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Integrative Visuelle Abstraktion von Molekularen Daten

Integrative Visual Abstraction of Molecular Data

Ivan Viola (ORCID: 0000-0003-4248-6574)
  • Grant-DOI 10.55776/I2953
  • Förderprogramm Einzelprojekte International
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.02.2017
  • Projektende 30.04.2021
  • Bewilligungssumme 148.554 €
  • Projekt-Website

Bilaterale Ausschreibung: Frankreich

Wissenschaftsdisziplinen

Informatik (100%)

Keywords

    Illustrative Visualization, Visual Abstraction, Molecular Visualization

Abstract Endbericht

In den bildenden Künsten ist Abstraktion ein wichtiges Mittel, um die Struktur, die Stimmung, die grobe Form oder die Dynamik einer Szene darzustellen. In der Illustration wird Abstraktion außerdem genutzt, um wichtige Konzepte, Methoden, oder verschiedene physikalische Phänomene zu vermitteln. Mittels computergestützter Visualisierung können wir somit mittels Abstraktion wichtige Einsichten hervorheben, die sonst in komplexen Datensätzen schwer zu entdecken sind. Allerdings haben wir im Moment noch nur ein ungenügendes Verständnis vom Konzept der Abstraktion. Intuitiv verstehen wir darunter, dass wir unwichtige Details entfernen, um uns auf das Wesentliche konzentrieren zu können. In unserm Forschungsprojekt wollen wir uns also damit beschäftigen, Abstraktion besser zu verstehen und seine wesentlichen Prinzipien zu charakterisieren, damit wir sie in der Visualisierung gewinnbringend einsetzen können. Solche Visualisierungen, die von Abstraktion Gebrauch machen, sind besonders für Darstellungen wichtig, in denen mehrere Informationsebenen gleichzeitig dargestellt werden sollen. Ohne ein sorgsames Management der visuellen Ressourcen würde man sonst nur Visualisierungen erhalten, die schwer zu verstehen sind, weil diverse Informationen um die Aufmerksamkeit des Betrachters wetteifern würden. Ein Beispiel für einen solchen Fall ist es, wenn in einem GPS-Navigationssystem zu viele Informationen gleichzeitig dargestellt werden, wie etwa zu viele Marken für Sehenswürdigkeiten in dicht besiedelten Gebieten. Wir wollen uns konkret auf die Abstraktion von molekularen Visualisierungen konzentrieren, um verschiedene Daten in unterschiedlichen räumlichen und zeitlichen Größenordnungen darstellen zu können. Dabei sollen Wissenschaftler bei der Datenanalyse sich trotzdem noch auf die wesentlichen Aspekte konzentrieren können, ohne von den Details abgelenkt zu werden.

In many aspects of our modern lives we face the problem of having to make sense of large amounts of data. This applies to scientists trying to make sense of their experiments and simulations, to bankers and traders trying to understand the dynamics of the financial markets, and to large enterprises which need to understand the principles behind demand and supply-to name just a few examples. The basic problem in all these cases is that people need to identify important and/or unexpected features in large simulated or captured datasets. Visualization is the domain that facilitates this process of sense-making by dramatically simplifying the process of obtaining an understanding of the data-by representing data visually and thus amplifying people's cognition. This inherent capability of (good) visualization techniques to amplify human cognition, however, is no longer enough to be able to make sense of today's huge datasets. To be able to see the essential aspects we need dedicated mechanisms that abstract away the (unnecessary) detail to, in turn, allow the user of the visualization to focus on the important elements. The crucial problem in this context is that it is impossible to know what is important and what is not in a general way-importance changes based on the research question, on the application domain, on the data size, on the user, on the specific situation, etc. Visualization technology therefore needs to support dynamic change of visual abstraction of the data to reflect these contextual changes. The fundamental research challenge in visualization for us is to get an understanding of what (visual) abstraction really is, what it means, how it can be controlled, and how it is, can be, and should be used in visualization.

Forschungsstätte(n)
  • Technische Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Tobias Isenberg, Université Paris-Sud - Frankreich

Research Output

  • 351 Zitationen
  • 28 Publikationen
  • 2 Wissenschaftliche Auszeichnungen
Publikationen
  • 2019
    Titel Visual Abstraction
    DOI 10.48550/arxiv.1910.03310
    Typ Preprint
    Autor Viola I
  • 2019
    Titel ScaleTrotter: Illustrative Visual Travels Across Negative Scales
    DOI 10.48550/arxiv.1907.12352
    Typ Preprint
    Autor Halladjian S
  • 2019
    Titel Geometric Abstraction for Effective Visualization and Modeling
    Typ PhD Thesis
    Autor Haichao Miao
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Scale Trotter: Illustrative Visual Travels Across Negative Scales
    DOI 10.1109/tvcg.2019.2934334
    Typ Journal Article
    Autor Halladjian S
    Journal IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics
    Seiten 654-664
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Molecumentary: Adaptable Narrated Documentaries Using Molecular Visualization
    DOI 10.1109/tvcg.2021.3130670
    Typ Journal Article
    Autor Kouril D
    Journal IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics
    Seiten 1733-1747
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Interactive Visualization of Dense and Multi-Scale Data for Science Outreach
    Typ PhD Thesis
    Autor David Kouril
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Interactive visualization of dense and multi-scale data for science outreach
    Typ Other
    Autor Kouril D.
    Link Publikation
  • 2021
    Titel HyperLabels: Browsing of Dense and Hierarchical Molecular 3D Models
    DOI 10.1109/tvcg.2020.2975583
    Typ Journal Article
    Autor Kouril D
    Journal IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics
    Seiten 3493-3504
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Cuttlefish: Color Mapping for Dynamic Multi-Scale Visualizations
    DOI 10.1111/cgf.13611
    Typ Journal Article
    Autor Waldin N
    Journal Computer Graphics Forum
    Seiten 150-164
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Interactive exploded views for molecular structures
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Miao H.
    Konferenz Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine 2019
    Link Publikation
  • 2018
    Titel DimSUM: Dimension and Scale Unifying Map for Visual Abstraction of DNA Origami Structures
    DOI 10.1111/cgf.13429
    Typ Journal Article
    Autor Miao H
    Journal Computer Graphics Forum
    Seiten 403-413
    Link Publikation
  • 2018
    Titel COZOID: contact zone identifier for visual analysis of protein-protein interactions
    DOI 10.1186/s12859-018-2113-6
    Typ Journal Article
    Autor Furmanová K
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 125
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Labels on Levels: Labeling of Multi-Scale Multi-Instance and Crowded 3D Biological Environments
    DOI 10.1109/tvcg.2018.2864491
    Typ Journal Article
    Autor Kouril D
    Journal IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics
    Seiten 977-986
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Molecumentary: Scalable Narrated Documentaries Using Molecular Visualization
    DOI 10.48550/arxiv.2011.02418
    Typ Preprint
    Autor Kouril D
  • 2019
    Titel Interactive Exploded Views for Molecular Structures
    DOI 10.2312/vcbm.20191237
    Typ Other
    Autor Miao H
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Spatially Integrated Abstraction of Genetic Molecules
    Typ Other
    Autor Halladjian S.
  • 2018
    Titel Multiscale Molecular Visualization
    DOI 10.1016/j.jmb.2018.09.004
    Typ Journal Article
    Autor Miao H
    Journal Journal of Molecular Biology
    Seiten 1049-1070
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Semantic Screen-Space Occlusion for Multiscale Molecular Visualization
    DOI 10.2312/vcbm.20181245
    Typ Other
    Autor Koch T
    Link Publikation
  • 2018
    Titel A Survey of Surface-Based Illustrative Rendering for Visualization
    DOI 10.1111/cgf.13322
    Typ Journal Article
    Autor Lawonn K
    Journal Computer Graphics Forum
    Seiten 205-234
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Visual Abstraction
    DOI 10.1007/978-3-030-34444-3_2
    Typ Book Chapter
    Autor Viola I
    Verlag Springer Nature
    Seiten 15-37
  • 2020
    Titel Adenita: interactive 3D modelling and visualization of DNA nanostructures
    DOI 10.1093/nar/gkaa593
    Typ Journal Article
    Autor De Llano E
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 8269-8275
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Multiscale Unfolding: Illustratively Visualizing the Whole Genome at a Glance
    DOI 10.1109/tvcg.2021.3065443
    Typ Journal Article
    Autor Halladjian S
    Journal IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics
    Seiten 3456-3470
    Link Publikation
  • 2021
    Titel @What does a virus actually look like?
    DOI 10.1145/3446562.3458551
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Mindek P
    Seiten 1-1
  • 2017
    Titel Flicker Observer Effect: Guiding Attention Through High Frequency Flicker in Images
    DOI 10.1111/cgf.13141
    Typ Journal Article
    Autor Waldin N
    Journal Computer Graphics Forum
    Seiten 467-476
  • 2017
    Titel Metamorphers
    DOI 10.1145/3154353.3154364
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Mindek P
    Seiten 1-10
  • 2017
    Titel Visualization of molecular machinery using agent-based animation
    DOI 10.1145/3154353.3154360
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Gehrer D
    Seiten 1-10
  • 2017
    Titel Pondering the Concept of Abstraction in (Illustrative) Visualization
    DOI 10.1109/tvcg.2017.2747545
    Typ Journal Article
    Autor Viola I
    Journal IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics
    Seiten 2573-2588
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Multiscale Visualization and Scale-Adaptive Modification of DNA Nanostructures
    DOI 10.1109/tvcg.2017.2743981
    Typ Journal Article
    Autor Miao H
    Journal IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics
    Seiten 1014-1024
    Link Publikation
Wissenschaftliche Auszeichnungen
  • 2022
    Titel EuroVis Best Dissertation Award 2022
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad Continental/International
  • 2018
    Titel IEEE Vis Best Paper Honorable Menion
    Typ Research prize
    Bekanntheitsgrad Continental/International

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