Pseudokontakt chemische Verschiebungen in RNA via LCT
Pseudocontact chemical shifts in RNA via LCT
DACH: Österreich - Deutschland - Schweiz
Wissenschaftsdisziplinen
Chemie (100%)
Keywords
-
RNA,
Lanthanide Chelate Tagging,
NMR,
Pseudocontact Shifts,
Residual Dipolar Coupling
Die vorgeschlagene Forschung zielt auf die Etablierung eines neuartigen Ansatzes zur WeiterentwicklungderStrukturbiologie von Nukleinsäuren durchKernmagnet Resonanz (NMR) Spektroskopie ab. In Zusammenarbeit mit der Gruppe von Daniel Häussinger an der Universität Basel wollen wir eine Methode entwickeln, um selektiv sogenannte DOTA-Tags an Ribonukleinsäuren (RNA) anzubringen. In diesen DOTA- Tags werden Seltenerde Metallionen wie Thulium oder Dysprosium immobilisiert und durchdie Anlagerungdieser Modifikation erschließt sich eine wichtige Informationsquelle der Pseudo ContactShift (PCS). Damitkann man die hochaufgelöste 3D-Struktur, aber auch die Dynamik von RNA, untersuchen. Wir werden modernste chemische Synthese und NMR-Spektroskopie kombinieren, um die methodische Lücke zwischen Protein- und Nukleinsäure-Magnetresonanz weiter zu schließen.
- Universität Innsbruck - 100%
- Daniel Häussinger, Universität Basel - Schweiz
Research Output
- 72 Zitationen
- 10 Publikationen
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2025
Titel Methylation of Cytidine 1407 Increases the Lifetimes of the A-Site Ground and Excited States of E. coli 16S Ribosomal RNA DOI 10.1021/jacs.5c06523 Typ Journal Article Autor Hilber S Journal Journal of the American Chemical Society Seiten 26097-26101 Link Publikation -
2025
Titel Advances in Isotope Labeling for Solution Nucleic Acid Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy DOI 10.1002/cplu.202400752 Typ Journal Article Autor Hilber S Journal ChemPlusChem Link Publikation -
2022
Titel Rapid and reliable RNA resonance assignment by combining chemical and enzymatic stable isotope labeling DOI 10.1016/j.jmro.2022.100077 Typ Journal Article Autor Klingler D Journal Journal of Magnetic Resonance Open Seiten 100077 Link Publikation -
2024
Titel Phase Separation Modulates the Thermodynamics and Kinetics of RNA Hybridization DOI 10.1021/jacs.4c06530 Typ Journal Article Autor Rangadurai A Journal Journal of the American Chemical Society Seiten 19686-19689 -
2024
Titel A delayed decoupling methyl-TROSY pulse sequence for atomic resolution studies of folded proteins and RNAs in condensates DOI 10.1016/j.jmr.2024.107667 Typ Journal Article Autor Ahmed R Journal Journal of Magnetic Resonance Seiten 107667 -
2024
Titel Resolving the intricate binding of neomycin B to multiple binding motifs of a neomycin-sensing riboswitch aptamer by native top-down mass spectrometry and NMR spectroscopy DOI 10.1093/nar/gkae224 Typ Journal Article Autor Heel S Journal Nucleic Acids Research Seiten 4691-4701 Link Publikation -
2023
Titel 19F NMR Untersuchung des Konformationsaustauschs mehrerer Zustände im synthetischen Neomycin-bindenden Riboschalter DOI 10.1002/ange.202218064 Typ Journal Article Autor Overbeck J Journal Angewandte Chemie Link Publikation -
2023
Titel Multi-Site Conformational Exchange in the Synthetic Neomycin-Sensing Riboswitch Studied by 19F NMR DOI 10.1002/anie.202218064 Typ Journal Article Autor Overbeck J Journal Angewandte Chemie International Edition Link Publikation -
2023
Titel Advances in RNA Labeling with Trifluoromethyl Groups DOI 10.1002/chem.202302220 Typ Journal Article Autor Eichler C Journal Chemistry – A European Journal Link Publikation -
2024
Titel Efficient Synthetic Access to Stable Isotope Labelled Pseudouridine Phosphoramidites for RNA NMR Spectroscopy DOI 10.1002/chem.202401193 Typ Journal Article Autor Glänzer D Journal Chemistry – A European Journal Link Publikation