Proteine mit in vivo RNA-Faltenungsaktivität

Forschungsprojekt P 14000Proteine mit in vivo RNA-FaltungsaktivitätRenée SCHROEDER11.10.1999 Der Faltungsprozess von langen RNA Molekülen wird durch falsche Basenpaarungen, die das Molukül in einem metastabilen Zwischenzustand festhält, erschwert. Daher wurde postuliert, daß es Proteine (oder RNAs) geben muß, die festgefangene RNA Moleküle aus ihren misgefalteten Zuständen erlöst. Die faltungskatalysierende Aktivität dieser Proteine wurde als RNA Chaperone Aktivität bezeichnet. In vitro, wurde den RNA Chaperonen drei Aktivitäten zugeordnet: Strangaustausch- Strangbindungsaktivität und die Beschleunigung der Ribozymflatung. Die in vivo RNA Chaperone Aktivität von Proteinen wurde von uns, kürzlich mittles einer neuen Methode nachgewiesen. Der vorgelegte Projektantrag hat zum Ziel die in vivo RNA Chaperonaktivität zu untersuchen. Wir wollen dazu das Thymidylatsynthase Gen (td) des T4 Phagen verwendet, weil es ein Gruppe I Intron enthä1t, dessen Faltung von Chaperonaktivität abhängig ist. Der Vorteil unseres Systems ist, daß der Faltungsprozeß der tdPrä-RNA durch die Bildung einer aberranten Struktur sehr stark verlangsamt wird, was zur Spleißdefizienz führt. Dies kann sehr leicht durch die Messung der Spleißaktivität erfolgen, ein Parameter, welcher viel leichter zu messen ist als die Struktur einer RNA. Mit unserer neuentwickelten Methode wollen wir die RNA Chaperoneaktivität vieler Proteine messen. Das Ziel dieses Antrages ist es zu verstehen was RNA Chaperone mit RNA machen. Wir wollen das (die) Motiv(e) finden und definieren, welche für die Chaperonakfivität verantwortlich ist. Wir werden ein Suchverfahren entwickeln um neue Proteine mit Chaperonaktivität aufzuspüren. Wir werden auch unterschiedliche Strukturen in die Prä-RNA einbauen um zu untersuchen welche Strukturen mit welcher Stabilität von RNA Chaperonen entfaltet werden. Damit wollen wir thermodynamiscbe Eigenschaften dieser Proteine untersuchen.