  • 3 Datasets & Models
Publikationen
  • 2021
    Titel Correcting cis-trans-transgressions in macromolecular structure models
    DOI 10.1111/febs.15884
    Typ Journal Article
    Autor Waibl F
    Journal The FEBS Journal
    Seiten 2793-2804
  • 2020
    Titel Structural and functional comparison of fumarylacetoacetate domain containing protein 1 in human and mouse
    DOI 10.1042/bsr20194431
    Typ Journal Article
    Autor Weiss A
    Journal Bioscience Reports
    Link Publikation
  • 2021
    Titel The structure of neurofibromin isoform 2 reveals different functional states
    DOI 10.1038/s41586-021-04024-x
    Typ Journal Article
    Autor Naschberger A
    Journal Nature
    Seiten 315-319
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Enzymatic Route toward 6-Methylated Baeocystin and Psilocybin
    DOI 10.1002/cbic.201900358
    Typ Journal Article
    Autor Fricke J
    Journal ChemBioChem
    Seiten 2824-2829
  • 2019
    Titel Expression, Purification, Crystallization, and Enzyme Assays of Fumarylacetoacetate Hydrolase Domain-Containing Proteins
    DOI 10.3791/59729
    Typ Journal Article
    Autor Weiss A
    Journal Journal of visualized experiments : JoVE
    Seiten 10.3791/59729
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Controlled dehydration, structural flexibility, and Gadolinium MRI contrast compound binding in human plasma glycoprotein afamin
    DOI 10.1101/673376
    Typ Preprint
    Autor Naschberger A
    Seiten 673376
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Expression, Purification, Crystallization, and Enzyme Assays of Fumarylacetoacetate Hydrolase Domain-Containing Proteins
    DOI 10.3791/59729-v
    Typ Journal Article
    Autor Holzknecht M
    Journal Journal of Visualized Experiments
  • 2019
    Titel Controlled dehydration, structural flexibility and gadolinium MRI contrast compound binding in the human plasma glycoprotein afamin
    DOI 10.23689/fidgeo-4806
    Typ Other
    Autor Juyoux P
    Link Publikation
  • 2019
    Titel The Methyltransferase Region of Vesicular Stomatitis Virus L Polymerase Is a Target Site for Functional Intramolecular Insertion
    DOI 10.3390/v11110989
    Typ Journal Article
    Autor Heilmann E
    Journal Viruses
    Seiten 989
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Ultrahigh Resolution Polarization Sensitive Optical Coherence Tomography of the Human Cornea with Conical Scanning Pattern and Variable Dispersion Compensation
    DOI 10.3390/app9204245
    Typ Journal Article
    Autor Beer F
    Journal Applied Sciences
    Seiten 4245
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Controlled dehydration, structural flexibility and gadolinium MRI contrast compound binding in the human plasma glycoprotein afamin
    DOI 10.1107/s2059798319013500
    Typ Journal Article
    Autor Naschberger A
    Journal Acta Crystallographica Section D
    Seiten 1071-1083
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Only seeing is believing - the power of evidence and reason.
    Typ Journal Article
    Autor Rupp B
    Journal Postepy biochemii
    Seiten 250-256
  • 2016
    Titel Correcting the record of structural publications requires joint effort of the community and journal editors
    DOI 10.1111/febs.13765
    Typ Journal Article
    Autor Rupp B
    Journal The FEBS Journal
    Seiten 4452-4457
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Only seeing is believing - the power of evidence and reason.
    DOI 10.18388/pb.2016_2
    Typ Journal Article
    Autor Rupp B
    Journal Postepy biochemii
    Seiten 250-256
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Protein stability: a crystallographer's perspective
    DOI 10.1107/s2053230x15024619
    Typ Journal Article
    Autor Deller M
    Journal Acta Crystallographica Section F: Structural Biology Communications
    Seiten 72-95
    Link Publikation
  • 2016
    Titel The N14 anti-afamin antibody Fab: a rare VL1 CDR glycosylation, crystallographic re-sequencing, molecular plasticity and conservative versus enthusiastic modelling
    DOI 10.1107/s205979831601723x
    Typ Journal Article
    Autor Naschberger A
    Journal Acta Crystallographica Section D: Structural Biology
    Seiten 1267-1280
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Expression, Purification, and Biochemical Characterization of Human Afamin
    DOI 10.1021/acs.jproteome.7b00867
    Typ Journal Article
    Autor Altamirano A
    Journal Journal of Proteome Research
    Seiten 1269-1277
  • 2018
    Titel Against Method: Table 1—Cui Bono?
    DOI 10.1016/j.str.2018.04.013
    Typ Journal Article
    Autor Rupp B
    Journal Structure
    Seiten 919-923
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Detect, correct, retract: How to manage incorrect structural models
    DOI 10.1111/febs.14320
    Typ Journal Article
    Autor Wlodawer A
    Journal The FEBS Journal
    Seiten 444-466
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Structural Evidence for a Role of the Multi-functional Human Glycoprotein Afamin in Wnt Transport
    DOI 10.1016/j.str.2017.10.006
    Typ Journal Article
    Autor Naschberger A
    Journal Structure
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Twilight reloaded: the peptide experience
    DOI 10.1107/s205979831601620x
    Typ Journal Article
    Autor Weichenberger C
    Journal Acta Crystallographica Section D: Structural Biology
    Seiten 211-222
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Validation of Protein–Ligand Crystal Structure Models: Small Molecule and Peptide Ligands
    DOI 10.1007/978-1-4939-7000-1_25
    Typ Book Chapter
    Autor Pozharski E
    Verlag Springer Nature
    Seiten 611-625
Datasets & Models
  • 2019 Link
    Titel Gadolinium MRI contrast compound binding in human plasma glycoprotein afamin
    DOI 10.15151/esrf-dc-186857652
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2018 Link
    Titel Structural Evidence for a Role of the Multi-functional Human Glycoprotein Afamin in Wnt Transport
    DOI 10.15151/esrf-dc-142893590
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2018 Link
    Titel Controlled dehydration, structural flexibility, and Gadolinium MRI contrast compound binding in human plasma glycoprotein afamin
    DOI 10.15151/esrf-dc-142915526
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link

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