Genetische Spuren von Domestikation in Altweltkameliden
Genomic signatures of domestication in Old World camelids
Wissenschaftsdisziplinen
Biologie (100%)
Keywords
-
Evolution,
Artificial Selection,
Next Generation Sequencing,
Single Nucleotide Polymorphism,
Camelini
Während der Domestikation wurden unsere Haustiere und deren Genome künstlicher, anthropogener Selektion ausgesetzt. Mittels der Sequenzierung von gesamten Genomen ist es nun möglich, genau jene Veränderungen zu untersuchen, die dem Prozess der Domestikation - also der Anpassung an die von Menschen vorgegebenen Lebensweisen - zugrunde liegen. Das Ziel dieses Projekts ist es, diese genomischen Spuren von Selektion in domestizierten Kamelen durch vergleichende Analysen mit ihren wilden Artverwandten zu finden. Altweltkamele (Camelus bactrianus und Camelus dromedarius) gehören zu den zuletzt domestizierten Haustierarten (vor 4000 bis 6000 Jahren). Die einzig noch lebende Wildkamelart, das zweihöckrigen Wildkamel (Camelus ferus), existiert nur noch in kleinen Gruppen in der Mongolei und in China. Im Gegensatz zu anderen Haustieren, die für einige wenige bevorzugte Merkmale gezüchtet wurden, standen bei der Domestikation von Kamelen vor allem ihr vielseitiger Verwendungszweck und die Selektion von Zahmheit im Vordergrund. Deshalb sind Kamele auch prädestiniert, um die Anfangsphase der Domestikation - Toleranz gegenüber Menschen - zu untersuchen. In vorangegangenen Studien haben wir eine große globale genetische Vielfalt bei Dromedaren und Trampeltieren entdeckt, die nicht nur auf eine Expansion nach einer anfänglichen Domestikationsphase, sondern auch auf eine hohe anzestrale Diversität schließen läßt. Basierend auf diesen Beobachtungen vermuten wir, (H1 ) künstliche Selektion während der Domestikation der Kamele hinterließ Signaturen in spezifischen Regionen des Genoms, die durch vergleichende Analysen von Wild- und Hauskamelen und archäologischen Funden prä- domestizierter Dromedare entdeckt werden können; und (H2 ) die Evolutionsgeschichte der Altweltkamele wurde unabhängig von der Domestikation auch durch Anpassung an extreme Umweltbedingungen und zufällige genetische Prozesse beeinflusst, die durch genomweite systematische Analysen zu finden sind. Dieses Projekt soll dazu beitragen, die Mechanismen zu verstehen, die den anfänglichen Domestikationprozessen zu grunde liegen. Durch die Entdeckung von sogenannten "Domestikationsgenen" in Kamelen und deren Vergleich mit anderen Haustieren, werden wir mehr über funktionale Regionen in den Säugetiergenomen generell erfahren. Die Kenntnis der Evolutionsgeschichte der Altweltkamele wird auch zur in-situ Arterhaltung der letzten Wildkamele sowie zur Erhaltung der genomischen Diversität der wichtigsten und nachhaltigsten Haustierart in (semi-) ariden Regionen beitragen.
Es gibt zwei domestizierte Arten von Altweltkamelen, das einhöckrige Dromedar (Camelus dromedarius) und das zweihöckrige Trampeltier (Camelus bactrianus). Die dritte Art, das zweihöckige Wildkamel (Camelus ferus) wurde nie domestiziert und existiert heute in der Mongolischen Wüste Gobi und in der Chinesischen Taklamakan und Lop Nur. Mit geschätzten 2000 überlebenden Tieren stehen Wildkamele auf der roten Liste der IUCN (International Union for Conservation of Nature) für bedrohte Tierarten. Archäologische Studien deuten darauf hin, dass die Domestikation von Trampeltieren vor ca. 5000 6000 Jahren stattgefunden hat. Die genetischen Ergebnisse aus unserem Projekt zeigen, dass Dromedare vor ca. 3000 Jahren an der Südostküste der Arabischen Halbinsel domestiziert wurden. Nach einer anfänglichen Domestikation mit einigen Tieren wurden immer wieder Wilddromedare eingekreuzt, bis die Wildpopulation vor. ca. 2000 Jahren ausstarb. Heutzutage gewinnen Altweltkamele stark an Bedeutung, da sie als nachhaltige Lieferanten von Grundnahrungsmitteln wie Milch und Fleisch, aber auch Wolle, für Millionen von Menschen in Wüstengebieten wichtig sind. Daher untersuchten wir in diesem Projekt die Veränderungen und Selektion in den Genomen der Altweltkamele durch Domestikation. Wir sequenzierten 25 Genome der drei Spezies und entschlüsselten das Genom von einem Dromedar Waris aus Österreich, das nun weltweit als Referenzgenom zur Verfügung steht. Anhand der genetischen Unterschiede können wir nun die Evolutionsgeschichte der Altweltkamele nachvollziehen und außerdem ein umfangreiches Set an genetische Markern zur Verfügung stellen, die zur weiteren Selektion und Zucht von Kamelen genutzt werden können.
- Lei Yuan, Xing Jiang Lop Nur Wild Camel National Nature Reserve - China
- Hans Peter Uerpmann, Eberhard-Karls-Universität Tübingen - Deutschland
- Joris Peters, Freie Universität Berlin - Deutschland
- Jukka Corander, Helsinki University - Finnland
- Bernhard Faye, Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement - Frankreich
- Marjan Mashkour, Muséum National d´Histoire Naturelle - Frankreich
- Adiya Yadamsuren, Mongolian Academy of Sciences - Mongolei
- Khorloojav Tumennasan, Mongolian Academy of Sciences - Mongolei
- Michael Bruford, University of Cardiff - Vereinigtes Königreich
- Faisal Al-Mathen, University of Nottingham - Vereinigtes Königreich
- Olivier Hanotte, University of Nottingham - Vereinigtes Königreich
Research Output
- 489 Zitationen
- 52 Publikationen
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2020
Titel Genomic signatures of domestication in Old World camels DOI 10.60692/jykfv-ewm22 Typ Other Autor Elmira Mohandesan Link Publikation -
2020
Titel Genomic signatures of domestication in Old World camels DOI 10.60692/st2rj-h0h73 Typ Other Autor Elmira Mohandesan Link Publikation -
2019
Titel Combined hybridization capture and shotgun sequencing for ancient DNA analysis of extinct wild and domestic dromedary camel DOI 10.25932/publishup-43995 Typ Other Autor Mohandesan E Link Publikation -
2012
Titel Genetic traces of Domestication in Old World Camels. Typ Book Chapter Autor Burger Pa -
2016
Titel Reply to Marom et al.: Mitochondrial panmixia in dromedaries predates ancient caravan trading DOI 10.1073/pnas.1609984113 Typ Journal Article Autor Burger P Journal Proceedings of the National Academy of Sciences Link Publikation -
2016
Titel Characterisation of the Genetic Diversity, Structure and Admixture of Dromedary Populations. Typ Conference Proceeding Abstract Autor Almathen F Konferenz Plant and Animal Genomic Conference XXIV. -
2016
Titel Back to the roots and routes of dromedary domestication DOI 10.1073/pnas.1606340113 Typ Journal Article Autor Orlando L Journal Proceedings of the National Academy of Sciences Seiten 6588-6590 Link Publikation -
2016
Titel The history of Old World camelids in the light of molecular genetics DOI 10.1007/s11250-016-1032-7 Typ Journal Article Autor Burger P Journal Tropical Animal Health and Production Seiten 905-913 Link Publikation -
2016
Titel Genomic Footprints of Selection under Domestication in Old World Camelids. Typ Conference Proceeding Abstract Autor Burger Pa Et Al Konferenz Plant and Animal Genomic Conference XXIV. -
2021
Titel A Deadly Cargo: Gene Repertoire of Cytotoxic Effector Proteins in the Camelidae DOI 10.3390/genes12020304 Typ Journal Article Autor Futas J Journal Genes Seiten 304 Link Publikation -
2015
Titel Combined Sanger and NGS sequence analysis oft he Myostatin gene (MSTN) in the Camelus dromedarius species. Typ Conference Proceeding Abstract Autor Ciani E Et Al Konferenz 4th conference of International Society of Camel Research and Development (ISOCARD) Silk Road camel: Main Stakes For Sustainable Development (Scientific and Practical Journal Veterinaryia). -
2015
Titel Prehistoric genomes of Arabian Camels (Camelus dromedarius) unravel the genetic variation in ancestral populaiton and possible origin of domestication. Typ Conference Proceeding Abstract Autor Burger Pa Et Al Konferenz Annual Meeting of the Society of Molecular Biology and Evolution conference (SMBE). -
2015
Titel Validating local knowledge on camels: Colour phenotypes and genetic variation of dromedaries in the Nigeria-Niger corridor DOI 10.1016/j.livsci.2015.07.008 Typ Journal Article Autor Abdussamad A Journal Livestock Science Seiten 131-136 Link Publikation -
2015
Titel The de novo genome assembly and annotation of a female domestic dromedary of North African origin DOI 10.1111/1755-0998.12443 Typ Journal Article Autor Fitak R Journal Molecular Ecology Resources Seiten 314-324 Link Publikation -
2017
Titel Mitogenome Sequencing in the Genus Camelus Reveals Evidence for Purifying Selection and Long-term Divergence between Wild and Domestic Bactrian Camels DOI 10.1038/s41598-017-08995-8 Typ Journal Article Autor Mohandesan E Journal Scientific Reports Seiten 9970 Link Publikation -
2017
Titel Mitogenome Sequencing in the Genus Camelus Reveals Evidence for Purifying Selection and Long-term Divergence between Wild and Domestic Bactrian Camels DOI 10.60692/kk4rc-tms55 Typ Other Autor Elmira Mohandesan Link Publikation -
2017
Titel Mitogenome Sequencing in the Genus Camelus Reveals Evidence for Purifying Selection and Long-term Divergence between Wild and Domestic Bactrian Camels DOI 10.60692/js06w-3ev38 Typ Other Autor Elmira Mohandesan Link Publikation -
2016
Titel Additional file 2: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d3.v1 Typ Other Autor Mohandesan E Link Publikation -
2016
Titel Additional file 2: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d3 Typ Other Autor Mohandesan E Link Publikation -
2016
Titel Additional file 3: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d4 Typ Other Autor Mohandesan E Link Publikation -
2016
Titel Additional file 4: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d1 Typ Other Autor Mohandesan E Link Publikation -
2016
Titel Additional file 4: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d1.v1 Typ Other Autor Mohandesan E Link Publikation -
2016
Titel Additional file 1: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d2.v1 Typ Other Autor Mohandesan E Link Publikation -
2016
Titel Additional file 5: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d5 Typ Other Autor Mohandesan E Link Publikation -
2016
Titel Additional file 3: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d4.v1 Typ Other Autor Mohandesan E Link Publikation -
2016
Titel Additional file 5: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d5.v1 Typ Other Autor Mohandesan E Link Publikation -
2016
Titel Additional file 1: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d2 Typ Other Autor Mohandesan E Link Publikation -
2020
Titel Genomic signatures of domestication in Old World camels DOI 10.1038/s42003-020-1039-5 Typ Journal Article Autor Fitak R Journal Communications Biology Seiten 316 Link Publikation -
2019
Titel Natural Killer Cell Receptor Genes in Camels: Another Mammalian Model DOI 10.3389/fgene.2019.00620 Typ Journal Article Autor Futas J Journal Frontiers in Genetics Seiten 620 Link Publikation -
2019
Titel A First Y-Chromosomal Haplotype Network to Investigate Male-Driven Population Dynamics in Domestic and Wild Bactrian Camels DOI 10.3389/fgene.2019.00423 Typ Journal Article Autor Felkel S Journal Frontiers in Genetics Seiten 423 Link Publikation -
2022
Titel Microsatellite markers of the major histocompatibility complex genomic region of domestic camels DOI 10.3389/fgene.2022.1015288 Typ Journal Article Autor Knoll A Journal Frontiers in Genetics Seiten 1015288 Link Publikation -
2022
Titel Refining the Camelus dromedarius Myostatin Gene Polymorphism through Worldwide Whole-Genome Sequencing DOI 10.3390/ani12162068 Typ Journal Article Autor Bruno S Journal Animals Seiten 2068 Link Publikation -
2019
Titel The Major Histocompatibility Complex of Old World Camels—A Synopsis DOI 10.3390/cells8101200 Typ Journal Article Autor Plasil M Journal Cells Seiten 1200 Link Publikation -
2012
Titel Hybridization: A Threat to the Genetic Distinctiveness of the Last Wild Old World Camel Species. Typ Book Chapter Autor Camels In Asia And North Africa: Interdisciplinary Perspectives On Their Significance In Past And Present (Denkschriften Der Philosophisch-Historischen Klasse). -
2012
Titel Estimating population mutation parameters from a single shotgun sequenced diploid Bactrian camel (Camelus bactrianus) genome. Typ Conference Proceeding Abstract Autor Burger Pa Konferenz Society of molecular biology and evolution conference, Dublin, Ireland -
2012
Titel Simulations of Populations Ancestry of the Twohumped Camel (Camelus Bactrianus). Typ Book Chapter Autor Camels In Asia And North Africa: Interdisciplinary Perspectives On Their Significance In Past And Present (Denkschriften Der Philosophisch-Historischen Klasse). -
2014
Titel Genetic diversity and population structure of Mongolian domestic Bactrian camels (Camelus bactrianus) DOI 10.1111/age.12158 Typ Journal Article Autor Chuluunbat B Journal Animal Genetics Seiten 550-558 Link Publikation -
2014
Titel Large scale geographic mitochondrial DNA analysis provide insights on the demographic and evolutionary history of the dromedary (Camelus dromedarius). Typ Conference Proceeding Abstract Autor Al-Mathen F Konferenz 34th International Society for Animal Genetics Conference. -
2016
Titel Ancient and modern DNA reveal dynamics of domestication and cross-continental dispersal of the dromedary DOI 10.1073/pnas.1519508113 Typ Journal Article Autor Almathen F Journal Proceedings of the National Academy of Sciences Seiten 6707-6712 Link Publikation -
2016
Titel The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes DOI 10.1186/s12864-016-2500-1 Typ Journal Article Autor Plasil M Journal BMC Genomics Seiten 167 Link Publikation -
2016
Titel Note on the contribution of genetics to understanding the organization of camel caravans in antiquity DOI 10.1073/pnas.1609773113 Typ Journal Article Autor Marom N Journal Proceedings of the National Academy of Sciences Link Publikation -
2016
Titel Combined hybridization capture and shotgun sequencing for ancient DNA analysis of extinct wild and domestic dromedary camel DOI 10.1111/1755-0998.12551 Typ Journal Article Autor Mohandesan E Journal Molecular Ecology Resources Seiten 300-313 Link Publikation -
2015
Titel Prehistoric mitochondrial genome unravel the genetic foundation and vairation of ancestral population of Arabian camel (Camelus dromedarius). Typ Conference Proceeding Abstract Autor Burger Pa Konferenz 4th conference of International Society of Camel Research and Development (ISOCARD) Silk Road camel: Main Stakes For Sustainable Development (Scientific and Practical Journal Veterinaryia). -
2015
Titel A Sunken Ship of the Desert at the River Danube in Tulln, Austria DOI 10.1371/journal.pone.0121235 Typ Journal Article Autor Galik A Journal PLOS ONE Link Publikation -
2015
Titel Diagnostic single nucleotide polymorphism markers to identify hybridization between dromedary and Bactrian camels DOI 10.1007/s12686-015-0420-z Typ Journal Article Autor Ruiz E Journal Conservation Genetics Resources Seiten 329-332 Link Publikation -
2015
Titel Sequence and polymorphism analysis of the camel (Camelus dromedarius) myostatin gene DOI 10.9755/ejfa.v27i4.19910 Typ Journal Article Autor Muzzachi S Journal Emirates Journal of Food and Agriculture Seiten 367 Link Publikation -
2013
Titel The Use of the MegaBACE for Sequencing and Genotype Analysis DOI 10.1007/978-1-62703-389-3_15 Typ Book Chapter Autor Burger P Verlag Springer Nature Seiten 207-222 -
2013
Titel Estimating the Population Mutation Rate from a de novo Assembled Bactrian Camel Genome and Cross-Species Comparison with Dromedary ESTs DOI 10.1093/jhered/est005 Typ Journal Article Autor Burger P Journal Journal Of Heredity Seiten 933-940 Link Publikation -
2013
Titel Global genetic diversity in camels: What is their potential for the future? Typ Conference Proceeding Abstract Autor Burger Pa Konferenz Babiker AGE, Gani MEA (eds) Scientific Conference of Camel Research and Production, Khartoum, Sudan -
2015
Titel Genetic Diversity of Iranian Bactrian camel based on haplotpye frequencies on mitochondrial genome. Typ Conference Proceeding Abstract Autor Banabazi Mh Konferenz 4th conference of International Society of Camel Research and Development (ISOCARD) Silk Road camel: Main Stakes For Sustainable Development (Scientific and Practical Journal Veterinaryia). -
2015
Titel Complete genome re-sequencing reveals pattern of domestication in Old World camelids. Typ Conference Proceeding Abstract Autor Burger Pa Et Al Konferenz 4th conference of International Society of Camel Research and Development (ISOCARD) Silk Road camel: Main Stakes For Sustainable Development (Scientific and Practical Journal Veterinaryia). -
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Titel Evolution under domestication: artificial selection and divergence in Old World camelids (APART final Report). Typ Other Autor Burger Pa