Simulation von Protonentransport
Simulation of proton transport
Wissenschaftsdisziplinen
Chemie (30%); Mathematik (20%); Physik, Astronomie (50%)
Keywords
-
Computer Simulation,
Statistical Mechanics,
Computational Physics,
Proton Transfer,
Molecular Dynamics,
Complex Systems
Die physikalischen Grundgesetze, die die Eigenschaften aller Substanzen bestimmen, zeichnen sich durch große Einfachheit aus. Das Zusammenwirken von vielen molekularen Bestandteilen in kondensierter Materie, wie zum Beispiel in Flüssigkeiten und in Festkörpern, kann jedoch zu sehr komplexem Verhalten führen. Wenige Systeme zeigen uns, wie Komplexität aus einfachen Bestandteilen entstehen kann deutlicher als flüssiges Wasser. Trotz der äußerst simplen Struktur des Wassermoleküls und trotz der immensen Bedeutung von Wasser für alles Leben, stellt diese faszinierende Flüssigkeit immer noch eine Herausforderung für die Wissenschaft dar. Insbesondere ist die Rolle des Wassers in zahlreichen chemischen und biologischen Prozessen nur unzureichend verstanden. Die Arbeit in der Forschungsgruppe um Professor Dellago zielt darauf ab, mit Hilfe von Computersimulationen die mikroskopische Dynamik von solchen komplexen Systemen zu verstehen. Unter Anwendung moderner Computertechnologie können Simulationen als "virtuelles Mikroskop" verwendet werden, mit dem man die Bewegung vieler auf komplizierte Weise miteinander wechselwirkender Moleküle im Detail verfolgen und damit ein Verständnis komplexer Materialien auf einer mikroskopischen Ebene erreichen kann. Schwerpunkt des in diesem Projektantrag beschriebenen Forschungsprogramms ist die Computersimulation von Protonentransport in Systemen mit Wasserstoffbrückenbindungen. Der Transport von Protonen ist für eine Vielzahl von Prozessen, die von der ATP Synthese in lebenden Zellen und der Katalyse in Enzymen bis zur Erzeugung elektrischer Energie in Brennstoffzellen sowie der Chlorchemie an stratosphärischen Eiskristallen reichen, von größter Bedeutung. Nichtsdestotrotz versteht man Protonentransport in wässrigen Systemen nur teilweise. Bei diesem Prozess spielen Wasserstoffbrückenbindungen, die auch für die meisten anderen bemerkenswerten Eigenschaften von flüssigem Wasser verantwortlich sind, eine zentrale Rolle. Entlang von Wasserstoffbrückenbindungen können Protonen leicht von einem Wassermolekül auf ein benachbartes überwechseln. Dabei verwandelt sich eine Wasserstoffbrückenbindung in eine chemische Bindung und umgekehrt. Mit wirksamen, jedoch rechnerisch aufwendigen numerischen Verfahren, an deren Entwicklung Prof. Dellagos Forschungsgruppe beteiligt ist, kann Protonentransfer am Computer simuliert und analysiert werden. In diesem Projekt wird die Untersuchung von Protonentransport in flüssigem Wasser und Glycerol, in hexagonalem Eis und in wassergefüllten Kohlenstoff-Nanoröhren im Mittelpunkt stehen. Die aus diesen Simulationen gewonnene detaillierte Information soll Aufschluss darüber bringen, auf welche Weise Wassermoleküle an diesen fundamentalen Prozessen teilnehmen und diese beeinflussen.
Die physikalischen Grundgesetze, die die Eigenschaften aller Substanzen bestimmen, zeichnen sich durch große Einfachheit aus. Das Zusammenwirken von vielen molekularen Bestandteilen in kondensierter Materie, wie zum Beispiel in Flüssigkeiten und in Festkörpern, kann jedoch zu sehr komplexem Verhalten führen. Wenige Systeme zeigen uns, wie Komplexität aus einfachen Bestandteilen entstehen kann deutlicher als flüssiges Wasser. Trotz der äußerst simplen Struktur des Wassermoleküls und trotz der immensen Bedeutung von Wasser für alles Leben, stellt diese faszinierende Flüssigkeit immer noch eine Herausforderung für die Wissenschaft dar. Insbesondere ist die Rolle des Wassers in zahlreichen chemischen und biologischen Prozessen nur unzureichend verstanden. Die Arbeit in der Forschungsgruppe um Professor Dellago zielt darauf ab, mit Hilfe von Computersimulationen die mikroskopische Dynamik von solchen komplexen Systemen zu verstehen. Unter Anwendung moderner Computertechnologie können Simulationen als "virtuelles Mikroskop" verwendet werden, mit dem man die Bewegung vieler auf komplizierte Weise miteinander wechselwirkender Moleküle im Detail verfolgen und damit ein Verständnis komplexer Materialien auf einer mikroskopischen Ebene erreichen kann. Schwerpunkt des in diesem Projektantrag beschriebenen Forschungsprogramms ist die Computersimulation von Protonentransport in Systemen mit Wasserstoffbrückenbindungen. Der Transport von Protonen ist für eine Vielzahl von Prozessen, die von der ATP Synthese in lebenden Zellen und der Katalyse in Enzymen bis zur Erzeugung elektrischer Energie in Brennstoffzellen sowie der Chlorchemie an stratosphärischen Eiskristallen reichen, von größter Bedeutung. Nichtsdestotrotz versteht man Protonentransport in wässrigen Systemen nur teilweise. Bei diesem Prozess spielen Wasserstoffbrückenbindungen, die auch für die meisten anderen bemerkenswerten Eigenschaften von flüssigem Wasser verantwortlich sind, eine zentrale Rolle. Entlang von Wasserstoffbrückenbindungen können Protonen leicht von einem Wassermolekül auf ein benachbartes überwechseln. Dabei verwandelt sich eine Wasserstoffbrückenbindung in eine chemische Bindung und umgekehrt. Mit wirksamen, jedoch rechnerisch aufwendigen numerischen Verfahren, an deren Entwicklung Prof. Dellagos Forschungsgruppe beteiligt ist, kann Protonentransfer am Computer simuliert und analysiert werden. In diesem Projekt wird die Untersuchung von Protonentransport in flüssigem Wasser und Glycerol, in hexagonalem Eis und in wassergefüllten Kohlenstoff-Nanoröhren im Mittelpunkt stehen. Die aus diesen Simulationen gewonnene detaillierte Information soll Aufschluss darüber bringen, auf welche Weise Wassermoleküle an diesen fundamentalen Prozessen teilnehmen und diese beeinflussen.
- Universität Wien - 100%
- Gerhard Hummer, Max-Planck-Institut für Biophysik - Deutschland
- Phillip Geissler, University of California Berkeley - Vereinigte Staaten von Amerika
Research Output
- 816 Zitationen
- 16 Publikationen
-
2009
Titel A one-dimensional dipole lattice model for water in narrow nanopores DOI 10.1063/1.3106223 Typ Journal Article Autor Köfinger J Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 154110 Link Publikation -
2008
Titel Optimum bias for fast-switching free energy calculations DOI 10.1016/j.cpc.2008.01.017 Typ Journal Article Autor Oberhofer H Journal Computer Physics Communications Seiten 41-45 Link Publikation -
2008
Titel Macroscopically ordered water in nanopores DOI 10.1073/pnas.0801448105 Typ Journal Article Autor Köfinger J Journal Proceedings of the National Academy of Sciences Seiten 13218-13222 Link Publikation -
2008
Titel Biasing the Center of Charge in Molecular Dynamics Simulations with Empirical Valence Bond Models: Free Energetics of an Excess Proton in a Water Droplet DOI 10.1021/jp0736185 Typ Journal Article Autor Köfinger J Journal The Journal of Physical Chemistry B Seiten 2349-2356 -
2007
Titel Single molecule pulling with large time steps DOI 10.1103/physreve.75.061106 Typ Journal Article Autor Oberhofer H Journal Physical Review E Seiten 061106 Link Publikation -
2007
Titel Large time-step, fast-switching free energy calculations with non-symplectic integrators DOI 10.1560/ijc.47.2.215 Typ Journal Article Autor Oberhofer H Journal Israel Journal of Chemistry Seiten 215-223 -
2006
Titel Phase behavior of a symmetrical binary fluid mixture DOI 10.1063/1.2393241 Typ Journal Article Autor Köfinger J Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 234503 Link Publikation -
2006
Titel A proof of Jarzynski’s nonequilibrium work theorem for dynamical systems that conserve the canonical distribution DOI 10.1063/1.2227025 Typ Journal Article Autor Schöll-Paschinger E Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 054105 Link Publikation -
2006
Titel Kinetics and Mechanism of Proton Transport across Membrane Nanopores DOI 10.1103/physrevlett.97.245901 Typ Journal Article Autor Dellago C Journal Physical Review Letters Seiten 245901 Link Publikation -
2006
Titel Soft core thermodynamics from self-consistent hard core fluids DOI 10.1063/1.2363385 Typ Journal Article Autor Schöll-Paschinger E Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 164503 Link Publikation -
2006
Titel Equilibrium free energies from fast-switching trajectories with large time steps DOI 10.1063/1.2162874 Typ Journal Article Autor Lechner W Journal The Journal of Chemical Physics Seiten 044113 Link Publikation -
2005
Titel Free energies of the ?4 model from Wang-Landau simulations DOI 10.1103/physrevb.72.094103 Typ Journal Article Autor Tröster A Journal Physical Review B Seiten 094103 -
2005
Titel Dipole moment of water molecules in narrow pores DOI 10.1016/j.cpc.2005.03.010 Typ Journal Article Autor Dellago C Journal Computer Physics Communications Seiten 36-39 -
2005
Titel Wang-Landau sampling with self-adaptive range DOI 10.1103/physreve.71.066705 Typ Journal Article Autor Tröster A Journal Physical Review E Seiten 066705 -
2005
Titel Biased Sampling of Nonequilibrium Trajectories: Can Fast Switching Simulations Outperform Conventional Free Energy Calculation Methods? † DOI 10.1021/jp044556a Typ Journal Article Autor Oberhofer H Journal The Journal of Physical Chemistry B Seiten 6902-6915 -
2004
Titel Dissociation of Hydrogen Chloride and Proton Transfer in Liquid Glycerol: An Ab Initio Molecular Dynamics Study † DOI 10.1021/jp047676r Typ Journal Article Autor Zhuang W Journal The Journal of Physical Chemistry B Seiten 19647-19656