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Pseudokontakt chemische Verschiebungen in RNA via LCT

Pseudocontact chemical shifts in RNA via LCT

Christoph Kreutz (ORCID: 0000-0002-7018-9326)
  • Grant-DOI 10.55776/I5287
  • Förderprogramm Einzelprojekte International
  • Status laufend
  • Projektbeginn 01.01.2022
  • Projektende 31.12.2025
  • Bewilligungssumme 460.152 €

DACH: Österreich - Deutschland - Schweiz

Wissenschaftsdisziplinen

Chemie (100%)

Keywords

    RNA, Lanthanide Chelate Tagging, NMR, Pseudocontact Shifts, Residual Dipolar Coupling

Abstract

Die vorgeschlagene Forschung zielt auf die Etablierung eines neuartigen Ansatzes zur WeiterentwicklungderStrukturbiologie von Nukleinsäuren durchKernmagnet Resonanz (NMR) Spektroskopie ab. In Zusammenarbeit mit der Gruppe von Daniel Häussinger an der Universität Basel wollen wir eine Methode entwickeln, um selektiv sogenannte DOTA-Tags an Ribonukleinsäuren (RNA) anzubringen. In diesen DOTA- Tags werden Seltenerde Metallionen wie Thulium oder Dysprosium immobilisiert und durchdie Anlagerungdieser Modifikation erschließt sich eine wichtige Informationsquelle der Pseudo ContactShift (PCS). Damitkann man die hochaufgelöste 3D-Struktur, aber auch die Dynamik von RNA, untersuchen. Wir werden modernste chemische Synthese und NMR-Spektroskopie kombinieren, um die methodische Lücke zwischen Protein- und Nukleinsäure-Magnetresonanz weiter zu schließen.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Innsbruck - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Daniel Häussinger, Universität Basel - Schweiz

Research Output

  • 72 Zitationen
  • 10 Publikationen
Publikationen
  • 2025
    Titel Methylation of Cytidine 1407 Increases the Lifetimes of the A-Site Ground and Excited States of E. coli 16S Ribosomal RNA
    DOI 10.1021/jacs.5c06523
    Typ Journal Article
    Autor Hilber S
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 26097-26101
    Link Publikation
  • 2025
    Titel Advances in Isotope Labeling for Solution Nucleic Acid Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy
    DOI 10.1002/cplu.202400752
    Typ Journal Article
    Autor Hilber S
    Journal ChemPlusChem
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Rapid and reliable RNA resonance assignment by combining chemical and enzymatic stable isotope labeling
    DOI 10.1016/j.jmro.2022.100077
    Typ Journal Article
    Autor Klingler D
    Journal Journal of Magnetic Resonance Open
    Seiten 100077
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Phase Separation Modulates the Thermodynamics and Kinetics of RNA Hybridization
    DOI 10.1021/jacs.4c06530
    Typ Journal Article
    Autor Rangadurai A
    Journal Journal of the American Chemical Society
    Seiten 19686-19689
  • 2024
    Titel A delayed decoupling methyl-TROSY pulse sequence for atomic resolution studies of folded proteins and RNAs in condensates
    DOI 10.1016/j.jmr.2024.107667
    Typ Journal Article
    Autor Ahmed R
    Journal Journal of Magnetic Resonance
    Seiten 107667
  • 2024
    Titel Resolving the intricate binding of neomycin B to multiple binding motifs of a neomycin-sensing riboswitch aptamer by native top-down mass spectrometry and NMR spectroscopy
    DOI 10.1093/nar/gkae224
    Typ Journal Article
    Autor Heel S
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 4691-4701
    Link Publikation
  • 2023
    Titel 19F NMR Untersuchung des Konformationsaustauschs mehrerer Zustände im synthetischen Neomycin-bindenden Riboschalter
    DOI 10.1002/ange.202218064
    Typ Journal Article
    Autor Overbeck J
    Journal Angewandte Chemie
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Multi-Site Conformational Exchange in the Synthetic Neomycin-Sensing Riboswitch Studied by 19F NMR
    DOI 10.1002/anie.202218064
    Typ Journal Article
    Autor Overbeck J
    Journal Angewandte Chemie International Edition
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Advances in RNA Labeling with Trifluoromethyl Groups
    DOI 10.1002/chem.202302220
    Typ Journal Article
    Autor Eichler C
    Journal Chemistry – A European Journal
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Efficient Synthetic Access to Stable Isotope Labelled Pseudouridine Phosphoramidites for RNA NMR Spectroscopy
    DOI 10.1002/chem.202401193
    Typ Journal Article
    Autor Glänzer D
    Journal Chemistry – A European Journal
    Link Publikation

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