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Glykoepitope von N-Glykanen in Echinodermata

Glycoepitopes of N-glycans in Echinodermata

Katharina Paschinger (ORCID: 0000-0002-3594-7136)
  • Grant-DOI 10.55776/P25058
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.12.2013
  • Projektende 30.06.2018
  • Bewilligungssumme 348.012 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (80%); Physik, Astronomie (20%)

Keywords

    Glycomics, Carbohydrate Epitopes, N-Glycans, Echinodermata, Mass Spectrometry, Oligosaccharide Analysis

Abstract Endbericht

In den vergangenen Jahren führten rapide Erkenntnisgewinne aus der Genomsequenzierung verschiedener Organismen und die daraus resultierenden Vergleichsmöglichkeiten zu einer geänderten Sichtweise über die Entwicklung und Verwandtschaft der Lebewesen. Im Gegensatz dazu ist der Vergleich von proteingebundenen Kohlenhydraten der Organismen aufgrund der komplexen Analytik ins Hintertreffen geraten und das obwohl Glykane in ihren verschiedenen Ausprägungen Schlüsselrollen in der (Zell)-Entwicklung spielen; speziell durch die Lokalisation an der Zelloberfäche sind sie an vielen primären Zell-Zell Wechselwirkungen beteiligt. Dieses Projekt befaßt sich mit den N-Glykanen der Echinodermaten, einer Gruppe mariner wirbelloser Organismen, die Seesterne und Seeigel umfaßt und im Stammbaum des Lebens in naher Verwandschaft zu den Chordata, zu denen die Wirbeltiere inklusive des Menschen gehören, steht. Trotz der wichtigen Stellung am Übergang zu den Wirbeltieren, der sicher durch neue ZellZell-wechselwirkungen markiert ist, existieren nur wenige Daten, die sich mit den Glykanen dieser Tiere beschäftigen, die sich in einer Grauzone zwischen den typisch Wirbellosen (wie Würmern und Insekten) und den Wirbeltieren befinden. Basierend auf den genomischen Daten des Seeigels (Strongylocentrotus purpuratus) und Lektinbindungsdaten von einer Seegurke kann man davon ausgehen, daß die Glykane auch der anderen Echinodermaten die Zuckerpitope Fucose und Sialinsäure enthalten. Speziell der letztgenannte Zucker wird sonst mit Wirbeltieren assoziert. Um die N-Glykane ausgewählter Echinodermaten in Detail zu studieren sollen diese nach verschiedenen Reinigungsschritten mittels Massenspektrometrie, MS/MS und HPLC- Analytik in Kombination mit enzymatischen und chemischen Behandlungen analysiert werden. Die neugewonnenen Daten über vorhandene Glykanepitope werden dann mit den phylogenetischen Daten in Verbindung gebracht um weitere Rückschlüsse auf die Entwicklung des Lebens am Schnittpunkt zu den Wirbeltieren zu ermöglichen.

In den vergangenen Jahren führten rapide Erkenntnisgewinne aus der Genomsequenzierung verschiedener Organismen und die daraus resultierenden Vergleichsmöglichkeiten zu einer geänderten Sichtweise über die Entwicklung und Verwandtschaft der Lebewesen. Im Gegensatz dazu ist der Vergleich von proteingebundenen Kohlenhydraten der Organismen aufgrund der komplexen Analytik ins Hintertreffen geraten und das obwohl Glykane in ihren verschiedenen Ausprägungen Schlüsselrollen in der (Zell)-Entwicklung spielen; speziell durch die Lokalisation an der Zelloberfläche sind sie an vielen primären Zell-Zell Wechselwirkungen beteiligt. Dieses Projekt befasste sich mit den N-Glykanen der Echinodermaten, einer Gruppe mariner wirbelloser Organismen, die Seesterne und Seeigel umfasst und im Stammbaum des Lebens in naher Verwandtschaft zu den Chordata, zu denen die Wirbeltiere inklusive des Menschen gehören, steht. Trotz der wichtigen Stellung am Übergang zu den Wirbeltieren, der sicher durch neue Zell-Zell-Wechselwirkungen markiert ist, existierten nur wenige Daten, die sich mit den Glykanen dieser Tiere beschäftigen, die sich in dieser Grauzone zwischen den typisch Wirbellosen (wie Würmern und Insekten) und den Wirbeltieren befinden. Basierend auf genomischen Daten und Lektinbindungsdaten wurde angenommen, dass die Glykane auch der anderen Echinodermaten die Zuckerepitope Fucose und Sialinsäure enthalten, wobei der letztgenannte Zucker sonst mit Wirbeltieren assoziiert wird. Um die N-Glykane ausgewählter Echinodermaten im Detail zu studieren wurden diese nach verschiedenen Reinigungsschritten mittels Massenspektrometrie, MS/MS und HPLC- Analytik in Kombination mit enzymatischen und chemischen Behandlungen analysiert. Die oben erwähnte Hypothese wurde mehr als bestätigt - sogar die Vielfalt der Strukturen in verschiedenen Spezies ist eigentlich überwältigend. Die analytische Vorgangsweise wurde optimiert und mit Proben von Insekten und Nematoden auch angewandt. Die neugewonnenen Daten über vorhandene Glykanepitope können nun mit den phylogenetischen Daten in Verbindung gebracht um weitere Rückschlüsse auf die Entwicklung des Lebens am Schnittpunkt zu den Wirbeltieren zu ermöglichen.

Forschungsstätte(n)
  • Universität für Bodenkultur Wien - 100%

Research Output

  • 521 Zitationen
  • 23 Publikationen
Publikationen
  • 2015
    Titel More Than Just Oligomannose: An N-glycomic Comparison of Penicillium Species*
    DOI 10.1074/mcp.m115.055061
    Typ Journal Article
    Autor Hykollari A
    Journal Molecular & Cellular Proteomics
    Seiten 73-92
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Multistep Fractionation and Mass Spectrometry Reveal Zwitterionic and Anionic Modifications of the N- and O-glycans of a Marine Snail*
    DOI 10.1074/mcp.m115.051573
    Typ Journal Article
    Autor Eckmair B
    Journal Molecular & Cellular Proteomics
    Seiten 573-597
    Link Publikation
  • 2017
    Titel The underestimated N-glycomes of lepidopteran species
    DOI 10.1016/j.bbagen.2017.01.009
    Typ Journal Article
    Autor Stanton R
    Journal Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects
    Seiten 699-714
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Core Richness of N-Glycans of Caenorhabditis elegans: A Case Study on Chemical and Enzymatic Release
    DOI 10.1021/acs.analchem.7b03898
    Typ Journal Article
    Autor Yan S
    Journal Analytical Chemistry
    Seiten 928-935
    Link Publikation
  • 2017
    Titel The expanding glycouniverse: diverse glycan modifications in lower eukaryotes
    DOI 10.1096/fasebj.31.1_supplement.784.5
    Typ Journal Article
    Autor Wilson I
    Journal The FASEB Journal
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Hydrophilic interaction anion exchange for separation of multiply modified neutral and anionic Dictyostelium N-glycans
    DOI 10.1002/elps.201700073
    Typ Journal Article
    Autor Hykollari A
    Journal ELECTROPHORESIS
    Seiten 2175-2183
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Analysis of Invertebrate and Protist N-Glycans
    DOI 10.1007/978-1-4939-6493-2_13
    Typ Book Chapter
    Autor Hykollari A
    Verlag Springer Nature
    Seiten 167-184
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Ablation of N-acetylglucosaminyltransferases in Caenorhabditis induces expression of unusual intersected and bisected N-glycans
    DOI 10.1016/j.bbagen.2018.07.002
    Typ Journal Article
    Autor Yan S
    Journal Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects
    Seiten 2191-2203
    Link Publikation
  • 2018
    Titel The parasitic nematode Oesophagostomum dentatum synthesizes unusual glycosaminoglycan-like O-glycans
    DOI 10.1093/glycob/cwy045
    Typ Journal Article
    Autor Vanbeselaere J
    Journal Glycobiology
    Seiten 474-481
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Isomeric Separation and Recognition of Anionic and Zwitterionic N-glycans from Royal Jelly Glycoproteins*
    DOI 10.1074/mcp.ra117.000462
    Typ Journal Article
    Autor Hykollari A
    Journal Molecular & Cellular Proteomics
    Seiten 2177-2196
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Protein-Specific Analysis of Invertebrate Glycoproteins
    DOI 10.1007/978-1-4939-8814-3_24
    Typ Book Chapter
    Autor Hykollari A
    Verlag Springer Nature
    Seiten 421-435
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Sulfated and sialylated N-glycans in the echinoderm Holothuria atra reflect its marine habitat and phylogeny
    DOI 10.1074/jbc.ra119.011701
    Typ Journal Article
    Autor Vanbeselaere J
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 3159-3172
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Comparisons of N-glycans across invertebrate phyla
    DOI 10.1017/s0031182019000398
    Typ Journal Article
    Autor Paschinger K
    Journal Parasitology
    Seiten 1733-1742
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Anionic and zwitterionic moieties as widespread glycan modifications in non-vertebrates
    DOI 10.1007/s10719-019-09874-2
    Typ Journal Article
    Autor Paschinger K
    Journal Glycoconjugate Journal
    Seiten 27-40
    Link Publikation
  • 2019
    Titel N-glycomic Complexity in Anatomical Simplicity: Caenorhabditis elegans as a Non-model Nematode?
    DOI 10.3389/fmolb.2019.00009
    Typ Journal Article
    Autor Paschinger K
    Journal Frontiers in Molecular Biosciences
    Seiten 9
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Highly modified and immunoactive N-glycans of the canine heartworm
    DOI 10.1038/s41467-018-07948-7
    Typ Journal Article
    Autor Martini F
    Journal Nature Communications
    Seiten 75
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Tissue-specific glycosylation in the honeybee: Analysis of the N-glycomes of Apis mellifera larvae and venom
    DOI 10.1016/j.bbagen.2019.08.002
    Typ Journal Article
    Autor Hykollari A
    Journal Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects
    Seiten 129409
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Comparative Glycobiology
    DOI 10.1007/978-4-431-54836-2_153-1
    Typ Book Chapter
    Autor Paschinger K
    Verlag Springer Nature
    Seiten 1-10
  • 2014
    Titel Comparative Glycobiology
    DOI 10.1007/978-4-431-54841-6_153
    Typ Book Chapter
    Autor Paschinger K
    Verlag Springer Nature
    Seiten 795-805
  • 2016
    Titel Analysis of zwitterionic and anionic N-linked glycans from invertebrates and protists by mass spectrometry
    DOI 10.1007/s10719-016-9650-x
    Typ Journal Article
    Autor Paschinger K
    Journal Glycoconjugate Journal
    Seiten 273-283
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Targeted release and fractionation reveal glucuronylated and sulphated N- and O-glycans in larvae of dipteran insects
    DOI 10.1016/j.jprot.2015.05.030
    Typ Journal Article
    Autor Kurz S
    Journal Journal of Proteomics
    Seiten 172-188
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Glycomics Studies on Nematodes Elucidate Conserved Functional Epitopes and Biosynthetic Pathways
    DOI 10.1096/fasebj.2018.32.1_supplement.673.17
    Typ Journal Article
    Autor Yan S
    Journal The FASEB Journal
    Seiten 673.17-673.17
  • 2020
    Titel Glycosylation at an evolutionary nexus: the brittle star Ophiactis savignyi expresses both vertebrate and invertebrate N-glycomic features
    DOI 10.1074/jbc.ra119.011703
    Typ Journal Article
    Autor Eckmair B
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 3173-3188
    Link Publikation

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