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Proteins with in vivo RNA Chaperone Activity

Proteins with in vivo RNA Chaperone Activity

Udo Bläsi (ORCID: 0000-0003-4830-257X)
  • Grant-DOI 10.55776/F17
  • Förderprogramm Spezialforschungsbereiche
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.02.2001
  • Projektende 31.01.2011
  • Bewilligungssumme 9.638.328 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (85%); Chemie (15%)

Abstract

Ribonukleinsäuren (RNA) sind an allen relevanten Stoffwechselreaktionen von Zellen beteiligt. RNA wird für die Synthese der Erbsubstanz (DNA), für die Umschreibung der in der DNA kodierten Information in Proteine, sowie für die Genregulation bis hin zur Steuerung von entwicklungsbiologischen Vorgängen benötigt. Die vielfältigen katalytischen Funktionen der RNA führte zur Postulierung einer präbiotischen RNA-Welt, die als Vorläufer der heutigen DNA- und Protein-Welt angesehen wird. In vielen biologischen Prozessen werden Proteine benötigt, damit RNA eine bestimmte Struktur einnehmen und funktionell wirksam werden kann. Erst diese Gestaltsänderung ermöglicht die Realisierung der in der RNA vorhandenen Information. Seit Errichtung des Biozentrums der Universität Wien wurde die RNA Forschung in Österreich durch Unterstützung des FWF intensiviert und hat mittlerweile internationale Anerkennung gefunden. Zur Zeit besteht ein Defizit im Verständnis darüber, wie Proteine die strukturelle Faltung und Stabilität von RNA, sowie deren Prozessierung und Transport beeinflussen. Das Ziel der am Spezialforschungsbereich beteiligten 9 Arbeitsgruppen ist es diese grundlegenden Fragen in einem längeren zeitlichen Rahmen am Biozentrum zu untersuchen. Insbesondere sollen gemeinsame Prinzipien von RNA- Protein Wechselwirkungen in unterschiedlichen Organismen, wie Bakterien, Hefen und höheren tierischen und pflanzlichen Zellen erforscht werden. Der Spezialforschungsbereich ist thematisch in drei Forschungsrichtungen gegliedert, die stark vernetzt sind: Proteine, die an der RNA Faltung und der Translation der RNA in Proteine beteiligt sind. Im Rahmen dieser Projekte sollen Gemeinsamkeiten und Unterschiede von "RNA- Faltungsproteinen" erforscht werden mit dem Ziel diese zu klassifizieren. Weiters wird der Einfluß von solchen RNA Umfaltungen auf die Proteinbiosynthese untersucht. Proteine, die am RNA Transport und deren Stabilität beteiligt sind. Diese Forschungsarbeiten umfassen die Aufklärung der Interaktion von Enzymen mit dem Substrat RNA, sowie die Suche nach zusätzlichen Faktoren, die diese Interaktion beeinflussen. Ebenso werden Enzyme untersucht, welche die Sequenz von RNAs nach deren Synthese verändern. Proteine, die an der Prozessierung von Boten-RNA im Zellkern und Zellorganellen beteilgt sind. Im Mittelpunkt dieser Arbeiten steht die Suche nach Faktoren, die an dem Herausschneiden von Introns aus der Vorläufer Boten-RNA beteilgt sind. Erst diese Prozessierung ermöglicht die sinnvolle Übersetzung vieler RNAs in Proteine.

Konsortium
  • Andrea Barta, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2001 - 31.01.2011)
  • Anton Wutz, Institut für Molekulare Pathologie - IMP
    Konsortiumsmitglied (01.02.2004 - 30.09.2009)
  • Denise P. Barlow, CeMM – Forschungszentrum für Molekulare Medizin GmbH
    Konsortiumsmitglied (01.02.2004 - 31.01.2011)
  • Elisabeth Waigmann, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2001 - 31.10.2008)
  • Günter Steiner, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2001 - 31.01.2007)
  • Herbert Wank, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2001 - 31.01.2004)
  • Kristina Djinovic-Carugo, EMBL Grenoble
    Konsortiumsmitglied (01.02.2007 - 31.01.2011)
  • Michael F. Jantsch, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2004 - 31.01.2011)
  • Renée Schroeder, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2001 - 31.01.2011)
  • Robert Konrat, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2004 - 31.01.2011)
  • Rudolf J. Schweyen, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2001 - 31.01.2004)
  • Udo Bläsi, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2004 - 31.01.2011)
  • Vladimir R. Kaberdin, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.02.2001 - 31.01.2007)
Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien

Research Output

  • 230 Zitationen
  • 5 Publikationen
Publikationen
  • 2012
    Titel Structural flexibility of RNA as molecular basis for Hfq chaperone function
    DOI 10.1093/nar/gks510
    Typ Journal Article
    Autor De Almeida Ribeiro E
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 8072-8084
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Structural and Biochemical Studies on ATP Binding and Hydrolysis by the Escherichia coli RNA Chaperone Hfq
    DOI 10.1371/journal.pone.0050892
    Typ Journal Article
    Autor Hämmerle H
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Structural insights into the dynamics and function of the C-terminus of the E. coli RNA chaperone Hfq
    DOI 10.1093/nar/gkq1346
    Typ Journal Article
    Autor Beich-Frandsen M
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 4900-4915
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Transient RNA–protein interactions in RNA folding
    DOI 10.1111/j.1742-4658.2011.08094.x
    Typ Journal Article
    Autor Doetsch M
    Journal The FEBS Journal
    Seiten 1634-1642
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Translational activation by the noncoding RNA DsrA involves alternative RNase III processing in the rpoS 5'-leader
    DOI 10.1261/rna.603108
    Typ Journal Article
    Autor Resch A
    Journal RNA
    Seiten 454-459
    Link Publikation

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