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Simulation von Protonentransport

Simulation of proton transport

Christoph Dellago (ORCID: 0000-0001-9166-6235)
  • Grant-DOI 10.55776/P17178
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.05.2004
  • Projektende 30.04.2008
  • Bewilligungssumme 185.997 €

Wissenschaftsdisziplinen

Chemie (30%); Mathematik (20%); Physik, Astronomie (50%)

Keywords

    Computer Simulation, Statistical Mechanics, Computational Physics, Proton Transfer, Molecular Dynamics, Complex Systems

Abstract Endbericht

Die physikalischen Grundgesetze, die die Eigenschaften aller Substanzen bestimmen, zeichnen sich durch große Einfachheit aus. Das Zusammenwirken von vielen molekularen Bestandteilen in kondensierter Materie, wie zum Beispiel in Flüssigkeiten und in Festkörpern, kann jedoch zu sehr komplexem Verhalten führen. Wenige Systeme zeigen uns, wie Komplexität aus einfachen Bestandteilen entstehen kann deutlicher als flüssiges Wasser. Trotz der äußerst simplen Struktur des Wassermoleküls und trotz der immensen Bedeutung von Wasser für alles Leben, stellt diese faszinierende Flüssigkeit immer noch eine Herausforderung für die Wissenschaft dar. Insbesondere ist die Rolle des Wassers in zahlreichen chemischen und biologischen Prozessen nur unzureichend verstanden. Die Arbeit in der Forschungsgruppe um Professor Dellago zielt darauf ab, mit Hilfe von Computersimulationen die mikroskopische Dynamik von solchen komplexen Systemen zu verstehen. Unter Anwendung moderner Computertechnologie können Simulationen als "virtuelles Mikroskop" verwendet werden, mit dem man die Bewegung vieler auf komplizierte Weise miteinander wechselwirkender Moleküle im Detail verfolgen und damit ein Verständnis komplexer Materialien auf einer mikroskopischen Ebene erreichen kann. Schwerpunkt des in diesem Projektantrag beschriebenen Forschungsprogramms ist die Computersimulation von Protonentransport in Systemen mit Wasserstoffbrückenbindungen. Der Transport von Protonen ist für eine Vielzahl von Prozessen, die von der ATP Synthese in lebenden Zellen und der Katalyse in Enzymen bis zur Erzeugung elektrischer Energie in Brennstoffzellen sowie der Chlorchemie an stratosphärischen Eiskristallen reichen, von größter Bedeutung. Nichtsdestotrotz versteht man Protonentransport in wässrigen Systemen nur teilweise. Bei diesem Prozess spielen Wasserstoffbrückenbindungen, die auch für die meisten anderen bemerkenswerten Eigenschaften von flüssigem Wasser verantwortlich sind, eine zentrale Rolle. Entlang von Wasserstoffbrückenbindungen können Protonen leicht von einem Wassermolekül auf ein benachbartes überwechseln. Dabei verwandelt sich eine Wasserstoffbrückenbindung in eine chemische Bindung und umgekehrt. Mit wirksamen, jedoch rechnerisch aufwendigen numerischen Verfahren, an deren Entwicklung Prof. Dellagos Forschungsgruppe beteiligt ist, kann Protonentransfer am Computer simuliert und analysiert werden. In diesem Projekt wird die Untersuchung von Protonentransport in flüssigem Wasser und Glycerol, in hexagonalem Eis und in wassergefüllten Kohlenstoff-Nanoröhren im Mittelpunkt stehen. Die aus diesen Simulationen gewonnene detaillierte Information soll Aufschluss darüber bringen, auf welche Weise Wassermoleküle an diesen fundamentalen Prozessen teilnehmen und diese beeinflussen.

Die physikalischen Grundgesetze, die die Eigenschaften aller Substanzen bestimmen, zeichnen sich durch große Einfachheit aus. Das Zusammenwirken von vielen molekularen Bestandteilen in kondensierter Materie, wie zum Beispiel in Flüssigkeiten und in Festkörpern, kann jedoch zu sehr komplexem Verhalten führen. Wenige Systeme zeigen uns, wie Komplexität aus einfachen Bestandteilen entstehen kann deutlicher als flüssiges Wasser. Trotz der äußerst simplen Struktur des Wassermoleküls und trotz der immensen Bedeutung von Wasser für alles Leben, stellt diese faszinierende Flüssigkeit immer noch eine Herausforderung für die Wissenschaft dar. Insbesondere ist die Rolle des Wassers in zahlreichen chemischen und biologischen Prozessen nur unzureichend verstanden. Die Arbeit in der Forschungsgruppe um Professor Dellago zielt darauf ab, mit Hilfe von Computersimulationen die mikroskopische Dynamik von solchen komplexen Systemen zu verstehen. Unter Anwendung moderner Computertechnologie können Simulationen als "virtuelles Mikroskop" verwendet werden, mit dem man die Bewegung vieler auf komplizierte Weise miteinander wechselwirkender Moleküle im Detail verfolgen und damit ein Verständnis komplexer Materialien auf einer mikroskopischen Ebene erreichen kann. Schwerpunkt des in diesem Projektantrag beschriebenen Forschungsprogramms ist die Computersimulation von Protonentransport in Systemen mit Wasserstoffbrückenbindungen. Der Transport von Protonen ist für eine Vielzahl von Prozessen, die von der ATP Synthese in lebenden Zellen und der Katalyse in Enzymen bis zur Erzeugung elektrischer Energie in Brennstoffzellen sowie der Chlorchemie an stratosphärischen Eiskristallen reichen, von größter Bedeutung. Nichtsdestotrotz versteht man Protonentransport in wässrigen Systemen nur teilweise. Bei diesem Prozess spielen Wasserstoffbrückenbindungen, die auch für die meisten anderen bemerkenswerten Eigenschaften von flüssigem Wasser verantwortlich sind, eine zentrale Rolle. Entlang von Wasserstoffbrückenbindungen können Protonen leicht von einem Wassermolekül auf ein benachbartes überwechseln. Dabei verwandelt sich eine Wasserstoffbrückenbindung in eine chemische Bindung und umgekehrt. Mit wirksamen, jedoch rechnerisch aufwendigen numerischen Verfahren, an deren Entwicklung Prof. Dellagos Forschungsgruppe beteiligt ist, kann Protonentransfer am Computer simuliert und analysiert werden. In diesem Projekt wird die Untersuchung von Protonentransport in flüssigem Wasser und Glycerol, in hexagonalem Eis und in wassergefüllten Kohlenstoff-Nanoröhren im Mittelpunkt stehen. Die aus diesen Simulationen gewonnene detaillierte Information soll Aufschluss darüber bringen, auf welche Weise Wassermoleküle an diesen fundamentalen Prozessen teilnehmen und diese beeinflussen.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Gerhard Hummer, Max-Planck-Institut für Biophysik - Deutschland
  • Phillip Geissler, University of California Berkeley - Vereinigte Staaten von Amerika

Research Output

  • 816 Zitationen
  • 16 Publikationen
Publikationen
  • 2009
    Titel A one-dimensional dipole lattice model for water in narrow nanopores
    DOI 10.1063/1.3106223
    Typ Journal Article
    Autor Köfinger J
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 154110
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Optimum bias for fast-switching free energy calculations
    DOI 10.1016/j.cpc.2008.01.017
    Typ Journal Article
    Autor Oberhofer H
    Journal Computer Physics Communications
    Seiten 41-45
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Macroscopically ordered water in nanopores
    DOI 10.1073/pnas.0801448105
    Typ Journal Article
    Autor Köfinger J
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 13218-13222
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Biasing the Center of Charge in Molecular Dynamics Simulations with Empirical Valence Bond Models: Free Energetics of an Excess Proton in a Water Droplet
    DOI 10.1021/jp0736185
    Typ Journal Article
    Autor Köfinger J
    Journal The Journal of Physical Chemistry B
    Seiten 2349-2356
  • 2007
    Titel Single molecule pulling with large time steps
    DOI 10.1103/physreve.75.061106
    Typ Journal Article
    Autor Oberhofer H
    Journal Physical Review E
    Seiten 061106
    Link Publikation
  • 2007
    Titel Large time-step, fast-switching free energy calculations with non-symplectic integrators
    DOI 10.1560/ijc.47.2.215
    Typ Journal Article
    Autor Oberhofer H
    Journal Israel Journal of Chemistry
    Seiten 215-223
  • 2006
    Titel Phase behavior of a symmetrical binary fluid mixture
    DOI 10.1063/1.2393241
    Typ Journal Article
    Autor Köfinger J
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 234503
    Link Publikation
  • 2006
    Titel A proof of Jarzynski’s nonequilibrium work theorem for dynamical systems that conserve the canonical distribution
    DOI 10.1063/1.2227025
    Typ Journal Article
    Autor Schöll-Paschinger E
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 054105
    Link Publikation
  • 2006
    Titel Kinetics and Mechanism of Proton Transport across Membrane Nanopores
    DOI 10.1103/physrevlett.97.245901
    Typ Journal Article
    Autor Dellago C
    Journal Physical Review Letters
    Seiten 245901
    Link Publikation
  • 2006
    Titel Soft core thermodynamics from self-consistent hard core fluids
    DOI 10.1063/1.2363385
    Typ Journal Article
    Autor Schöll-Paschinger E
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 164503
    Link Publikation
  • 2006
    Titel Equilibrium free energies from fast-switching trajectories with large time steps
    DOI 10.1063/1.2162874
    Typ Journal Article
    Autor Lechner W
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 044113
    Link Publikation
  • 2005
    Titel Free energies of the ?4 model from Wang-Landau simulations
    DOI 10.1103/physrevb.72.094103
    Typ Journal Article
    Autor Tröster A
    Journal Physical Review B
    Seiten 094103
  • 2005
    Titel Dipole moment of water molecules in narrow pores
    DOI 10.1016/j.cpc.2005.03.010
    Typ Journal Article
    Autor Dellago C
    Journal Computer Physics Communications
    Seiten 36-39
  • 2005
    Titel Wang-Landau sampling with self-adaptive range
    DOI 10.1103/physreve.71.066705
    Typ Journal Article
    Autor Tröster A
    Journal Physical Review E
    Seiten 066705
  • 2005
    Titel Biased Sampling of Nonequilibrium Trajectories: Can Fast Switching Simulations Outperform Conventional Free Energy Calculation Methods? †
    DOI 10.1021/jp044556a
    Typ Journal Article
    Autor Oberhofer H
    Journal The Journal of Physical Chemistry B
    Seiten 6902-6915
  • 2004
    Titel Dissociation of Hydrogen Chloride and Proton Transfer in Liquid Glycerol: An Ab Initio Molecular Dynamics Study †
    DOI 10.1021/jp047676r
    Typ Journal Article
    Autor Zhuang W
    Journal The Journal of Physical Chemistry B
    Seiten 19647-19656

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