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Genetische Spuren von Domestikation in Altweltkameliden

Genomic signatures of domestication in Old World camelids

Pamela Burger (ORCID: 0000-0002-6941-0257)
  • Grant-DOI 10.55776/P24706
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 04.06.2012
  • Projektende 03.03.2016
  • Bewilligungssumme 359.132 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (100%)

Keywords

    Evolution, Artificial Selection, Next Generation Sequencing, Single Nucleotide Polymorphism, Camelini

Abstract Endbericht

Während der Domestikation wurden unsere Haustiere und deren Genome künstlicher, anthropogener Selektion ausgesetzt. Mittels der Sequenzierung von gesamten Genomen ist es nun möglich, genau jene Veränderungen zu untersuchen, die dem Prozess der Domestikation - also der Anpassung an die von Menschen vorgegebenen Lebensweisen - zugrunde liegen. Das Ziel dieses Projekts ist es, diese genomischen Spuren von Selektion in domestizierten Kamelen durch vergleichende Analysen mit ihren wilden Artverwandten zu finden. Altweltkamele (Camelus bactrianus und Camelus dromedarius) gehören zu den zuletzt domestizierten Haustierarten (vor 4000 bis 6000 Jahren). Die einzig noch lebende Wildkamelart, das zweihöckrigen Wildkamel (Camelus ferus), existiert nur noch in kleinen Gruppen in der Mongolei und in China. Im Gegensatz zu anderen Haustieren, die für einige wenige bevorzugte Merkmale gezüchtet wurden, standen bei der Domestikation von Kamelen vor allem ihr vielseitiger Verwendungszweck und die Selektion von Zahmheit im Vordergrund. Deshalb sind Kamele auch prädestiniert, um die Anfangsphase der Domestikation - Toleranz gegenüber Menschen - zu untersuchen. In vorangegangenen Studien haben wir eine große globale genetische Vielfalt bei Dromedaren und Trampeltieren entdeckt, die nicht nur auf eine Expansion nach einer anfänglichen Domestikationsphase, sondern auch auf eine hohe anzestrale Diversität schließen läßt. Basierend auf diesen Beobachtungen vermuten wir, (H1 ) künstliche Selektion während der Domestikation der Kamele hinterließ Signaturen in spezifischen Regionen des Genoms, die durch vergleichende Analysen von Wild- und Hauskamelen und archäologischen Funden prä- domestizierter Dromedare entdeckt werden können; und (H2 ) die Evolutionsgeschichte der Altweltkamele wurde unabhängig von der Domestikation auch durch Anpassung an extreme Umweltbedingungen und zufällige genetische Prozesse beeinflusst, die durch genomweite systematische Analysen zu finden sind. Dieses Projekt soll dazu beitragen, die Mechanismen zu verstehen, die den anfänglichen Domestikationprozessen zu grunde liegen. Durch die Entdeckung von sogenannten "Domestikationsgenen" in Kamelen und deren Vergleich mit anderen Haustieren, werden wir mehr über funktionale Regionen in den Säugetiergenomen generell erfahren. Die Kenntnis der Evolutionsgeschichte der Altweltkamele wird auch zur in-situ Arterhaltung der letzten Wildkamele sowie zur Erhaltung der genomischen Diversität der wichtigsten und nachhaltigsten Haustierart in (semi-) ariden Regionen beitragen.

Es gibt zwei domestizierte Arten von Altweltkamelen, das einhöckrige Dromedar (Camelus dromedarius) und das zweihöckrige Trampeltier (Camelus bactrianus). Die dritte Art, das zweihöckige Wildkamel (Camelus ferus) wurde nie domestiziert und existiert heute in der Mongolischen Wüste Gobi und in der Chinesischen Taklamakan und Lop Nur. Mit geschätzten 2000 überlebenden Tieren stehen Wildkamele auf der roten Liste der IUCN (International Union for Conservation of Nature) für bedrohte Tierarten. Archäologische Studien deuten darauf hin, dass die Domestikation von Trampeltieren vor ca. 5000 6000 Jahren stattgefunden hat. Die genetischen Ergebnisse aus unserem Projekt zeigen, dass Dromedare vor ca. 3000 Jahren an der Südostküste der Arabischen Halbinsel domestiziert wurden. Nach einer anfänglichen Domestikation mit einigen Tieren wurden immer wieder Wilddromedare eingekreuzt, bis die Wildpopulation vor. ca. 2000 Jahren ausstarb. Heutzutage gewinnen Altweltkamele stark an Bedeutung, da sie als nachhaltige Lieferanten von Grundnahrungsmitteln wie Milch und Fleisch, aber auch Wolle, für Millionen von Menschen in Wüstengebieten wichtig sind. Daher untersuchten wir in diesem Projekt die Veränderungen und Selektion in den Genomen der Altweltkamele durch Domestikation. Wir sequenzierten 25 Genome der drei Spezies und entschlüsselten das Genom von einem Dromedar Waris aus Österreich, das nun weltweit als Referenzgenom zur Verfügung steht. Anhand der genetischen Unterschiede können wir nun die Evolutionsgeschichte der Altweltkamele nachvollziehen und außerdem ein umfangreiches Set an genetische Markern zur Verfügung stellen, die zur weiteren Selektion und Zucht von Kamelen genutzt werden können.

Forschungsstätte(n)
  • Veterinärmedizinische Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Lei Yuan, Xing Jiang Lop Nur Wild Camel National Nature Reserve - China
  • Hans Peter Uerpmann, Eberhard-Karls-Universität Tübingen - Deutschland
  • Joris Peters, Freie Universität Berlin - Deutschland
  • Jukka Corander, Helsinki University - Finnland
  • Bernhard Faye, Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement - Frankreich
  • Marjan Mashkour, Muséum National d´Histoire Naturelle - Frankreich
  • Adiya Yadamsuren, Mongolian Academy of Sciences - Mongolei
  • Khorloojav Tumennasan, Mongolian Academy of Sciences - Mongolei
  • Michael Bruford, University of Cardiff - Vereinigtes Königreich
  • Faisal Al-Mathen, University of Nottingham - Vereinigtes Königreich
  • Olivier Hanotte, University of Nottingham - Vereinigtes Königreich

Research Output

  • 489 Zitationen
  • 52 Publikationen
Publikationen
  • 2020
    Titel Genomic signatures of domestication in Old World camels
    DOI 10.60692/jykfv-ewm22
    Typ Other
    Autor Elmira Mohandesan
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Genomic signatures of domestication in Old World camels
    DOI 10.60692/st2rj-h0h73
    Typ Other
    Autor Elmira Mohandesan
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Combined hybridization capture and shotgun sequencing for ancient DNA analysis of extinct wild and domestic dromedary camel
    DOI 10.25932/publishup-43995
    Typ Other
    Autor Mohandesan E
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Genetic traces of Domestication in Old World Camels.
    Typ Book Chapter
    Autor Burger Pa
  • 2016
    Titel Reply to Marom et al.: Mitochondrial panmixia in dromedaries predates ancient caravan trading
    DOI 10.1073/pnas.1609984113
    Typ Journal Article
    Autor Burger P
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Characterisation of the Genetic Diversity, Structure and Admixture of Dromedary Populations.
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Almathen F
    Konferenz Plant and Animal Genomic Conference XXIV.
  • 2016
    Titel Back to the roots and routes of dromedary domestication
    DOI 10.1073/pnas.1606340113
    Typ Journal Article
    Autor Orlando L
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 6588-6590
    Link Publikation
  • 2016
    Titel The history of Old World camelids in the light of molecular genetics
    DOI 10.1007/s11250-016-1032-7
    Typ Journal Article
    Autor Burger P
    Journal Tropical Animal Health and Production
    Seiten 905-913
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Genomic Footprints of Selection under Domestication in Old World Camelids.
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Burger Pa Et Al
    Konferenz Plant and Animal Genomic Conference XXIV.
  • 2021
    Titel A Deadly Cargo: Gene Repertoire of Cytotoxic Effector Proteins in the Camelidae
    DOI 10.3390/genes12020304
    Typ Journal Article
    Autor Futas J
    Journal Genes
    Seiten 304
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Combined Sanger and NGS sequence analysis oft he Myostatin gene (MSTN) in the Camelus dromedarius species.
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Ciani E Et Al
    Konferenz 4th conference of International Society of Camel Research and Development (ISOCARD) Silk Road camel: Main Stakes For Sustainable Development (Scientific and Practical Journal Veterinaryia).
  • 2015
    Titel Prehistoric genomes of Arabian Camels (Camelus dromedarius) unravel the genetic variation in ancestral populaiton and possible origin of domestication.
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Burger Pa Et Al
    Konferenz Annual Meeting of the Society of Molecular Biology and Evolution conference (SMBE).
  • 2015
    Titel Validating local knowledge on camels: Colour phenotypes and genetic variation of dromedaries in the Nigeria-Niger corridor
    DOI 10.1016/j.livsci.2015.07.008
    Typ Journal Article
    Autor Abdussamad A
    Journal Livestock Science
    Seiten 131-136
    Link Publikation
  • 2015
    Titel The de novo genome assembly and annotation of a female domestic dromedary of North African origin
    DOI 10.1111/1755-0998.12443
    Typ Journal Article
    Autor Fitak R
    Journal Molecular Ecology Resources
    Seiten 314-324
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Mitogenome Sequencing in the Genus Camelus Reveals Evidence for Purifying Selection and Long-term Divergence between Wild and Domestic Bactrian Camels
    DOI 10.1038/s41598-017-08995-8
    Typ Journal Article
    Autor Mohandesan E
    Journal Scientific Reports
    Seiten 9970
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Mitogenome Sequencing in the Genus Camelus Reveals Evidence for Purifying Selection and Long-term Divergence between Wild and Domestic Bactrian Camels
    DOI 10.60692/kk4rc-tms55
    Typ Other
    Autor Elmira Mohandesan
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Mitogenome Sequencing in the Genus Camelus Reveals Evidence for Purifying Selection and Long-term Divergence between Wild and Domestic Bactrian Camels
    DOI 10.60692/js06w-3ev38
    Typ Other
    Autor Elmira Mohandesan
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Additional file 2: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes
    DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d3.v1
    Typ Other
    Autor Mohandesan E
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Additional file 2: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes
    DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d3
    Typ Other
    Autor Mohandesan E
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Additional file 3: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes
    DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d4
    Typ Other
    Autor Mohandesan E
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Additional file 4: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes
    DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d1
    Typ Other
    Autor Mohandesan E
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Additional file 4: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes
    DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d1.v1
    Typ Other
    Autor Mohandesan E
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Additional file 1: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes
    DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d2.v1
    Typ Other
    Autor Mohandesan E
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Additional file 5: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes
    DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d5
    Typ Other
    Autor Mohandesan E
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Additional file 3: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes
    DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d4.v1
    Typ Other
    Autor Mohandesan E
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Additional file 5: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes
    DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d5.v1
    Typ Other
    Autor Mohandesan E
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Additional file 1: of The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes
    DOI 10.6084/m9.figshare.c.3620894_d2
    Typ Other
    Autor Mohandesan E
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Genomic signatures of domestication in Old World camels
    DOI 10.1038/s42003-020-1039-5
    Typ Journal Article
    Autor Fitak R
    Journal Communications Biology
    Seiten 316
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Natural Killer Cell Receptor Genes in Camels: Another Mammalian Model
    DOI 10.3389/fgene.2019.00620
    Typ Journal Article
    Autor Futas J
    Journal Frontiers in Genetics
    Seiten 620
    Link Publikation
  • 2019
    Titel A First Y-Chromosomal Haplotype Network to Investigate Male-Driven Population Dynamics in Domestic and Wild Bactrian Camels
    DOI 10.3389/fgene.2019.00423
    Typ Journal Article
    Autor Felkel S
    Journal Frontiers in Genetics
    Seiten 423
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Microsatellite markers of the major histocompatibility complex genomic region of domestic camels
    DOI 10.3389/fgene.2022.1015288
    Typ Journal Article
    Autor Knoll A
    Journal Frontiers in Genetics
    Seiten 1015288
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Refining the Camelus dromedarius Myostatin Gene Polymorphism through Worldwide Whole-Genome Sequencing
    DOI 10.3390/ani12162068
    Typ Journal Article
    Autor Bruno S
    Journal Animals
    Seiten 2068
    Link Publikation
  • 2019
    Titel The Major Histocompatibility Complex of Old World Camels—A Synopsis
    DOI 10.3390/cells8101200
    Typ Journal Article
    Autor Plasil M
    Journal Cells
    Seiten 1200
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Hybridization: A Threat to the Genetic Distinctiveness of the Last Wild Old World Camel Species.
    Typ Book Chapter
    Autor Camels In Asia And North Africa: Interdisciplinary Perspectives On Their Significance In Past And Present (Denkschriften Der Philosophisch-Historischen Klasse).
  • 2012
    Titel Estimating population mutation parameters from a single shotgun sequenced diploid Bactrian camel (Camelus bactrianus) genome.
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Burger Pa
    Konferenz Society of molecular biology and evolution conference, Dublin, Ireland
  • 2012
    Titel Simulations of Populations Ancestry of the Twohumped Camel (Camelus Bactrianus).
    Typ Book Chapter
    Autor Camels In Asia And North Africa: Interdisciplinary Perspectives On Their Significance In Past And Present (Denkschriften Der Philosophisch-Historischen Klasse).
  • 2014
    Titel Genetic diversity and population structure of Mongolian domestic Bactrian camels (Camelus bactrianus)
    DOI 10.1111/age.12158
    Typ Journal Article
    Autor Chuluunbat B
    Journal Animal Genetics
    Seiten 550-558
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Large scale geographic mitochondrial DNA analysis provide insights on the demographic and evolutionary history of the dromedary (Camelus dromedarius).
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Al-Mathen F
    Konferenz 34th International Society for Animal Genetics Conference.
  • 2016
    Titel Ancient and modern DNA reveal dynamics of domestication and cross-continental dispersal of the dromedary
    DOI 10.1073/pnas.1519508113
    Typ Journal Article
    Autor Almathen F
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 6707-6712
    Link Publikation
  • 2016
    Titel The major histocompatibility complex in Old World camelids and low polymorphism of its class II genes
    DOI 10.1186/s12864-016-2500-1
    Typ Journal Article
    Autor Plasil M
    Journal BMC Genomics
    Seiten 167
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Note on the contribution of genetics to understanding the organization of camel caravans in antiquity
    DOI 10.1073/pnas.1609773113
    Typ Journal Article
    Autor Marom N
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Combined hybridization capture and shotgun sequencing for ancient DNA analysis of extinct wild and domestic dromedary camel
    DOI 10.1111/1755-0998.12551
    Typ Journal Article
    Autor Mohandesan E
    Journal Molecular Ecology Resources
    Seiten 300-313
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Prehistoric mitochondrial genome unravel the genetic foundation and vairation of ancestral population of Arabian camel (Camelus dromedarius).
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Burger Pa
    Konferenz 4th conference of International Society of Camel Research and Development (ISOCARD) Silk Road camel: Main Stakes For Sustainable Development (Scientific and Practical Journal Veterinaryia).
  • 2015
    Titel A Sunken Ship of the Desert at the River Danube in Tulln, Austria
    DOI 10.1371/journal.pone.0121235
    Typ Journal Article
    Autor Galik A
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Diagnostic single nucleotide polymorphism markers to identify hybridization between dromedary and Bactrian camels
    DOI 10.1007/s12686-015-0420-z
    Typ Journal Article
    Autor Ruiz E
    Journal Conservation Genetics Resources
    Seiten 329-332
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Sequence and polymorphism analysis of the camel (Camelus dromedarius) myostatin gene
    DOI 10.9755/ejfa.v27i4.19910
    Typ Journal Article
    Autor Muzzachi S
    Journal Emirates Journal of Food and Agriculture
    Seiten 367
    Link Publikation
  • 2013
    Titel The Use of the MegaBACE for Sequencing and Genotype Analysis
    DOI 10.1007/978-1-62703-389-3_15
    Typ Book Chapter
    Autor Burger P
    Verlag Springer Nature
    Seiten 207-222
  • 2013
    Titel Estimating the Population Mutation Rate from a de novo Assembled Bactrian Camel Genome and Cross-Species Comparison with Dromedary ESTs
    DOI 10.1093/jhered/est005
    Typ Journal Article
    Autor Burger P
    Journal Journal Of Heredity
    Seiten 933-940
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Global genetic diversity in camels: What is their potential for the future?
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Burger Pa
    Konferenz Babiker AGE, Gani MEA (eds) Scientific Conference of Camel Research and Production, Khartoum, Sudan
  • 2015
    Titel Genetic Diversity of Iranian Bactrian camel based on haplotpye frequencies on mitochondrial genome.
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Banabazi Mh
    Konferenz 4th conference of International Society of Camel Research and Development (ISOCARD) Silk Road camel: Main Stakes For Sustainable Development (Scientific and Practical Journal Veterinaryia).
  • 2015
    Titel Complete genome re-sequencing reveals pattern of domestication in Old World camelids.
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Burger Pa Et Al
    Konferenz 4th conference of International Society of Camel Research and Development (ISOCARD) Silk Road camel: Main Stakes For Sustainable Development (Scientific and Practical Journal Veterinaryia).
  • 0
    Titel Evolution under domestication: artificial selection and divergence in Old World camelids (APART final Report).
    Typ Other
    Autor Burger Pa

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