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RNA Biologie

RNA Biology

Andrea Barta (ORCID: 0000-0002-8851-406X)
  • Grant-DOI 10.55776/W1207
  • Förderprogramm Doktoratskollegs
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.06.2007
  • Projektende 30.11.2021
  • Bewilligungssumme 9.034.512 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (65%); Medizinisch-theoretische Wissenschaften, Pharmazie (35%)

Keywords

    Alternative Splicing, RNA editing, RNA localization, Mirna And Sirna In Translational Control, Non-protein coding RNA, Epigenetic gene silencing

Abstract

Wir planen ein Doktorats-Kolleg mit einem RNA Biologie Schwerpunkt, das im Rahmen des "International PhD Program on Molecular Life Sciences at the Vienna Biocenter" durchgeführt werden soll . An diesem gemeinsamen PhD Programm des Campus Vienna Biocenter sind die Max F. Perutz Laboratories (Medizinische Universität Wien und Universität Wien), das Institut für Molekulare Pathologie (IMP) und zwei Institute der Österreichischen Akademie der Wissenschaften (IMBA und CeMM) beteiligt. Durch die Einbindung hervorragender Forschungsgruppen dieser Institutionen ist eine sehr gute Abdeckung vieler Aspekte der RNA Biologie gegeben. Diese Forschergruppen sind auch durch einige nationale und internationale Forschungsnetzwerke extrem gut in diesem Gebiet positioniert, sodass die PhD Studenten bestens mit ihren Forschungsprojekten eingebunden sind und durch die verbesserte Sichtbarkeit in ihrer Karriere gefördert werden. Dieses Doktoratskolleg deckt viele wichtige Aspekte des derzeit äußerst spannenden RNA Gebietes ab, wie zum Beispiel die Fragen, wie und mit welcher Hilfe die RNA in der Natur ihre korrekte Faltung erhält, wie RNA in spezialisierten Zellen lokalisiert, wie alternatives Spleißen und RNA editing das Proteom von höheren Eukaryonten erweitert, wie kleine nicht-kodierende RNAs die Genexpression regulieren und das Genom beeinflussen, und wie lang nicht-kodierend RNAs einzelne Genloci und sogar ganze Chromosome inaktivieren. Die gute Vernetzung der Forschergruppen am Vienna Biocenter und das multidiziplinäre Umfeld des Internationalen PhD Programmes ist vom grossen Vorteil für die Studenten sowohl was die wissenschaftliche Entwicklung anlangt als auch ihre zukünftige Karriere.

Konsortium
  • Andrea Barta, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.06.2007 - 30.11.2021)
  • Arndt Von Haeseler, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.06.2007 - 30.11.2021)
  • Isabella Moll, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.06.2007 - 30.11.2021)
  • Ivo Ludwig Hofacker, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.06.2007 - 30.11.2021)
  • Javier Martinez Fernandez, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.06.2007 - 30.11.2021)
  • Maria Luisa Cochella, Institut für Molekulare Pathologie - IMP
    Konsortiumsmitglied (01.06.2007 - 30.11.2021)
  • Michael F. Jantsch, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.06.2007 - 30.11.2021)
  • Stefan L. Ameres, Österreichische Akademie der Wissenschaften
    Konsortiumsmitglied (01.06.2007 - 30.11.2021)
  • Udo Bläsi, Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.06.2007 - 30.11.2021)
  • Walter Rossmanith, Medizinische Universität Wien
    Konsortiumsmitglied (01.06.2007 - 30.11.2021)
Forschungsstätte(n)
  • Medizinische Universität Wien
  • Universität Wien
  • Medizinische Universität Wien
  • Universität Wien
  • Universität Wien
  • Universität Wien
  • IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH
  • Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology
  • Institut für Molekulare Pathologie - IMP
Nationale Projektbeteiligte
  • Michael D. Nodine, Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology , assoziierte:r Forschungspartner:in
  • Julius Brennecke, IMBA – Institut für Molekulare Biotechnologie GmbH , assoziierte:r Forschungspartner:in
  • Alexander Stark, Institut für Molekulare Pathologie - IMP , assoziierte:r Forschungspartner:in
  • Boris Görke, Universität Wien , assoziierte:r Forschungspartner:in

Research Output

  • 60982 Zitationen
  • 360 Publikationen
Publikationen
  • 2023
    Titel Catabolite repression control protein antagonist, a novel player in Pseudomonas aeruginosa carbon catabolite repression control
    DOI 10.3389/fmicb.2023.1195558
    Typ Journal Article
    Autor Sonnleitner E
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 1195558
    Link Publikation
  • 2024
    Titel A molecular switch orchestrates the nuclear export of human messenger RNA
    DOI 10.1101/2024.03.24.586400
    Typ Preprint
    Autor Hohmann U
    Seiten 2024.03.24.586400
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Evolutionary adaptation of an HP1-protein chromodomain integrates chromatin and DNA sequence signals
    DOI 10.7554/elife.93194
    Typ Journal Article
    Autor Baumgartner L
    Journal eLife
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Poly(ADP-ribose) glycohydrolase promotes formation and homology-directed repair of meiotic DNA double-strand breaks independent of its catalytic activity
    DOI 10.1101/2020.03.12.988840
    Typ Preprint
    Autor Janisiw E
    Seiten 2020.03.12.988840
    Link Publikation
  • 2020
    Titel YBEY is an essential biogenesis factor for mitochondrial ribosomes
    DOI 10.1093/nar/gkaa148
    Typ Journal Article
    Autor Summer S
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 9762-9786
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Molecular principles of Piwi-mediated cotranscriptional silencing through the dimeric SFiNX complex
    DOI 10.1101/gad.347989.120
    Typ Journal Article
    Autor Schnabl J
    Journal Genes & Development
    Seiten 392-409
    Link Publikation
  • 2021
    Titel A SUMO-dependent regulatory switch connects the piRNA pathway to the heterochromatin machinery in Drosophila
    DOI 10.1101/2021.07.27.453956
    Typ Preprint
    Autor Andreev V
    Seiten 2021.07.27.453956
    Link Publikation
  • 2021
    Titel A genetic toolkit for studying transposon control in the Drosophila melanogaster ovary
    DOI 10.1101/2021.06.29.450424
    Typ Preprint
    Autor Elmaghraby M
    Seiten 2021.06.29.450424
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Light regulates alternative splicing outcomes via the TOR kinase pathway
    DOI 10.1016/j.celrep.2021.109676
    Typ Journal Article
    Autor Riegler S
    Journal Cell Reports
    Seiten 109676
    Link Publikation
  • 2021
    Titel A genetic toolkit for studying transposon control in the Drosophila melanogaster ovary
    DOI 10.1093/genetics/iyab179
    Typ Journal Article
    Autor Elmaghraby M
    Journal Genetics
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Targeting alternative splicing by RNAi: from the differential impact on splice variants to triggering artificial pre-mRNA splicing
    DOI 10.1093/nar/gkaa1260
    Typ Journal Article
    Autor Fuchs A
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 1133-1151
    Link Publikation
  • 2021
    Titel The ADAR1 editome reveals drivers of editing-specificity for ADAR1-isoforms
    DOI 10.1101/2021.11.24.469911
    Typ Preprint
    Autor Kleinova R
    Seiten 2021.11.24.469911
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Adaptor protein RapZ activates endoribonuclease RNase E by protein-protein interaction to cleave a small regulatory RNA
    DOI 10.1261/rna.074047.119
    Typ Journal Article
    Autor Durica-Mitic S
    Journal RNA
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Distinctive Regulation of Carbapenem Susceptibility in Pseudomonas aeruginosa by Hfq
    DOI 10.3389/fmicb.2020.01001
    Typ Journal Article
    Autor Sonnleitner E
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 1001
    Link Publikation
  • 2019
    Titel 3D based on 2D: Calculating helix angles and stacking patterns using forgi 2.0, an RNA Python library centered on secondary structure elements.
    DOI 10.12688/f1000research.18458.1
    Typ Journal Article
    Autor Thiel B
    Journal F1000Research
    Link Publikation
  • 2023
    Titel The ADAR1 editome reveals drivers of editing-specificity for ADAR1-isoforms
    DOI 10.1093/nar/gkad265
    Typ Journal Article
    Autor Kleinova R
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 4191-4207
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Rewiring of Gene Expression in Pseudomonas aeruginosa During Diauxic Growth Reveals an Indirect Regulation of the MexGHI-OpmD Efflux Pump by Hfq
    DOI 10.3389/fmicb.2022.919539
    Typ Journal Article
    Autor Rozner M
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 919539
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Quantifying heterologous gene expression during ectopic MazF production in Escherichia coli
    DOI 10.1186/s13104-022-06061-9
    Typ Journal Article
    Autor Nikolic N
    Journal BMC Research Notes
    Seiten 173
    Link Publikation
  • 2022
    Titel The Drosophila ZAD zinc finger protein Kipferl guides Rhino to piRNA clusters
    DOI 10.7554/elife.80067
    Typ Journal Article
    Autor Baumgartner L
    Journal eLife
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Insights into the secondary and tertiary structure of the Bovine Viral Diarrhea Virus Internal Ribosome Entry Site
    DOI 10.1080/15476286.2022.2058818
    Typ Journal Article
    Autor Gosavi D
    Journal RNA Biology
    Seiten 496-506
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Assembly principle of a membrane-anchored nuclear pore basket scaffold
    DOI 10.1126/sciadv.abl6863
    Typ Journal Article
    Autor Cibulka J
    Journal Science Advances
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Panoramix SUMOylation on chromatin connects the piRNA pathway to the cellular heterochromatin machinery
    DOI 10.1038/s41594-022-00721-x
    Typ Journal Article
    Autor Andreev V
    Journal Nature Structural & Molecular Biology
    Seiten 130-142
  • 2018
    Titel RNA editing of Filamin A pre-mRNA regulates vascular contraction and diastolic blood pressure
    DOI 10.15252/embj.201694813
    Typ Journal Article
    Autor Jain M
    Journal The EMBO Journal
    Link Publikation
  • 2018
    Titel In vivo insertion pool sequencing identifies virulence factors in a complex fungal–host interaction
    DOI 10.1371/journal.pbio.2005129
    Typ Journal Article
    Autor Uhse S
    Journal PLOS Biology
    Link Publikation
  • 2018
    Titel RNA Structure Elements Conserved between Mouse and 59 Other Vertebrates
    DOI 10.3390/genes9080392
    Typ Journal Article
    Autor Thiel B
    Journal Genes
    Seiten 392
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Hypoxia/reperfusion predisposes to atherosclerosis
    DOI 10.1371/journal.pone.0205067
    Typ Journal Article
    Autor Finsterwalder R
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Analysis of 3' End Modifications in microRNAs by High-Throughput Sequencing
    DOI 10.1007/978-1-4939-8624-8_10
    Typ Book Chapter
    Autor Reimão-Pinto M
    Verlag Springer Nature
    Seiten 115-139
  • 2018
    Titel Autoregulation of mazEF expression underlies growth heterogeneity in bacterial populations
    DOI 10.1093/nar/gky079
    Typ Journal Article
    Autor Nikolic N
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Harnessing Metabolic Regulation to Increase Hfq-Dependent Antibiotic Susceptibility in Pseudomonas aeruginosa
    DOI 10.3389/fmicb.2018.02709
    Typ Journal Article
    Autor Pusic P
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 2709
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Structural basis for acceptor RNA substrate selectivity of the 3' terminal uridylyl transferase Tailor
    DOI 10.1093/nar/gky1164
    Typ Journal Article
    Autor Kroupova A
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 1030-1042
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Light remote control of alternative splicing in roots through TOR kinase
    DOI 10.1101/472126
    Typ Preprint
    Autor Riegler S
    Seiten 472126
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Mutations in Cytosine-5 tRNA Methyltransferases Impact Mobile Element Expression and Genome Stability at Specific DNA Repeats
    DOI 10.1016/j.celrep.2018.01.061
    Typ Journal Article
    Autor Genenncher B
    Journal Cell Reports
    Seiten 1861-1874
    Link Publikation
  • 2017
    Titel The Anaerobically Induced sRNA PaiI Affects Denitrification in Pseudomonas aeruginosa PA14
    DOI 10.3389/fmicb.2017.02312
    Typ Journal Article
    Autor Tata M
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 2312
    Link Publikation
  • 2017
    Titel MUW researcher of the month
    DOI 10.1007/s00508-017-1292-x
    Typ Journal Article
    Journal Wiener klinische Wochenschrift
    Seiten 913-914
  • 2025
    Titel An ATP-gated molecular switch orchestrates human mRNA export
    DOI 10.1038/s41586-025-09832-z
    Typ Journal Article
    Autor Hohmann U
    Journal Nature
    Seiten 1-9
  • 2025
    Titel Substrate and enzyme determinants for recognition by human mitochondrial RNase P
    DOI 10.1093/nar/gkaf1145
    Typ Journal Article
    Autor Hazisllari E
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Thiol-linked alkylation of RNA to assess expression dynamics
    DOI 10.1038/nmeth.4435
    Typ Journal Article
    Autor Herzog V
    Journal Nature Methods
    Seiten 1198-1204
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Small RNAs Are Trafficked from the Epididymis to Developing Mammalian Sperm
    DOI 10.1016/j.devcel.2018.06.023
    Typ Journal Article
    Autor Sharma U
    Journal Developmental Cell
    Link Publikation
  • 2018
    Titel The cyclin-dependent kinase G group defines a thermo-sensitive alternative splicing circuit modulating the expression of Arabidopsis ATU2AF65A
    DOI 10.1111/tpj.13914
    Typ Journal Article
    Autor Cavallari N
    Journal The Plant Journal
    Seiten 1010-1022
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Germline Variants in the POT1-Gene in High-Risk Melanoma Patients in Austria
    DOI 10.1534/g3.117.300394
    Typ Journal Article
    Autor Müller C
    Journal G3: Genes, Genomes, Genetics
    Seiten 1475-1480
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Isolation and Characterization of Endogenous RNPs from Brain Tissues
    DOI 10.1007/978-1-4939-7213-5_28
    Typ Book Chapter
    Autor Schieweck R
    Verlag Springer Nature
    Seiten 419-426
  • 2020
    Titel An internal deletion of ADAR rescued by MAVS deficiency leads to a minute phenotype
    DOI 10.1093/nar/gkaa025
    Typ Journal Article
    Autor Bajad P
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 3286-3303
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Structure of the human core transcription-export complex reveals a hub for multivalent interactions
    DOI 10.7554/elife.61503
    Typ Journal Article
    Autor Pühringer T
    Journal eLife
    Link Publikation
  • 2025
    Titel Molecular basis of polyadenylated RNA fate determination in the nucleus
    DOI 10.1101/2025.09.16.676470
    Typ Preprint
    Autor Bugai A
    Seiten 2025.09.16.676470
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Sampling globally and locally correct RNA 3D structures using Ernwin, SPQR and experimental SAXS data
    DOI 10.1093/nar/gkae602
    Typ Journal Article
    Autor Thiel B
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Evolutionary adaptation of an HP1-protein chromodomain integrates chromatin and DNA sequence signals
    DOI 10.7554/elife.93194.3
    Typ Journal Article
    Autor Baumgartner L
    Journal eLife
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Specific and Global RNA Regulators in Pseudomonas aeruginosa
    DOI 10.3390/ijms22168632
    Typ Journal Article
    Autor Pusic P
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 8632
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Gene Expression Profiling of Pseudomonas aeruginosa Upon Exposure to Colistin and Tobramycin
    DOI 10.3389/fmicb.2021.626715
    Typ Journal Article
    Autor Sesso A
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 626715
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Stabilization of Hfq-mediated translational repression by the co-repressor Crc in Pseudomonas aeruginosa
    DOI 10.1093/nar/gkab510
    Typ Journal Article
    Autor Malecka E
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 7075-7087
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Cleavage kinetics of human mitochondrial RNase P and contribution of its non-nuclease subunits
    DOI 10.1093/nar/gkad713
    Typ Journal Article
    Autor Vilardo E
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 10536-10550
    Link Publikation
  • 2023
    Titel RRIkinDP: Targeted RNA–RNA interaction kinetics
    DOI 10.1101/2023.07.28.548983
    Typ Preprint
    Autor Waldl M
    Seiten 2023.07.28.548983
    Link Publikation
  • 2023
    Titel 3D Feasibility of 2D RNA-RNA Interaction Paths by stepwise Folding Simulations
    DOI 10.1261/rna.079756.123
    Typ Journal Article
    Autor Beckmann I
    Journal RNA
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Poly(ADP-ribose) glycohydrolase coordinates meiotic DNA double-strand break induction and repair independent of its catalytic activity
    DOI 10.1038/s41467-020-18693-1
    Typ Journal Article
    Autor Janisiw E
    Journal Nature Communications
    Seiten 4869
    Link Publikation
  • 2020
    Titel ADAR-deficiency perturbs the global splicing landscape in mouse tissues
    DOI 10.1101/gr.256933.119
    Typ Journal Article
    Autor Kapoor U
    Journal Genome Research
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Updated phylogeny of Chikungunya virus suggests lineage-specific RNA architecture
    DOI 10.1101/698522
    Typ Preprint
    Autor De Bernardi Schneider A
    Seiten 698522
    Link Publikation
  • 2019
    Titel A Heterochromatin-Specific RNA Export Pathway Facilitates piRNA Production
    DOI 10.1016/j.cell.2019.07.007
    Typ Journal Article
    Autor Elmaghraby M
    Journal Cell
    Link Publikation
  • 2019
    Titel The nascent RNA binding complex SFiNX licenses piRNA-guided heterochromatin formation
    DOI 10.1038/s41594-019-0270-6
    Typ Journal Article
    Autor Batki J
    Journal Nature Structural & Molecular Biology
    Seiten 720-731
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Dynamic Interactions Between the Genome and an Endogenous Retrovirus: Tirant in Drosophila simulans Wild-Type Strains
    DOI 10.1534/g3.118.200789
    Typ Journal Article
    Autor Fablet M
    Journal G3: Genes, Genomes, Genetics
    Seiten 855-865
    Link Publikation
  • 2019
    Titel The embryonic transcriptome of Arabidopsis thaliana
    DOI 10.1007/s00497-018-00357-2
    Typ Journal Article
    Autor Hofmann F
    Journal Plant Reproduction
    Seiten 77-91
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Olfaction regulates organismal proteostasis and longevity via microRNA-dependent signalling
    DOI 10.1038/s42255-019-0033-z
    Typ Journal Article
    Autor Finger F
    Journal Nature Metabolism
    Seiten 350-359
    Link Publikation
  • 2019
    Titel VARIFI—Web-Based Automatic Variant Identification, Filtering and Annotation of Amplicon Sequencing Data
    DOI 10.3390/jpm9010010
    Typ Journal Article
    Autor Krunic M
    Journal Journal of Personalized Medicine
    Seiten 10
    Link Publikation
  • 2019
    Titel The nascent RNA binding complex SFiNX licenses piRNA-guided heterochromatin formation
    DOI 10.1101/609693
    Typ Preprint
    Autor Batki J
    Seiten 609693
    Link Publikation
  • 2019
    Titel MicroRNA Dynamics and Functions During Arabidopsis Embryogenesis
    DOI 10.1101/633735
    Typ Preprint
    Autor Plotnikova A
    Seiten 633735
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Conserved Secondary Structures in Viral mRNAs
    DOI 10.3390/v11050401
    Typ Journal Article
    Autor Kiening M
    Journal Viruses
    Seiten 401
    Link Publikation
  • 2019
    Titel YBEY is an essential biogenesis factor for mitochondrial ribosomes
    DOI 10.1101/2019.12.13.874362
    Typ Preprint
    Autor Summer S
    Seiten 2019.12.13.874362
    Link Publikation
  • 2019
    Titel A high resolution A-to-I editing map in the mouse identifies editing events controlled by pre-mRNA splicing
    DOI 10.1101/gr.242636.118
    Typ Journal Article
    Autor Licht K
    Journal Genome Research
    Seiten 1453-1463
    Link Publikation
  • 2019
    Titel STARR-seq and UMI-STARR-seq: Assessing Enhancer Activities for Genome-Wide-, High-, and Low-Complexity Candidate Libraries
    DOI 10.1002/cpmb.105
    Typ Journal Article
    Autor Neumayr C
    Journal Current Protocols in Molecular Biology
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Time-Resolved Small RNA Sequencing Unravels the Molecular Principles of MicroRNA Homeostasis
    DOI 10.1016/j.molcel.2019.06.018
    Typ Journal Article
    Autor Reichholf B
    Journal Molecular Cell
    Link Publikation
  • 2024
    Titel The FinO/ProQ-like protein PA2582 impacts antimicrobial resistance in Pseudomonas aeruginosa
    DOI 10.3389/fmicb.2024.1422742
    Typ Journal Article
    Autor Sesso A
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 1422742
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Insertion Pool Sequencing for Insertional Mutant Analysis in Complex Host-Microbe Interactions
    DOI 10.1002/cppb.20097
    Typ Journal Article
    Autor Uhse S
    Journal Current Protocols in Plant Biology
    Link Publikation
  • 2019
    Titel 3D based on 2D: Calculating helix angles and stacking patterns using forgi 2.0, an RNA Python library centered on secondary structure elements.
    DOI 10.12688/f1000research.18458.2
    Typ Journal Article
    Autor Thiel B
    Journal F1000Research
    Link Publikation
  • 2015
    Titel AtRTD – a comprehensive reference transcript dataset resource for accurate quantification of transcript-specific expression in Arabidopsis thaliana
    DOI 10.1111/nph.13545
    Typ Journal Article
    Autor Zhang R
    Journal New Phytologist
    Seiten 96-101
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Unmasking alternative splicing inside protein-coding exons defines exitrons and their role in proteome plasticity
    DOI 10.1101/gr.186585.114
    Typ Journal Article
    Autor Marquez Y
    Journal Genome Research
    Seiten 995-1007
    Link Publikation
  • 2011
    Titel RNAcode: Robust discrimination of coding and noncoding regions in comparative sequence data
    DOI 10.1261/rna.2536111
    Typ Journal Article
    Autor Washietl S
    Journal RNA
    Seiten 578-594
    Link Publikation
  • 2011
    Titel A Genome-Wide RNAi Screen for Factors Involved in Neuronal Specification in Caenorhabditis elegans
    DOI 10.1371/journal.pgen.1002109
    Typ Journal Article
    Autor Poole R
    Journal PLoS Genetics
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Another place, another timer: Marine species and the rhythms of life
    DOI 10.1002/bies.201000096
    Typ Journal Article
    Autor Tessmar-Raible K
    Journal BioEssays
    Seiten 165-172
    Link Publikation
  • 2011
    Titel A folding algorithm for extended RNA secondary structures
    DOI 10.1093/bioinformatics/btr220
    Typ Journal Article
    Autor Zu Siederdissen C
    Journal Bioinformatics
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Extra-embryonic-specific imprinted expression is restricted to defined lineages in the post-implantation embryo
    DOI 10.1016/j.ydbio.2011.02.017
    Typ Journal Article
    Autor Hudson Q
    Journal Developmental Biology
    Seiten 420-431
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Localization and Dynamics of Nuclear Speckles in Plants
    DOI 10.1104/pp.111.186700
    Typ Journal Article
    Autor Reddy A
    Journal Plant Physiology
    Seiten 67-77
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Next-generation sequencing of the Chinese hamster ovary microRNA transcriptome: Identification, annotation and profiling of microRNAs as targets for cellular engineering
    DOI 10.1016/j.jbiotec.2011.02.011
    Typ Journal Article
    Autor Hackl M
    Journal Journal of Biotechnology
    Seiten 62-75
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Forward and Reverse Genetics through Derivation of Haploid Mouse Embryonic Stem Cells
    DOI 10.1016/j.stem.2011.10.012
    Typ Journal Article
    Autor Elling U
    Journal Cell Stem Cell
    Seiten 563-574
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Neural-specific elongation of 3' UTRs during Drosophila development
    DOI 10.1073/pnas.1112672108
    Typ Journal Article
    Autor Hilgers V
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 15864-15869
    Link Publikation
  • 2011
    Titel A computational pipeline for comparative ChIP-seq analyses
    DOI 10.1038/nprot.2011.420
    Typ Journal Article
    Autor Bardet A
    Journal Nature Protocols
    Seiten 45-61
  • 2011
    Titel Fast accessibility-based prediction of RNA–RNA interactions
    DOI 10.1093/bioinformatics/btr281
    Typ Journal Article
    Autor Tafer H
    Journal Bioinformatics
    Seiten 1934-1940
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Selective Translation of Leaderless mRNAs by Specialized Ribosomes Generated by MazF in Escherichia coli
    DOI 10.1016/j.cell.2011.07.047
    Typ Journal Article
    Autor Vesper O
    Journal Cell
    Seiten 147-157
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Finding aptamers and small ribozymes in unexpected places
    DOI 10.1002/wrna.105
    Typ Journal Article
    Autor Matylla-Kulinska K
    Journal Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA
    Seiten 73-91
  • 2011
    Titel A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals
    DOI 10.1038/nature10530
    Typ Journal Article
    Autor Lindblad-Toh K
    Journal Nature
    Seiten 476-482
    Link Publikation
  • 2011
    Titel A systematic analysis of Drosophila TUDOR domain-containing proteins identifies Vreteno and the Tdrd12 family as essential primary piRNA pathway factors
    DOI 10.1038/emboj.2011.308
    Typ Journal Article
    Autor Handler D
    Journal The EMBO Journal
    Seiten 3977-3993
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Structural insights into the dynamics and function of the C-terminus of the E. coli RNA chaperone Hfq
    DOI 10.1093/nar/gkq1346
    Typ Journal Article
    Autor Beich-Frandsen M
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 4900-4915
    Link Publikation
  • 2011
    Titel ImOSM: Intermittent Evolution and Robustness of Phylogenetic Methods
    DOI 10.1093/molbev/msr220
    Typ Journal Article
    Autor Nguyen M
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 663-673
    Link Publikation
  • 2011
    Titel A genome-scale shRNA resource for transgenic RNAi in Drosophila
    DOI 10.1038/nmeth.1592
    Typ Journal Article
    Autor Ni J
    Journal Nature Methods
    Seiten 405-407
    Link Publikation
  • 2011
    Titel A Consistent Phylogenetic Backbone for the Fungi
    DOI 10.1093/molbev/msr285
    Typ Journal Article
    Autor Ebersberger I
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 1319-1334
    Link Publikation
  • 2011
    Titel The 3'-to-5' Exoribonuclease Nibbler Shapes the 3' Ends of MicroRNAs Bound to Drosophila Argonaute1
    DOI 10.1016/j.cub.2011.09.034
    Typ Journal Article
    Autor Han B
    Journal Current Biology
    Seiten 1878-1887
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Temporal and Spatial Regulation of MicroRNA Activity with Photoactivatable Cantimirs
    DOI 10.1021/cb200290e
    Typ Journal Article
    Autor Zheng G
    Journal ACS Chemical Biology
    Seiten 1332-1338
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Animal snoRNAs and scaRNAs with exceptional structures
    DOI 10.4161/rna.8.6.16603
    Typ Journal Article
    Autor Marz M
    Journal RNA Biology
    Seiten 938-946
    Link Publikation
  • 2011
    Titel HSPC117 Is the Essential Subunit of a Human tRNA Splicing Ligase Complex
    DOI 10.1126/science.1197847
    Typ Journal Article
    Autor Popow J
    Journal Science
    Seiten 760-764
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Maternally Inherited Essential Hypertension Is Associated With the Novel 4263A>G Mutation in the Mitochondrial tRNAIle Gene in a Large Han Chinese Family
    DOI 10.1161/circresaha.110.231811
    Typ Journal Article
    Autor Wang S
    Journal Circulation Research
    Seiten 862-870
  • 2011
    Titel ViennaRNA Package 2.0
    DOI 10.1186/1748-7188-6-26
    Typ Journal Article
    Autor Lorenz R
    Journal Algorithms for Molecular Biology
    Seiten 26
    Link Publikation
  • 2013
    Titel TeloTool: a new tool for telomere length measurement from terminal restriction fragment analysis with improved probe intensity correction
    DOI 10.1093/nar/gkt1315
    Typ Journal Article
    Autor Göhring J
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Complexity of the Alternative Splicing Landscape in Plants
    DOI 10.1105/tpc.113.117523
    Typ Journal Article
    Autor Reddy A
    Journal The Plant Cell
    Seiten 3657-3683
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Translation initiation in the crenarchaeon Sulfolobus solfataricus: eukaryotic features but bacterial route
    DOI 10.1042/bst20120300
    Typ Journal Article
    Autor La Teana A
    Journal Biochemical Society Transactions
    Seiten 350-355
  • 2012
    Titel Maternal and paternal genomes contribute equally to the transcriptome of early plant embryos
    DOI 10.1038/nature10756
    Typ Journal Article
    Autor Nodine M
    Journal Nature
    Seiten 94-97
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Advanced Methylome Analysis after Bisulfite Deep Sequencing: An Example in Arabidopsis
    DOI 10.1371/journal.pone.0041528
    Typ Journal Article
    Autor Dinh H
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Identification of RNA targets for the nuclear multidomain cyclophilin atCyp59 and their effect on PPIase activity
    DOI 10.1093/nar/gks1252
    Typ Journal Article
    Autor Bannikova O
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 1783-1796
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Symmetric circular matchings and RNA folding
    DOI 10.1016/j.disc.2011.06.004
    Typ Journal Article
    Autor Hofacker I
    Journal Discrete Mathematics
    Seiten 100-112
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Embryonic Priming of a miRNA Locus Predetermines Postmitotic Neuronal Left/Right Asymmetry in C. elegans
    DOI 10.1016/j.cell.2012.10.049
    Typ Journal Article
    Autor Cochella L
    Journal Cell
    Seiten 1229-1242
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Biased transcription and selective degradation of small RNAs shape the pattern of DNA elimination in Tetrahymena
    DOI 10.1101/gad.196493.112
    Typ Journal Article
    Autor Schoeberl U
    Journal Genes & Development
    Seiten 1729-1742
    Link Publikation
  • 2012
    Titel A Histone Deacetylase Adjusts Transcription Kinetics at Coding Sequences during Candida albicans Morphogenesis
    DOI 10.1371/journal.pgen.1003118
    Typ Journal Article
    Autor Hnisz D
    Journal PLoS Genetics
    Link Publikation
  • 2012
    Titel A subcomplex of human mitochondrial RNase P is a bifunctional methyltransferase—extensive moonlighting in mitochondrial tRNA biogenesis
    DOI 10.1093/nar/gks910
    Typ Journal Article
    Autor Vilardo E
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 11583-11593
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Stable transgenesis in the marine annelid Platynereis dumerilii sheds new light on photoreceptor evolution
    DOI 10.1073/pnas.1209657109
    Typ Journal Article
    Autor Backfisch B
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 193-198
    Link Publikation
  • 2012
    Titel A Programmable Dual-RNA–Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity
    DOI 10.1126/science.1225829
    Typ Journal Article
    Autor Jinek M
    Journal Science
    Seiten 816-821
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Do we still need supertrees?
    DOI 10.1186/1741-7007-10-13
    Typ Journal Article
    Autor Von Haeseler A
    Journal BMC Biology
    Seiten 13
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Nuclear RNase P of Trypanosoma brucei: A Single Protein in Place of the Multicomponent RNA-Protein Complex
    DOI 10.1016/j.celrep.2012.05.021
    Typ Journal Article
    Autor Taschner A
    Journal Cell Reports
    Seiten 19-25
    Link Publikation
  • 2012
    Titel tRNA Processing by Protein-Only versus RNA-Based RNase P: Kinetic Analysis Reveals Mechanistic Differences
    DOI 10.1002/cbic.201200434
    Typ Journal Article
    Autor Pavlova L
    Journal ChemBioChem
    Seiten 2270-2276
  • 2012
    Titel Structural and Biochemical Studies on ATP Binding and Hydrolysis by the Escherichia coli RNA Chaperone Hfq
    DOI 10.1371/journal.pone.0050892
    Typ Journal Article
    Autor Hämmerle H
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Transcript Diversification in the Nervous System: A to I RNA Editing in CNS Function and Disease Development
    DOI 10.3389/fnins.2012.00099
    Typ Journal Article
    Autor Tariq A
    Journal Frontiers in Neuroscience
    Seiten 99
    Link Publikation
  • 2012
    Titel REvolver: Modeling Sequence Evolution under Domain Constraints
    DOI 10.1093/molbev/mss078
    Typ Journal Article
    Autor Koestler T
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 2133-2145
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Structural flexibility of RNA as molecular basis for Hfq chaperone function
    DOI 10.1093/nar/gks510
    Typ Journal Article
    Autor De Almeida Ribeiro E
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 8072-8084
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Benefit-of-doubt (BOD) scoring: A sequencing-based method for SNP candidate assessment from high to medium read number data sets
    DOI 10.1016/j.ygeno.2012.12.001
    Typ Journal Article
    Autor Sedlazeck F
    Journal Genomics
    Seiten 204-209
    Link Publikation
  • 2012
    Titel An Asymmetrically Localized Staufen2-Dependent RNA Complex Regulates Maintenance of Mammalian Neural Stem Cells
    DOI 10.1016/j.stem.2012.06.010
    Typ Journal Article
    Autor Vessey J
    Journal Cell Stem Cell
    Seiten 517-528
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Chapter five Diverse Functions of MicroRNAs in Nervous System Development
    DOI 10.1016/b978-0-12-387038-4.00005-7
    Typ Book Chapter
    Autor Cochella L
    Verlag Elsevier
    Seiten 115-143
  • 2012
    Titel Alternative splicing in plants – coming of age
    DOI 10.1016/j.tplants.2012.06.001
    Typ Journal Article
    Autor Syed N
    Journal Trends in Plant Science
    Seiten 616-623
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Airn Transcriptional Overlap, But Not Its lncRNA Products, Induces Imprinted Igf2r Silencing
    DOI 10.1126/science.1228110
    Typ Journal Article
    Autor Latos P
    Journal Science
    Seiten 1469-1472
  • 2017
    Titel Protein-only RNase P function in Escherichia coli: viability, processing defects and differences between PRORP isoenzymes
    DOI 10.1093/nar/gkx405
    Typ Journal Article
    Autor Gößringer M
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 7441-7454
    Link Publikation
  • 2017
    Titel A high quality Arabidopsis transcriptome for accurate transcript-level analysis of alternative splicing
    DOI 10.1093/nar/gkx267
    Typ Journal Article
    Autor Zhang R
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 5061-5073
    Link Publikation
  • 2017
    Titel RNA in Disease and development
    DOI 10.1080/15476286.2017.1316929
    Typ Journal Article
    Autor Barta A
    Journal RNA Biology
    Seiten 457-459
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Genome-wide identification of intrasplicing events in the human transcriptome and hints to their regulatory potential
    DOI 10.1101/159350
    Typ Preprint
    Autor Radtke M
    Seiten 159350
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Promoting transcription over long distances
    DOI 10.1038/ng.3904
    Typ Journal Article
    Autor Catarino R
    Journal Nature Genetics
    Seiten 972-973
  • 2017
    Titel Widespread Contamination of Arabidopsis Embryo and Endosperm Transcriptome Data Sets
    DOI 10.1105/tpc.16.00845
    Typ Journal Article
    Autor Schon M
    Journal The Plant Cell
    Seiten 608-617
    Link Publikation
  • 2017
    Titel A to I editing in disease is not fake news
    DOI 10.1080/15476286.2017.1306173
    Typ Journal Article
    Autor Bajad P
    Journal RNA Biology
    Seiten 1223-1231
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Sus1, Cdc31, and the Sac3 CID Region Form a Conserved Interaction Platform that Promotes Nuclear Pore Association and mRNA Export
    DOI 10.1016/j.molcel.2009.01.033
    Typ Journal Article
    Autor Jani D
    Journal Molecular Cell
    Seiten 727-737
    Link Publikation
  • 2009
    Titel A Toolkit and Robust Pipeline for the Generation of Fosmid-Based Reporter Genes in C. elegans
    DOI 10.1371/journal.pone.0004625
    Typ Journal Article
    Autor Tursun B
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2009
    Titel 2'-O-methylation stabilizes Piwi-associated small RNAs and ensures DNA elimination in Tetrahymena
    DOI 10.1261/rna.1455509
    Typ Journal Article
    Autor Kurth H
    Journal RNA
    Seiten 675-685
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Central control of fever and female body temperature by RANKL/RANK
    DOI 10.1038/nature08596
    Typ Journal Article
    Autor Hanada R
    Journal Nature
    Seiten 505-509
  • 2009
    Titel tRNA recognition, processing, and disease: Hypotheses around an unorthodox type of RNase P in human mitochondria
    DOI 10.1016/j.mito.2009.03.008
    Typ Journal Article
    Autor Holzmann J
    Journal Mitochondrion
    Seiten 284-288
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Comparative genomics of gene regulation—conservation and divergence of cis-regulatory information
    DOI 10.1016/j.gde.2009.10.006
    Typ Journal Article
    Autor Meireles-Filho A
    Journal Current Opinion in Genetics & Development
    Seiten 565-570
  • 2009
    Titel A functional screen implicates microRNA-138-dependent regulation of the depalmitoylation enzyme APT1 in dendritic spine morphogenesis
    DOI 10.1038/ncb1876
    Typ Journal Article
    Autor Siegel G
    Journal Nature Cell Biology
    Seiten 705-716
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Neuron-type specific regulation of a 3'UTR through redundant and combinatorially acting cis-regulatory elements
    DOI 10.1261/rna.1931510
    Typ Journal Article
    Autor Didiano D
    Journal RNA
    Seiten 349-363
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Genome-Wide RNAi Screen Identifies Genes Involved in Intestinal Pathogenic Bacterial Infection
    DOI 10.1126/science.1173164
    Typ Journal Article
    Autor Cronin S
    Journal Science
    Seiten 340-343
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Processing of Drosophila endo-siRNAs depends on a specific Loquacious isoform
    DOI 10.1261/rna.1611309
    Typ Journal Article
    Autor Zhou R
    Journal RNA
    Seiten 1886-1895
    Link Publikation
  • 2009
    Titel TonB-dependent transporters and their occurrence in cyanobacteria
    DOI 10.1186/1741-7007-7-68
    Typ Journal Article
    Autor Mirus O
    Journal BMC Biology
    Seiten 68
    Link Publikation
  • 2009
    Titel A Phylogenomic Approach to Resolve the Basal Pterygote Divergence
    DOI 10.1093/molbev/msp191
    Typ Journal Article
    Autor Simon S
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 2719-2730
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Evolutionarily evolved discriminators in the 3-TPR domain of the Toc64 family involved in protein translocation at the outer membrane of chloroplasts and mitochondria
    DOI 10.1007/s00894-008-0449-y
    Typ Journal Article
    Autor Mirus O
    Journal Journal of Molecular Modeling
    Seiten 971
  • 2009
    Titel Taxon Selection under Split Diversity
    DOI 10.1093/sysbio/syp058
    Typ Journal Article
    Autor Minh B
    Journal Systematic Biology
    Seiten 586-594
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Loss of matKRNA editing in seed plant chloroplasts
    DOI 10.1186/1471-2148-9-201
    Typ Journal Article
    Autor Tillich M
    Journal BMC Evolutionary Biology
    Seiten 201
    Link Publikation
  • 2009
    Titel An in vitro ES cell imprinting model shows that imprinted expression of the Igf2r gene arises from an allele-specific expression bias
    DOI 10.1242/dev.032060
    Typ Journal Article
    Autor Latos P
    Journal Development
    Seiten 437-448
    Link Publikation
  • 2009
    Titel RNA Secondary Structure Analysis Using the Vienna RNA Package
    DOI 10.1002/0471250953.bi1202s26
    Typ Journal Article
    Autor Hofacker I
    Journal Current Protocols in Bioinformatics
    Seiten 12.2.1-12.2.16
  • 2009
    Titel Tetrahymena Meiotic Nuclear Reorganization Is Induced by a Checkpoint Kinase–dependent Response to DNA Damage
    DOI 10.1091/mbc.e08-10-1058
    Typ Journal Article
    Autor Loidl J
    Journal Molecular Biology of the Cell
    Seiten 2428-2437
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Coherent but overlapping expression of microRNAs and their targets during vertebrate development
    DOI 10.1101/gad.1745709
    Typ Journal Article
    Autor Shkumatava A
    Journal Genes & Development
    Seiten 466-481
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Two GW Repeat Proteins Interact with Tetrahymena thermophila Argonaute and Promote Genome Rearrangement
    DOI 10.1128/mcb.00076-09
    Typ Journal Article
    Autor Bednenko J
    Journal Molecular and Cellular Biology
    Seiten 5020-5030
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Processing mitochondrial (t)RNAs: New enzyme, old job
    DOI 10.4161/cc.8.11.8502
    Typ Journal Article
    Autor Rossmanith W
    Journal Cell Cycle
    Seiten 1650-1653
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Accurate Prediction of Peptide Binding Sites on Protein Surfaces
    DOI 10.1371/journal.pcbi.1000335
    Typ Journal Article
    Autor Petsalaki E
    Journal PLoS Computational Biology
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Structural Basis for the Interaction between Yeast Spt-Ada-Gcn5 Acetyltransferase (SAGA) Complex Components Sgf11 and Sus12
    DOI 10.1074/jbc.m109.070839
    Typ Journal Article
    Autor Ellisdon A
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 3850-3856
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Distribution and Phylogeny of Light-Oxygen-Voltage-Blue-Light-Signaling Proteins in the Three Kingdoms of Life
    DOI 10.1128/jb.00923-09
    Typ Journal Article
    Autor Krauss U
    Journal Journal of Bacteriology
    Seiten 7234-7242
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression
    DOI 10.1038/nature07829
    Typ Journal Article
    Autor Heintzman N
    Journal Nature
    Seiten 108-112
    Link Publikation
  • 2009
    Titel MicroRNAs Cross the Line: The Battle for mRNA Stability Enters the Coding Sequence
    DOI 10.1016/j.molcel.2009.07.006
    Typ Journal Article
    Autor Nielsen A
    Journal Molecular Cell
    Seiten 139-140
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Detection of small RNAs in Pseudomonas aeruginosa by RNomics and structure-based bioinformatic tools
    DOI 10.1099/mic.0.2008/019703-0
    Typ Journal Article
    Autor Sonnleitner E
    Journal Microbiology
    Seiten 3175-3187
    Link Publikation
  • 2008
    Titel A Single Mutation in the IF3 N-Terminal Domain Perturbs the Fidelity of Translation Initiation at Three Levels
    DOI 10.1016/j.jmb.2008.09.012
    Typ Journal Article
    Autor Maar D
    Journal Journal of Molecular Biology
    Seiten 937-944
  • 2008
    Titel Antimicrobial activity of a chimeric enzybiotic towards Staphylococcus aureus
    DOI 10.1016/j.jbiotec.2008.09.003
    Typ Journal Article
    Autor Manoharadas S
    Journal Journal of Biotechnology
    Seiten 118-123
  • 2008
    Titel Knowledge Acquisition Focused Cooperative Development of Bio-ontologies – A Case Study with BIO2Me
    DOI 10.1007/978-3-540-70600-7_20
    Typ Book Chapter
    Autor Mainz D
    Verlag Springer Nature
    Seiten 258-272
  • 2008
    Titel Beyond energy minimization: approaches to the kinetic folding of RNA
    DOI 10.1007/s00706-008-0895-3
    Typ Journal Article
    Autor Flamm C
    Journal Monatshefte für Chemie - Chemical Monthly
    Seiten 447-457
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Specificity of ADAR-mediated RNA editing in newly identified targets
    DOI 10.1261/rna.923308
    Typ Journal Article
    Autor Riedmann E
    Journal RNA
    Seiten 1110-1118
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Gene expression profiling for molecular distinction and characterization of laser captured primary lung cancers
    DOI 10.1186/1479-5876-6-69
    Typ Journal Article
    Autor Rohrbeck A
    Journal Journal of Translational Medicine
    Seiten 69
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Visualization of Barrier Tree Sequences Revisited
    DOI 10.1007/978-3-540-72630-2_16
    Typ Book Chapter
    Autor Heine C
    Verlag Springer Nature
    Seiten 275-290
  • 2008
    Titel H3K27me3 forms BLOCs over silent genes and intergenic regions and specifies a histone banding pattern on a mouse autosomal chromosome
    DOI 10.1101/gr.080861.108
    Typ Journal Article
    Autor Pauler F
    Journal Genome Research
    Seiten 221-233
    Link Publikation
  • 2008
    Titel An Epigenetic Role for Maternally Inherited piRNAs in Transposon Silencing
    DOI 10.1126/science.1165171
    Typ Journal Article
    Autor Brennecke J
    Journal Science
    Seiten 1387-1392
    Link Publikation
  • 2008
    Titel An endogenous small interfering RNA pathway in Drosophila
    DOI 10.1038/nature07007
    Typ Journal Article
    Autor Czech B
    Journal Nature
    Seiten 798-802
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Plant SR Proteins and Their Functions
    DOI 10.1007/978-3-540-76776-3_5
    Typ Book Chapter
    Autor Barta A
    Verlag Springer Nature
    Seiten 83-102
  • 2008
    Titel Comment on ‘A congruence index for testing topological similarity between trees’
    DOI 10.1093/bioinformatics/btn539
    Typ Journal Article
    Autor Kupczok A
    Journal Bioinformatics
    Seiten 147-149
    Link Publikation
  • 2008
    Titel DNA double-strand breaks, but not crossovers, are required for the reorganization of meiotic nuclei in Tetrahymena
    DOI 10.1242/jcs.031799
    Typ Journal Article
    Autor Mochizuki K
    Journal Journal of Cell Science
    Seiten 2148-2158
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Budgeted Phylogenetic Diversity on Circular Split Systems
    DOI 10.1109/tcbb.2008.54
    Typ Journal Article
    Autor Minh B
    Journal IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
    Seiten 22-29
  • 2008
    Titel Silencing and transcriptional properties of the imprinted Airn ncRNA are independent of the endogenous promoter
    DOI 10.1038/emboj.2008.239
    Typ Journal Article
    Autor Stricker S
    Journal The EMBO Journal
    Seiten 3116-3128
    Link Publikation
  • 2008
    Titel The impact of target site accessibility on the design of effective siRNAs
    DOI 10.1038/nbt1404
    Typ Journal Article
    Autor Tafer H
    Journal Nature Biotechnology
    Seiten 578-583
  • 2008
    Titel RNAplex: a fast tool for RNA–RNA interaction search
    DOI 10.1093/bioinformatics/btn193
    Typ Journal Article
    Autor Tafer H
    Journal Bioinformatics
    Seiten 2657-2663
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Dynamic Interaction between P-Bodies and Transport Ribonucleoprotein Particles in Dendrites of Mature Hippocampal Neurons
    DOI 10.1523/jneurosci.0104-08.2008
    Typ Journal Article
    Autor Zeitelhofer M
    Journal The Journal of Neuroscience
    Seiten 7555-7562
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Translational activation by the noncoding RNA DsrA involves alternative RNase III processing in the rpoS 5'-leader
    DOI 10.1261/rna.603108
    Typ Journal Article
    Autor Resch A
    Journal RNA
    Seiten 454-459
    Link Publikation
  • 2008
    Titel SINE RNA Induces Severe Developmental Defects in Arabidopsis thaliana and Interacts with HYL1 (DRB1), a Key Member of the DCL1 Complex
    DOI 10.1371/journal.pgen.1000096
    Typ Journal Article
    Autor Pouch-Pélissier M
    Journal PLoS Genetics
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Study of an RNA helicase implicates small RNA–noncoding RNA interactions in programmed DNA elimination in Tetrahymena
    DOI 10.1101/gad.481908
    Typ Journal Article
    Autor Aronica L
    Journal Genes & Development
    Seiten 2228-2241
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Conservation of small RNA pathways in platypus
    DOI 10.1101/gr.073056.107
    Typ Journal Article
    Autor Murchison E
    Journal Genome Research
    Seiten 995-1004
    Link Publikation
  • 2008
    Titel www.rnaworkbench.com: A new program for analyzing RNA interference
    DOI 10.1016/j.cmpb.2007.12.001
    Typ Journal Article
    Autor Vareková R
    Journal Computer Methods and Programs in Biomedicine
    Seiten 89-94
  • 2008
    Titel Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution
    DOI 10.1038/nature06936
    Typ Journal Article
    Autor Warren W
    Journal Nature
    Seiten 175-183
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Target site effects in the RNA interference and microRNA pathways
    DOI 10.1042/bst0361216
    Typ Journal Article
    Autor Obernosterer G
    Journal Biochemical Society Transactions
    Seiten 1216-1219
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Identification of the human homolog of the imprinted mouse Air non-coding RNA
    DOI 10.1016/j.ygeno.2008.08.004
    Typ Journal Article
    Autor Yotova I
    Journal Genomics
    Seiten 464-473
    Link Publikation
  • 2008
    Titel The Vienna RNA Websuite
    DOI 10.1093/nar/gkn188
    Typ Journal Article
    Autor Gruber A
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Crystal Structure of the Intact Archaeal Translation Initiation Factor 2 Demonstrates Very High Conformational Flexibility in the a- and ß-Subunits
    DOI 10.1016/j.jmb.2008.07.039
    Typ Journal Article
    Autor Stolboushkina E
    Journal Journal of Molecular Biology
    Seiten 680-691
  • 2008
    Titel Site-Specific Phosphorylation Profiling of Arabidopsis Proteins by Mass Spectrometry and Peptide Chip Analysis
    DOI 10.1021/pr8000173
    Typ Journal Article
    Autor Van Bentem S
    Journal Journal of Proteome Research
    Seiten 2458-2470
  • 2008
    Titel High efficiency transformation of Tetrahymena using a codon-optimized neomycin resistance gene
    DOI 10.1016/j.gene.2008.08.007
    Typ Journal Article
    Autor Mochizuki K
    Journal Gene
    Seiten 79-83
  • 2011
    Titel From Structure Prediction to Genomic Screens for Novel Non-Coding RNAs
    DOI 10.1371/journal.pcbi.1002100
    Typ Journal Article
    Autor Gorodkin J
    Journal PLoS Computational Biology
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Localization of Human RNase Z Isoforms: Dual Nuclear/Mitochondrial Targeting of the ELAC2 Gene Product by Alternative Translation Initiation
    DOI 10.1371/journal.pone.0019152
    Typ Journal Article
    Autor Rossmanith W
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2011
    Titel A few standing for many: embryo receptor-like kinases
    DOI 10.1016/j.tplants.2011.01.005
    Typ Journal Article
    Autor Nodine M
    Journal Trends in Plant Science
    Seiten 211-217
  • 2011
    Titel An RNA-Seq Strategy to Detect the Complete Coding and Non-Coding Transcriptome Including Full-Length Imprinted Macro ncRNAs
    DOI 10.1371/journal.pone.0027288
    Typ Journal Article
    Autor Huang R
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Of P and Z: Mitochondrial tRNA processing enzymes
    DOI 10.1016/j.bbagrm.2011.11.003
    Typ Journal Article
    Autor Rossmanith W
    Journal Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms
    Seiten 1017-1026
    Link Publikation
  • 2011
    Titel A structural determinant required for RNA editing
    DOI 10.1093/nar/gkr144
    Typ Journal Article
    Autor Tian N
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 5669-5681
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Alternative splicing and nonsense-mediated decay modulate expression of important regulatory genes in Arabidopsis
    DOI 10.1093/nar/gkr932
    Typ Journal Article
    Autor Kalyna M
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 2454-2469
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Tristetraprolin-driven regulatory circuit controls quality and timing of mRNA decay in inflammation
    DOI 10.1038/msb.2011.93
    Typ Journal Article
    Autor Kratochvill F
    Journal Molecular Systems Biology
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Structural analysis of full-length Hfq from Escherichia coli
    DOI 10.1107/s174430911100786x
    Typ Journal Article
    Autor Beich-Frandsen M
    Journal Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications
    Seiten 536-40
    Link Publikation
  • 2011
    Titel The RNA annealing mechanism of the HIV-1 Tat peptide: conversion of the RNA into an annealing-competent conformation
    DOI 10.1093/nar/gkq1339
    Typ Journal Article
    Autor Doetsch M
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 4405-4418
    Link Publikation
  • 2011
    Titel High conservation of transcription factor binding and evidence for combinatorial regulation across six Drosophila species
    DOI 10.1038/ng.808
    Typ Journal Article
    Autor He Q
    Journal Nature Genetics
    Seiten 414-420
  • 2010
    Titel Mouse MOV10L1 associates with Piwi proteins and is an essential component of the Piwi-interacting RNA (piRNA) pathway
    DOI 10.1073/pnas.1003953107
    Typ Journal Article
    Autor Zheng K
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 11841-11846
    Link Publikation
  • 2010
    Titel ACOPHY: A Simple and General Ant Colony Optimization Approach for Phylogenetic Tree Reconstruction
    DOI 10.1007/978-3-642-15461-4_32
    Typ Book Chapter
    Autor Dinh H
    Verlag Springer Nature
    Seiten 360-367
  • 2010
    Titel Random Tree-Puzzle Leads to the Yule–Harding Distribution
    DOI 10.1093/molbev/msq212
    Typ Journal Article
    Autor Vinh L
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 873-877
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Target RNA–Directed Trimming and Tailing of Small Silencing RNAs
    DOI 10.1126/science.1187058
    Typ Journal Article
    Autor Ameres S
    Journal Science
    Seiten 1534-1539
    Link Publikation
  • 2010
    Titel A Phylogenomic Approach to Resolve the Arthropod Tree of Life
    DOI 10.1093/molbev/msq130
    Typ Journal Article
    Autor Meusemann K
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 2451-2464
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Mammalian Pumilio 2 regulates dendrite morphogenesis and synaptic function
    DOI 10.1073/pnas.0907128107
    Typ Journal Article
    Autor Vessey J
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 3222-3227
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Hybridization thermodynamics of NimbleGen Microarrays
    DOI 10.1186/1471-2105-11-35
    Typ Journal Article
    Autor Mueckstein U
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 35
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Three consecutive generations of nephridia occur during development of Platynereis dumerilii (Annelida, Polychaeta)
    DOI 10.1002/dvdy.22331
    Typ Journal Article
    Autor Hasse C
    Journal Developmental Dynamics
    Seiten 1967-1976
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Target RNA-directed tailing and trimming purifies the sorting of endo-siRNAs between the two Drosophila Argonaute proteins
    DOI 10.1261/rna.2498411
    Typ Journal Article
    Autor Ameres S
    Journal RNA
    Seiten 54-63
    Link Publikation
  • 2010
    Titel MISFITS: Evaluating the Goodness of Fit between a Phylogenetic Model and an Alignment
    DOI 10.1093/molbev/msq180
    Typ Journal Article
    Autor Nguyen M
    Journal Molecular Biology and Evolution
    Seiten 143-152
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Quantitative detection and typing of hepatitis D virus in human serum by real-time polymerase chain reaction and melting curve analysis
    DOI 10.1016/j.diagmicrobio.2010.02.003
    Typ Journal Article
    Autor Hofmann J
    Journal Diagnostic Microbiology and Infectious Disease
    Seiten 172-179
  • 2010
    Titel Implementing a Rational and Consistent Nomenclature for Serine/Arginine-Rich Protein Splicing Factors (SR Proteins) in Plants
    DOI 10.1105/tpc.110.078352
    Typ Journal Article
    Autor Barta A
    Journal The Plant Cell
    Seiten 2926-2929
    Link Publikation
  • 2010
    Titel The piRNA pathway: a fly's perspective on the guardian of the genome
    DOI 10.1016/j.tig.2010.08.007
    Typ Journal Article
    Autor Senti K
    Journal Trends in Genetics
    Seiten 499-509
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Accuracy of phylogeny reconstruction methods combining overlapping gene data sets
    DOI 10.1186/1748-7188-5-37
    Typ Journal Article
    Autor Kupczok A
    Journal Algorithms for Molecular Biology
    Seiten 37
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Genomic SELEX: A discovery tool for genomic aptamers
    DOI 10.1016/j.ymeth.2010.06.004
    Typ Journal Article
    Autor Zimmermann B
    Journal Methods
    Seiten 125-132
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Modules for C-terminal epitope tagging of Tetrahymena genes
    DOI 10.1016/j.mimet.2010.07.009
    Typ Journal Article
    Autor Kataoka K
    Journal Journal of Microbiological Methods
    Seiten 342-346
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Establishment of a Cre/loxP recombination system for N-terminal epitope tagging of genes in Tetrahymena
    DOI 10.1186/1471-2180-10-191
    Typ Journal Article
    Autor Busch C
    Journal BMC Microbiology
    Seiten 191
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Discriminatory power of RNA family models
    DOI 10.1093/bioinformatics/btq370
    Typ Journal Article
    Autor Siederdissen C
    Journal Bioinformatics
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Developmental gene regulation in the era of genomics
    DOI 10.1016/j.ydbio.2009.12.039
    Typ Journal Article
    Autor Zeitlinger J
    Journal Developmental Biology
    Seiten 230-239
  • 2010
    Titel Regulation of plant gene expression by alternative splicing
    DOI 10.1042/bst0380667
    Typ Journal Article
    Autor Simpson C
    Journal Biochemical Society Transactions
    Seiten 667-671
  • 2010
    Titel A single Arabidopsis organellar protein has RNase P activity
    DOI 10.1038/nsmb.1812
    Typ Journal Article
    Autor Gobert A
    Journal Nature Structural & Molecular Biology
    Seiten 740-744
  • 2010
    Titel Hedgehog Signaling Regulates Segment Formation in the Annelid Platynereis
    DOI 10.1126/science.1188913
    Typ Journal Article
    Autor Dray N
    Journal Science
    Seiten 339-342
    Link Publikation
  • 2010
    Titel MRE11 and COM1/SAE2 are required for double-strand break repair and efficient chromosome pairing during meiosis of the protist Tetrahymena
    DOI 10.1007/s00412-010-0274-9
    Typ Journal Article
    Autor Lukaszewicz A
    Journal Chromosoma
    Seiten 505-518
  • 2010
    Titel Monitoring Genomic Sequences during SELEX Using High-Throughput Sequencing: Neutral SELEX
    DOI 10.1371/journal.pone.0009169
    Typ Journal Article
    Autor Zimmermann B
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Identification of an RNase J ortholog in Sulfolobus solfataricus: Implications for 5'-to-3' directional decay and 5'-end protection of mRNA in Crenarchaeota
    DOI 10.1261/rna.2418211
    Typ Journal Article
    Autor Hasenöhrl D
    Journal RNA
    Seiten 99-107
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Systematic genetic analysis of muscle morphogenesis and function in Drosophila
    DOI 10.1038/nature08799
    Typ Journal Article
    Autor Schnorrer F
    Journal Nature
    Seiten 287-291
  • 2010
    Titel FACT: Functional annotation transfer between proteins with similar feature architectures
    DOI 10.1186/1471-2105-11-417
    Typ Journal Article
    Autor Koestler T
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 417
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Evolutionary Genomics of microRNAs and Their Relatives
    DOI 10.1002/9780470570418.ch15
    Typ Book Chapter
    Autor Tanzer A
    Verlag Wiley
    Seiten 295-327
  • 2010
    Titel An in vivo RNAi assay identifies major genetic and cellular requirements for primary piRNA biogenesis in Drosophila
    DOI 10.1038/emboj.2010.212
    Typ Journal Article
    Autor Olivieri D
    Journal The EMBO Journal
    Seiten 3301-3317
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Structural Basis for Assembly and Activation of the Heterotetrameric SAGA Histone H2B Deubiquitinase Module
    DOI 10.1016/j.cell.2010.04.026
    Typ Journal Article
    Autor Köhler A
    Journal Cell
    Seiten 606-617
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Adaptable probabilistic mapping of short reads using position specific scoring matrices
    DOI 10.1186/1471-2105-15-100
    Typ Journal Article
    Autor Kerpedjiev P
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 100
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Impact of Hfq on the Bacillus subtilis Transcriptome
    DOI 10.1371/journal.pone.0098661
    Typ Journal Article
    Autor Hämmerle H
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Structural basis for the interaction of protein S1 with the Escherichia coli ribosome
    DOI 10.1093/nar/gku1314
    Typ Journal Article
    Autor Byrgazov K
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 661-673
    Link Publikation
  • 2014
    Titel The RNA-Editing Enzyme ADAR1 Controls Innate Immune Responses to RNA
    DOI 10.1016/j.celrep.2014.10.041
    Typ Journal Article
    Autor Mannion N
    Journal Cell Reports
    Seiten 1482-1494
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Imaging of Endogenous Messenger RNA Splice Variants in Living Cells Reveals Nuclear Retention of Transcripts Inaccessible to Nonsense-Mediated Decay in Arabidopsis
    DOI 10.1105/tpc.113.118075
    Typ Journal Article
    Autor Göhring J
    Journal The Plant Cell
    Seiten 754-764
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Regulatory Enhancer–Core-Promoter Communication via Transcription Factors and Cofactors
    DOI 10.1016/j.tig.2016.10.003
    Typ Journal Article
    Autor Zabidi M
    Journal Trends in Genetics
    Seiten 801-814
    Link Publikation
  • 2016
    Titel An Enumerative Combinatorics Model for Fragmentation Patterns in RNA Sequencing Provides Insights into Nonuniformity of the Expected Fragment Starting-Point and Coverage Profile
    DOI 10.1089/cmb.2016.0096
    Typ Journal Article
    Autor Prakash C
    Journal Journal of Computational Biology
    Seiten 200-212
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Substrate recognition and cleavage-site selection by a single-subunit protein-only RNase P
    DOI 10.1093/nar/gkw080
    Typ Journal Article
    Autor Brillante N
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 2323-2336
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Molecular Profiling of Thymoma and Thymic Carcinoma: Genetic Differences and Potential Novel Therapeutic Targets
    DOI 10.1007/s12253-016-0144-8
    Typ Journal Article
    Autor Enkner F
    Journal Pathology & Oncology Research
    Seiten 551-564
    Link Publikation
  • 2016
    Titel AtRTD2: A Reference Transcript Dataset for accurate quantification of alternative splicing and expression changes in Arabidopsis thaliana RNA-seq data
    DOI 10.1101/051938
    Typ Preprint
    Autor Zhang R
    Seiten 051938
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Cross-regulation by CrcZ RNA controls anoxic biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa
    DOI 10.1038/srep39621
    Typ Journal Article
    Autor Pusic P
    Journal Scientific Reports
    Seiten 39621
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Molecular basis for cytoplasmic RNA surveillance by uridylation-triggered decay in Drosophila
    DOI 10.15252/embj.201695164
    Typ Journal Article
    Autor Reimão-Pinto M
    Journal The EMBO Journal
    Seiten 2417-2434
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Genetic and mechanistic diversity of piRNA 3'-end formation
    DOI 10.1038/nature20162
    Typ Journal Article
    Autor Hayashi R
    Journal Nature
    Seiten 588-592
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Transcriptome-wide effects of inverted SINEs on gene expression and their impact on RNA polymerase II activity
    DOI 10.1186/s13059-016-1083-0
    Typ Journal Article
    Autor Tajaddod M
    Journal Genome Biology
    Seiten 220
    Link Publikation
  • 2016
    Titel RNASeq Based Transcriptional Profiling of Pseudomonas aeruginosa PA14 after Short- and Long-Term Anoxic Cultivation in Synthetic Cystic Fibrosis Sputum Medium
    DOI 10.1371/journal.pone.0147811
    Typ Journal Article
    Autor Tata M
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2016
    Titel A Stress-Induced Bias in the Reading of the Genetic Code in Escherichia coli
    DOI 10.1128/mbio.01855-16
    Typ Journal Article
    Autor Oron-Gottesman A
    Journal mBio
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Lost in Translation: Pitfalls in Deciphering Plant Alternative Splicing Transcripts
    DOI 10.1105/tpc.15.00572
    Typ Journal Article
    Autor Brown J
    Journal The Plant Cell
    Seiten 2083-2087
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Approaching the Golden Fleece a Molecule at a Time: Biophysical Insights into Argonaute-Instructed Nucleic Acid Interactions
    DOI 10.1016/j.molcel.2015.06.021
    Typ Journal Article
    Autor Herzog V
    Journal Molecular Cell
    Seiten 4-7
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Chapter Eight Thermodynamic and Kinetic Folding of Riboswitches
    DOI 10.1016/bs.mie.2014.10.060
    Typ Book Chapter
    Autor Badelt S
    Verlag Elsevier
    Seiten 193-213
  • 2015
    Titel Decreased expression of endogenous feline leukemia virus in cat lymphomas: a case control study
    DOI 10.1186/s12917-015-0378-9
    Typ Journal Article
    Autor Krunic M
    Journal BMC Veterinary Research
    Seiten 90
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Let there be light: Regulation of gene expression in plants
    DOI 10.4161/15476286.2014.972852
    Typ Journal Article
    Autor Petrillo E
    Journal RNA Biology
    Seiten 1215-1220
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Functions of double-stranded RNA-binding domains in nucleocytoplasmic transport
    DOI 10.4161/15476286.2014.972856
    Typ Journal Article
    Autor Banerjee S
    Journal RNA Biology
    Seiten 1226-1232
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Shedding light on the chloroplast as a remote control of nuclear gene expression
    DOI 10.4161/15592324.2014.976150
    Typ Journal Article
    Autor Herz M
    Journal Plant Signaling & Behavior
    Link Publikation
  • 2014
    Titel A Chloroplast Retrograde Signal Regulates Nuclear Alternative Splicing
    DOI 10.1126/science.1250322
    Typ Journal Article
    Autor Petrillo E
    Journal Science
    Seiten 427-430
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Suitable transfection methods for single particle tracing in plant suspension cells
    DOI 10.1186/1746-4811-10-15
    Typ Journal Article
    Autor Göhring J
    Journal Plant Methods
    Seiten 15
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Classification and evolution of type II CRISPR-Cas systems
    DOI 10.1093/nar/gku241
    Typ Journal Article
    Autor Chylinski K
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 6091-6105
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Drosha protein levels are translationally regulated during Xenopus oocyte maturation
    DOI 10.1091/mbc.e13-07-0386
    Typ Journal Article
    Autor Muggenhumer D
    Journal Molecular Biology of the Cell
    Seiten 2094-2104
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Enhancer–core-promoter specificity separates developmental and housekeeping gene regulation
    DOI 10.1038/nature13994
    Typ Journal Article
    Autor Zabidi M
    Journal Nature
    Seiten 556-559
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Spatio-temporal profiling of Filamin A RNA-editing reveals ADAR preferences and high editing levels outside neuronal tissues
    DOI 10.4161/rna.26216
    Typ Journal Article
    Autor Stulic M
    Journal RNA Biology
    Seiten 1611-1617
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Genome-Wide Quantitative Enhancer Activity Maps Identified by STARR-seq
    DOI 10.1126/science.1232542
    Typ Journal Article
    Autor Arnold C
    Journal Science
    Seiten 1074-1077
  • 2013
    Titel Imprinted Igf2r silencing depends on continuous Airn lncRNA expression and is not restricted to a developmental window
    DOI 10.1242/dev.088849
    Typ Journal Article
    Autor Santoro F
    Journal Development
    Seiten 1184-1195
  • 2013
    Titel Phylogeny of Cas9 determines functional exchangeability of dual-RNA and Cas9 among orthologous type II CRISPR-Cas systems
    DOI 10.1093/nar/gkt1074
    Typ Journal Article
    Autor Fonfara I
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 2577-2590
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Intron excision from precursor tRNA molecules in mammalian cells requires ATP hydrolysis and phosphorylation of tRNA-splicing endonuclease components
    DOI 10.1042/bst20130025
    Typ Journal Article
    Autor Mair B
    Journal Biochemical Society Transactions
    Seiten 831-837
  • 2013
    Titel Duplex formation between the sRNA DsrA and rpoS mRNA is not sufficient for efficient RpoS synthesis at low temperature
    DOI 10.4161/rna.27100
    Typ Journal Article
    Autor Hämmerle H
    Journal RNA Biology
    Seiten 1834-1841
    Link Publikation
  • 2013
    Titel The tracrRNA and Cas9 families of type II CRISPR-Cas immunity systems
    DOI 10.4161/rna.24321
    Typ Journal Article
    Autor Chylinski K
    Journal RNA Biology
    Seiten 726-737
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Characterization of the kinetics of RNA annealing and strand displacement activities of the E. coli DEAD-box helicase CsdA
    DOI 10.4161/rna.23475
    Typ Journal Article
    Autor Stampfl S
    Journal RNA Biology
    Seiten 149-156
    Link Publikation
  • 2013
    Titel A high-throughput screen to identify enhancers of ADAR-mediated RNA-editing
    DOI 10.4161/rna.23208
    Typ Journal Article
    Autor Garncarz W
    Journal RNA Biology
    Seiten 192-204
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Bacterial helicases in post-transcriptional control
    DOI 10.1016/j.bbagrm.2012.12.005
    Typ Journal Article
    Autor Kaberdin V
    Journal Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms
    Seiten 878-883
  • 2012
    Titel TreeSnatcher plus: capturing phylogenetic trees from images
    DOI 10.1186/1471-2105-13-110
    Typ Journal Article
    Autor Laubach T
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 110
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Asymmetric Segregation of the Double-Stranded RNA Binding Protein Staufen2 during Mammalian Neural Stem Cell Divisions Promotes Lineage Progression
    DOI 10.1016/j.stem.2012.06.006
    Typ Journal Article
    Autor Kusek G
    Journal Cell Stem Cell
    Seiten 505-516
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Long-term, efficient inhibition of microRNA function in mice using rAAV vectors
    DOI 10.1038/nmeth.1903
    Typ Journal Article
    Autor Xie J
    Journal Nature Methods
    Seiten 403-409
    Link Publikation
  • 2012
    Titel A numbers game underpins cytoplasmic mRNA transport
    DOI 10.1038/ncb2475
    Typ Journal Article
    Autor Doyle M
    Journal Nature Cell Biology
    Seiten 333-335
  • 2012
    Titel The Cochaperone Shutdown Defines a Group of Biogenesis Factors Essential for All piRNA Populations in Drosophila
    DOI 10.1016/j.molcel.2012.07.021
    Typ Journal Article
    Autor Olivieri D
    Journal Molecular Cell
    Seiten 954-969
    Link Publikation
  • 2012
    Titel A Downstream CpG Island Controls Transcript Initiation and Elongation and the Methylation State of the Imprinted Airn Macro ncRNA Promoter
    DOI 10.1371/journal.pgen.1002540
    Typ Journal Article
    Autor Koerner M
    Journal PLoS Genetics
    Link Publikation
  • 2012
    Titel RNA-interacting proteins act as site-specific repressors of ADAR2-mediated RNA editing and fluctuate upon neuronal stimulation
    DOI 10.1093/nar/gks1353
    Typ Journal Article
    Autor Tariq A
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 2581-2593
    Link Publikation
  • 2012
    Titel NGC: lossless and lossy compression of aligned high-throughput sequencing data
    DOI 10.1093/nar/gks939
    Typ Journal Article
    Autor Popitsch N
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Transcriptional Silencing of Transposons by Piwi and Maelstrom and Its Impact on Chromatin State and Gene Expression
    DOI 10.1016/j.cell.2012.10.040
    Typ Journal Article
    Autor Sienski G
    Journal Cell
    Seiten 964-980
    Link Publikation
  • 2012
    Titel LocARNA-P: Accurate boundary prediction and improved detection of structural RNAs
    DOI 10.1261/rna.029041.111
    Typ Journal Article
    Autor Will S
    Journal RNA
    Seiten 900-914
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Study of E. coli Hfq’s RNA annealing acceleration and duplex destabilization activities using substrates with different GC-contents
    DOI 10.1093/nar/gks942
    Typ Journal Article
    Autor Doetsch M
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 487-497
    Link Publikation
  • 2012
    Titel RNA folding with soft constraints: reconciliation of probing data and thermodynamic secondary structure prediction
    DOI 10.1093/nar/gks009
    Typ Journal Article
    Autor Washietl S
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 4261-4272
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Transcriptome survey reveals increased complexity of the alternative splicing landscape in Arabidopsis
    DOI 10.1101/gr.134106.111
    Typ Journal Article
    Autor Marquez Y
    Journal Genome Research
    Seiten 1184-1195
    Link Publikation
  • 2012
    Titel RNA Folding Algorithms with G-Quadruplexes
    DOI 10.1007/978-3-642-31927-3_5
    Typ Book Chapter
    Autor Lorenz R
    Verlag Springer Nature
    Seiten 49-60
  • 2012
    Titel Deciphering the transcriptional cis-regulatory code
    DOI 10.1016/j.tig.2012.09.007
    Typ Journal Article
    Autor Yáñez-Cuna J
    Journal Trends in Genetics
    Seiten 11-22
  • 2012
    Titel Diversity and roles of (t)RNA ligases
    DOI 10.1007/s00018-012-0944-2
    Typ Journal Article
    Autor Popow J
    Journal Cellular and Molecular Life Sciences
    Seiten 2657-2670
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Folding RNA/DNA hybrid duplexes
    DOI 10.1093/bioinformatics/bts466
    Typ Journal Article
    Autor Lorenz R
    Journal Bioinformatics
    Seiten 2530-2531
  • 2012
    Titel Identification of an ancient haemophilia A splice site mutation
    DOI 10.1016/j.thromres.2012.02.008
    Typ Journal Article
    Autor Reitter-Pfoertner S
    Journal Thrombosis Research
    Seiten 445-450
  • 2012
    Titel HOT regions function as patterned developmental enhancers and have a distinct cis-regulatory signature
    DOI 10.1101/gad.188052.112
    Typ Journal Article
    Autor Kvon E
    Journal Genes & Development
    Seiten 908-913
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Uncovering cis-regulatory sequence requirements for context-specific transcription factor binding
    DOI 10.1101/gr.132811.111
    Typ Journal Article
    Autor Yáñez-Cuna J
    Journal Genome Research
    Seiten 2018-2030
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Modelling Translation Initiation under the Influence of sRNA
    DOI 10.3390/ijms131216223
    Typ Journal Article
    Autor Amman F
    Journal International Journal of Molecular Sciences
    Seiten 16223-16240
    Link Publikation
  • 2012
    Titel MASon: MILLION ALIGNMENTS IN SECONDS - A Platform Independent Pairwise Sequence Alignment Library for Next Generation Sequencing Data
    DOI 10.5220/0003775701950201
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Seiten 195-201
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Adenosine deaminases that act on RNA induce reproducible changes in abundance and sequence of embryonic miRNAs
    DOI 10.1101/gr.133025.111
    Typ Journal Article
    Autor Vesely C
    Journal Genome Research
    Seiten 1468-1476
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Selective translation during stress in Escherichia coli
    DOI 10.1016/j.tibs.2012.07.007
    Typ Journal Article
    Autor Moll I
    Journal Trends in Biochemical Sciences
    Seiten 493-498
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Transcriptional regulation of nitrate assimilation in Pseudomonas aeruginosa occurs via transcriptional antitermination within the nirBD–PA1779–cobA operon
    DOI 10.1099/mic.0.053850-0
    Typ Journal Article
    Autor Romeo A
    Journal Microbiology
    Seiten 1543-1552
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Direct Interaction of the N-Terminal Domain of Ribosomal Protein S1 with Protein S2 in Escherichia coli
    DOI 10.1371/journal.pone.0032702
    Typ Journal Article
    Autor Byrgazov K
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2012
    Titel On the group theoretical background of assigning stepwise mutations onto phylogenies
    DOI 10.1186/1748-7188-7-36
    Typ Journal Article
    Autor Fischer M
    Journal Algorithms for Molecular Biology
    Seiten 36
    Link Publikation
  • 2011
    Titel The performance of phylogenetic algorithms in estimating haplotype genealogies with migration
    DOI 10.1111/j.1365-294x.2011.05066.x
    Typ Journal Article
    Autor Salzburger W
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 1952-1963
  • 2011
    Titel Mechanisms of dendritic mRNA transport and its role in synaptic tagging
    DOI 10.1038/emboj.2011.278
    Typ Journal Article
    Autor Doyle M
    Journal The EMBO Journal
    Seiten 3540-3552
    Link Publikation
  • 2011
    Titel CRISPR RNA maturation by trans-encoded small RNA and host factor RNase III
    DOI 10.1038/nature09886
    Typ Journal Article
    Autor Deltcheva E
    Journal Nature
    Seiten 602-607
    Link Publikation
  • 2011
    Titel RNA Accessibility in cubic time
    DOI 10.1186/1748-7188-6-3
    Typ Journal Article
    Autor Bernhart S
    Journal Algorithms for Molecular Biology
    Seiten 3
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Independent localization of MAP2, CaMKIIa and ß-actin RNAs in low copy numbers
    DOI 10.1038/embor.2011.149
    Typ Journal Article
    Autor Mikl M
    Journal The EMBO Reports
    Seiten 1077-1084
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Mutations in Caenorhabditis elegans him-19 Show Meiotic Defects That Worsen with Age
    DOI 10.1091/mbc.e09-09-0811
    Typ Journal Article
    Autor Tang L
    Journal Molecular Biology of the Cell
    Seiten 885-896
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Genomic SELEX for Hfq-binding RNAs identifies genomic aptamers predominantly in antisense transcripts
    DOI 10.1093/nar/gkq032
    Typ Journal Article
    Autor Lorenz C
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 3794-3808
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Mechanisms of StpA-mediated RNA remodeling
    DOI 10.4161/rna.7.6.13882
    Typ Journal Article
    Autor Doetsch M
    Journal RNA Biology
    Seiten 735-743
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Requirement of the CsdA DEAD-box helicase for low temperature riboregulation of rpoS mRNA
    DOI 10.4161/rna.7.6.13768
    Typ Journal Article
    Autor Resch A
    Journal RNA Biology
    Seiten 796-802
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Editorial on alternative splicing and disease
    DOI 10.4161/rna.7.4.12818
    Typ Journal Article
    Autor Barta A
    Journal RNA Biology
    Seiten 388-389
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Reaching complexity through RNA-editing
    DOI 10.4161/rna.7.2.11620
    Typ Journal Article
    Autor Jantsch M
    Journal RNA Biology
    Seiten 191-191
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Proteome diversification by adenosine to inosine RNA-editing
    DOI 10.4161/rna.7.2.11286
    Typ Journal Article
    Autor Pullirsch D
    Journal RNA Biology
    Seiten 205-212
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Cooperation of Multiple Chromatin Modifications Can Generate Unanticipated Stability of Epigenetic States in Arabidopsis
    DOI 10.1105/tpc.109.072819
    Typ Journal Article
    Autor Baubec T
    Journal The Plant Cell
    Seiten 34-47
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Nematode sbRNAs: Homologs of Vertebrate Y RNAs
    DOI 10.1007/s00239-010-9332-4
    Typ Journal Article
    Autor Boria I
    Journal Journal of Molecular Evolution
    Seiten 346-358
  • 2010
    Titel RNPomics: Defining the ncRNA transcriptome by cDNA library generation from ribonucleo-protein particles
    DOI 10.1093/nar/gkq057
    Typ Journal Article
    Autor Rederstorff M
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2010
    Titel SDA*: A Simple and Unifying Solution to Recent Bioinformatic Challenges for Conservation Genetics
    DOI 10.1109/kse.2010.24
    Typ Conference Proceeding Abstract
    Autor Minh B
    Seiten 33-37
  • 2010
    Titel The Tetrahymena Argonaute-Binding Protein Giw1p Directs a Mature Argonaute-siRNA Complex to the Nucleus
    DOI 10.1016/j.cell.2010.02.010
    Typ Journal Article
    Autor Noto T
    Journal Cell
    Seiten 692-703
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Evolution of metabolic networks: a computational frame-work
    DOI 10.1186/1759-2208-1-4
    Typ Journal Article
    Autor Flamm C
    Journal Journal of Systems Chemistry
    Seiten 4
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Diverse Endonucleolytic Cleavage Sites in the Mammalian Transcriptome Depend upon MicroRNAs, Drosha, and Additional Nucleases
    DOI 10.1016/j.molcel.2010.06.001
    Typ Journal Article
    Autor Karginov F
    Journal Molecular Cell
    Seiten 781-788
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Bcheck: a wrapper tool for detecting RNase P RNA genes
    DOI 10.1186/1471-2164-11-432
    Typ Journal Article
    Autor Yusuf D
    Journal BMC Genomics
    Seiten 432
    Link Publikation
  • 2010
    Titel AREsite: a database for the comprehensive investigation of AU-rich elements
    DOI 10.1093/nar/gkq990
    Typ Journal Article
    Autor Gruber A
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2010
    Titel MicroRNAs prevent precocious gene expression and enable pattern formation during plant embryogenesis
    DOI 10.1101/gad.1986710
    Typ Journal Article
    Autor Nodine M
    Journal Genes & Development
    Seiten 2678-2692
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Gene Regulation by Nucleoporins and Links to Cancer
    DOI 10.1016/j.molcel.2010.01.040
    Typ Journal Article
    Autor Köhler A
    Journal Molecular Cell
    Seiten 6-15
    Link Publikation
  • 2010
    Titel The Tasmanian Devil Transcriptome Reveals Schwann Cell Origins of a Clonally Transmissible Cancer
    DOI 10.1126/science.1180616
    Typ Journal Article
    Autor Murchison E
    Journal Science
    Seiten 84-87
    Link Publikation
  • 2010
    Titel BarMap: RNA folding on dynamic energy landscapes
    DOI 10.1261/rna.2093310
    Typ Journal Article
    Autor Hofacker I
    Journal RNA
    Seiten 1308-1316
    Link Publikation
  • 2010
    Titel A Domesticated piggyBac Transposase Plays Key Roles in Heterochromatin Dynamics and DNA Cleavage during Programmed DNA Deletion in Tetrahymena thermophila
    DOI 10.1091/mbc.e09-12-1079
    Typ Journal Article
    Autor Cheng C
    Journal Molecular Biology of the Cell
    Seiten 1753-1762
    Link Publikation
  • 2010
    Titel Designing Optimal siRNA Based on Target Site Accessibility
    DOI 10.1007/978-1-60761-588-0_9
    Typ Book Chapter
    Autor Hofacker I
    Verlag Springer Nature
    Seiten 137-154
  • 2010
    Titel Nol9 is a novel polynucleotide 5'-kinase involved in ribosomal RNA processing
    DOI 10.1038/emboj.2010.275
    Typ Journal Article
    Autor Heindl K
    Journal The EMBO Journal
    Seiten 4161-4171
    Link Publikation
  • 2009
    Titel De novo prediction of structured RNAs from genomic sequences
    DOI 10.1016/j.tibtech.2009.09.006
    Typ Journal Article
    Autor Gorodkin J
    Journal Trends in Biotechnology
    Seiten 9-19
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Translation initiation complex formation in the crenarchaeon Sulfolobus solfataricus
    DOI 10.1261/rna.1662609
    Typ Journal Article
    Autor Hasenöhrl D
    Journal RNA
    Seiten 2288-2298
    Link Publikation
  • 2009
    Titel The TLR-independent DNA recognition pathway in murine macrophages: Ligand features and molecular signature
    DOI 10.1002/eji.200939344
    Typ Journal Article
    Autor Karayel E
    Journal European Journal of Immunology
    Seiten 1929-1936
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Specialized piRNA Pathways Act in Germline and Somatic Tissues of the Drosophila Ovary
    DOI 10.1016/j.cell.2009.03.040
    Typ Journal Article
    Autor Malone C
    Journal Cell
    Seiten 522-535
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Translational activation of rpoS mRNA by the non-coding RNA DsrA and Hfq does not require ribosome binding
    DOI 10.1093/nar/gkp1125
    Typ Journal Article
    Autor Vecerek B
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 1284-1293
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Learning the transcriptional regulatory code
    DOI 10.1038/msb.2009.88
    Typ Journal Article
    Autor Stark A
    Journal Molecular Systems Biology
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Loss of the Mili-interacting Tudor domain–containing protein-1 activates transposons and alters the Mili-associated small RNA profile
    DOI 10.1038/nsmb.1615
    Typ Journal Article
    Autor Reuter M
    Journal Nature Structural & Molecular Biology
    Seiten 639-646
  • 2009
    Titel RNAsnoop: efficient target prediction for H/ACA snoRNAs
    DOI 10.1093/bioinformatics/btp680
    Typ Journal Article
    Autor Tafer H
    Journal Bioinformatics
    Seiten 610-616
    Link Publikation
  • 2009
    Titel The TDRD9-MIWI2 Complex Is Essential for piRNA-Mediated Retrotransposon Silencing in the Mouse Male Germline
    DOI 10.1016/j.devcel.2009.10.012
    Typ Journal Article
    Autor Shoji M
    Journal Developmental Cell
    Seiten 775-787
    Link Publikation
  • 2009
    Titel miR-29a suppresses tristetraprolin, which is a regulator of epithelial polarity and metastasis
    DOI 10.1038/embor.2009.9
    Typ Journal Article
    Autor Gebeshuber C
    Journal The EMBO Reports
    Seiten 400-405
    Link Publikation
  • 2009
    Titel HaMStR: Profile hidden markov model based search for orthologs in ESTs
    DOI 10.1186/1471-2148-9-157
    Typ Journal Article
    Autor Ebersberger I
    Journal BMC Evolutionary Biology
    Seiten 157
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Ars2 and the Cap-Binding Complex Team up for Silencing
    DOI 10.1016/j.cell.2009.07.009
    Typ Journal Article
    Autor Nielsen A
    Journal Cell
    Seiten 224-226
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Nucleic Acid Sequence and Structure Databases
    DOI 10.1007/978-1-60327-241-4_1
    Typ Book Chapter
    Autor Washietl S
    Verlag Springer Nature
    Seiten 3-15
  • 2009
    Titel RNA-Regulated Interaction of Transportin-1 and Exportin-5 with the Double-Stranded RNA-Binding Domain Regulates Nucleocytoplasmic Shuttling of ADAR1
    DOI 10.1128/mcb.01519-08
    Typ Journal Article
    Autor Fritz J
    Journal Molecular and Cellular Biology
    Seiten 1487-1497
    Link Publikation
  • 2009
    Titel Mutational Uncoupling of the Role of Sus1 in Nuclear Pore Complex Targeting of an mRNA Export Complex and Histone H2B Deubiquitination
    DOI 10.1074/jbc.m900502200
    Typ Journal Article
    Autor Klöckner C
    Journal Journal of Biological Chemistry
    Seiten 12049-12056
    Link Publikation
  • 2009
    Titel The impact of non-coding RNAs
    DOI 10.1038/embor.2009.100
    Typ Journal Article
    Autor Boots J
    Journal The EMBO Reports
    Seiten 563-567
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Folding Kinetics of Large RNAs
    DOI 10.1016/j.jmb.2008.02.064
    Typ Journal Article
    Autor Geis M
    Journal Journal of Molecular Biology
    Seiten 160-173
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Strategies for measuring evolutionary conservation of RNA secondary structures
    DOI 10.1186/1471-2105-9-122
    Typ Journal Article
    Autor Gruber A
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 122
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Invertebrate 7SK snRNAs
    DOI 10.1007/s00239-007-9052-6
    Typ Journal Article
    Autor Gruber A
    Journal Journal of Molecular Evolution
    Seiten 107-115
    Link Publikation
  • 2008
    Titel El Sur también existe: processing RNA in the Argentine Patagonia
    DOI 10.1038/embor.2008.97
    Typ Journal Article
    Autor Martinez J
    Journal The EMBO Reports
    Seiten 516-520
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Isolation of small RNA-binding proteins from E. coli: Evidence for frequent interaction of RNAs with RNA polymerase
    DOI 10.4161/rna.5.1.5694
    Typ Journal Article
    Autor Windbichler N
    Journal RNA Biology
    Seiten 30-40
    Link Publikation
  • 2008
    Titel The impact of single substitutions on multiple sequence alignments
    DOI 10.1098/rstb.2008.0140
    Typ Journal Article
    Autor Klaere S
    Journal Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences
    Seiten 4041-4047
    Link Publikation
  • 2008
    Titel A loss of function allele for murine Staufen1 leads to impairment of dendritic Staufen1-RNP delivery and dendritic spine morphogenesis
    DOI 10.1073/pnas.0804583105
    Typ Journal Article
    Autor Vessey J
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 16374-16379
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Model-based probe set optimization for high-performance microarrays
    DOI 10.1093/nar/gkn1001
    Typ Journal Article
    Autor Leparc G
    Journal Nucleic Acids Research
    Link Publikation
  • 2008
    Titel An Exact Algorithm for the Geodesic Distance between Phylogenetic Trees
    DOI 10.1089/cmb.2008.0068
    Typ Journal Article
    Autor Kupczok A
    Journal Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
    Seiten 577-591
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Rooted triple consensus and anomalous gene trees
    DOI 10.1186/1471-2148-8-118
    Typ Journal Article
    Autor Ewing G
    Journal BMC Evolutionary Biology
    Seiten 118
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Role of Cajal Bodies and Nucleolus in the Maturation of the U1 snRNP in Arabidopsis
    DOI 10.1371/journal.pone.0003989
    Typ Journal Article
    Autor Lorkovic Z
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2008
    Titel RNAalifold: improved consensus structure prediction for RNA alignments
    DOI 10.1186/1471-2105-9-474
    Typ Journal Article
    Autor Bernhart S
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 474
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Translation initiation factor a/eIF2(-?) counteracts 5' to 3' mRNA decay in the archaeon Sulfolobus solfataricus
    DOI 10.1073/pnas.0708894105
    Typ Journal Article
    Autor Hasenöhrl D
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 2146-2150
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Translational Control by RNA-RNA Interaction: Improved Computation of RNA-RNA Binding Thermodynamics
    DOI 10.1007/978-3-540-70600-7_9
    Typ Book Chapter
    Autor Mückstein U
    Verlag Springer Nature
    Seiten 114-127
  • 2008
    Titel Janus chaperones: Assistance of both RNA- and protein-folding by ribosomal proteins
    DOI 10.1016/j.febslet.2008.11.049
    Typ Journal Article
    Autor Kovacs D
    Journal FEBS Letters
    Seiten 88-92
    Link Publikation
  • 2008
    Titel Pegylated granulocyte colony-stimulating factor mobilizes CD34+ cells with different stem and progenitor subsets and distinct functional properties in comparison with unconjugated granulocyte colony-stimulating factor
    DOI 10.3324/haematol.12081
    Typ Journal Article
    Autor Bruns I
    Journal Haematologica
    Seiten 347-355
    Link Publikation
  • 2007
    Titel Variations on RNA folding and alignment: lessons from Benasque
    DOI 10.1007/s00285-007-0107-5
    Typ Journal Article
    Autor Bompfünewerer A
    Journal Journal of Mathematical Biology
    Seiten 129-144
  • 2007
    Titel Monitoring changes in alternative precursor messenger RNA splicing in multiple gene transcripts
    DOI 10.1111/j.1365-313x.2007.03392.x
    Typ Journal Article
    Autor Simpson C
    Journal The Plant Journal
    Seiten 1035-1048
  • 2007
    Titel Screening for engineered neomycin riboswitches that control translation initiation
    DOI 10.1261/rna.772408
    Typ Journal Article
    Autor Weigand J
    Journal RNA
    Seiten 89-97
    Link Publikation
  • 2007
    Titel SnoReport: computational identification of snoRNAs with unknown targets
    DOI 10.1093/bioinformatics/btm464
    Typ Journal Article
    Autor Hertel J
    Journal Bioinformatics
    Seiten 158-164
    Link Publikation
  • 2007
    Titel Two receptor-like kinases required together for the establishment of Arabidopsis cotyledon primordia
    DOI 10.1016/j.ydbio.2007.11.021
    Typ Journal Article
    Autor Nodine M
    Journal Developmental Biology
    Seiten 161-170
    Link Publikation
  • 2007
    Titel Computational Molecular Evolution—Ziheng Yang. 2006. Oxford University Press, Oxford. 376 pp. ISBN 978-0-19-856699-1 (ISBN-10 0-19-856699-9) £60 $115 (hardback). ISBN 978-0-19-856702-8 (ISBN-10 0-19-856702-2) £27.50 $52.50 (paperback).
    DOI 10.1080/10635150701752532
    Typ Journal Article
    Autor Vinh L
    Journal Systematic Biology
    Seiten 1024-1026
    Link Publikation
  • 2007
    Titel The C-terminal domain of Escherichia coli Hfq is required for regulation
    DOI 10.1093/nar/gkm985
    Typ Journal Article
    Autor Vecerek B
    Journal Nucleic Acids Research
    Seiten 133-143
    Link Publikation

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