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Architektur von Meeresschnee-assoziierten Mikroben

Architecture of marine snow microbial communities

Gerhard J. Herndl (ORCID: 0000-0002-2223-2852)
  • Grant-DOI 10.55776/P28781
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 15.01.2016
  • Projektende 14.09.2019
  • Bewilligungssumme 441.052 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (75%); Geowissenschaften (25%)

Keywords

    Marine Snow, Adriatic Sea, Microbial Oceanography, Marine Biogeochemistry, Marine Microbial Ecology

Abstract Endbericht

In der Wassersäule der Ozeane finden sich unbelebte polymere Strukturen deren Erscheinungsbild Ähnlichkeiten mit Schneeflocken haben, daher ihr Name Meeresschnee. Im Meeresschnee finden wir eine hohe Bakteriendichte und hohe bakterielle Stoffwechselaktivitäten, bis zu 1000x höher als im Umgebungswasser. Meeresschnee ist besonders in der Adria in den Sommermonaten sehr häufig anzutreffen. Bei besonders stabilem und ruhigem Hochdruckwetter kann dieser Meeresschnee auch an die Oberfläche aufsteigen und den Badegenuss stark einschränken. Obwohl das Phänomen der Bildung von Meeresschnee in der Adria gut untersucht ist, blieb die Interaktion zwischen den einzelnen Bakterienzellen im Meeresschnee unerforscht. Die Kenntnis dieser Interaktionen ist aber wichtig für die Abbauprozesse. Daher wird das vorliegende Projekt dies untersuchen mit Hilfe einer Kombination aus molekularbiologischen Untersuchungen und Stoffwechselaktivitätsmessungen. Durch genaue Kenntnis dieser Interaktionen zwischen einzelnen Bakterienzellen sollten wir Aufschluss erlangen, wie stark ausgeprägt die Stoffwechselabhänigkeiten einzelner Zellen voneinander sind.

Im Projekt ARTEMIS wurde die mikrobielle Besiedlung von Detritus-Partikel in der Adria untersucht. Dabei handelte es sich um natürlichen Meeresschnee, der vorwiegend von absterbenden pflanzlichen Planktonblüten gebildet wird und von Plastikpartikel, die häufig vorhanden sind. Die Zusammensetzung der Mikroorganismen-Gemeinschaft im Meeresschnee unterscheidet sich stark von jener auf Plastik-Partikel. Auf Plastik-Partikel finden sich häufig Mikroben, die auch Erdöl abbauen können.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien - 100%

Research Output

  • 2189 Zitationen
  • 66 Publikationen
  • 6 Datasets & Models
Publikationen
  • 2023
    Titel Seasonal patterns in microbial carbon and iron transporter expression in the Southern Ocean
    DOI 10.1186/s40168-023-01600-3
    Typ Journal Article
    Autor Debeljak P
    Journal Microbiome
    Seiten 187
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Microbial Consortiums of Putative Degraders of Low-Density Polyethylene-Associated Compounds in the Ocean
    DOI 10.1128/msystems.01415-21
    Typ Journal Article
    Autor Pinto M
    Journal mSystems
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Phylogenetically and functionally diverse microorganisms reside under the Ross Ice Shelf
    DOI 10.3929/ethz-b-000527662
    Typ Other
    Autor Greening
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Phylogeny and Metabolic Potential of the Candidate Phylum SAR324
    DOI 10.3929/ethz-b-000546712
    Typ Other
    Autor Malfertheiner
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Phylogeny and Metabolic Potential of the Candidate Phylum SAR324
    DOI 10.3390/biology11040599
    Typ Journal Article
    Autor Malfertheiner L
    Journal Biology
    Seiten 599
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Impact of hydrostatic pressure on organic carbon cycling of the deep-sea microbiome
    DOI 10.1101/2022.03.31.486587
    Typ Preprint
    Autor Amano C
    Seiten 2022.03.31.486587
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Additional file 1 of Global contribution of pelagic fungi to protein degradation in the ocean
    DOI 10.6084/m9.figshare.20786846.v1
    Typ Other
    Autor Breyer E
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Additional file 1 of Global contribution of pelagic fungi to protein degradation in the ocean
    DOI 10.6084/m9.figshare.20786846
    Typ Other
    Autor Breyer E
    Link Publikation
  • 2023
    Titel Metaproteomic analysis decodes the trophic basis of microbes in the dark ocean
    DOI 10.21203/rs.3.rs-2727130/v1
    Typ Preprint
    Autor Zhao Z
    Link Publikation
  • 2023
    Titel A ubiquitous gammaproteobacterial clade dominates expression of sulfur oxidation genes across the mesopelagic ocean
    DOI 10.1038/s41564-023-01374-2
    Typ Journal Article
    Autor Baltar F
    Journal Nature Microbiology
    Seiten 1137-1148
  • 2023
    Titel Release of cell-free enzymes by marine pelagic fungal strains
    DOI 10.3389/ffunb.2023.1209265
    Typ Journal Article
    Autor Salazar-Alekseyeva K
    Journal Frontiers in Fungal Biology
    Seiten 1209265
    Link Publikation
  • 2021
    Titel The importance of jellyfish–microbe interactions for biogeochemical cycles in the ocean
    DOI 10.1002/lno.11741
    Typ Journal Article
    Autor Tinta T
    Journal Limnology and Oceanography
    Seiten 2011-2032
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Homeostasis drives intense microbial trace metal processing on marine particles
    DOI 10.1002/lno.11923
    Typ Journal Article
    Autor Debeljak P
    Journal Limnology and Oceanography
    Seiten 3842-3855
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Metaproteomic analysis decodes trophic interactions of microorganisms in the dark ocean
    DOI 10.1038/s41467-024-50867-z
    Typ Journal Article
    Autor Zhao Z
    Journal Nature Communications
    Seiten 6411
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Decoupling between the genetic potential and the metabolic regulation and expression in microbial organic matter cleavage across microbiomes
    DOI 10.1128/spectrum.03036-23
    Typ Journal Article
    Autor Zhao Z
    Journal Microbiology Spectrum
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Influence of Salinity on the Extracellular Enzymatic Activities of Marine Pelagic Fungi
    DOI 10.3390/jof10020152
    Typ Journal Article
    Autor Salazar-Alekseyeva K
    Journal Journal of Fungi
    Seiten 152
    Link Publikation
  • 2024
    Titel Diel variation of seawater volatile organic compounds, DMSP-related compounds, and microbial plankton inside and outside a tropical coral reef ecosystem
    DOI 10.3389/fmars.2024.1341619
    Typ Journal Article
    Autor Masdeu-Navarro M
    Journal Frontiers in Marine Science
    Seiten 1341619
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Seasonality combined with the orientation of surfaces influences the microbial community structure of biofilms in the deep Mediterranean Sea
    DOI 10.1016/j.dsr2.2019.104703
    Typ Journal Article
    Autor Bellou N
    Journal Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography
    Seiten 104703
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Prokaryotic communities and plastic pollution in the ocean
    DOI 10.25365/thesis.64850
    Typ Other
    Autor Gomes Ribeiro Teixeira Pinto M
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Global contribution of pelagic fungi to protein degradation in the ocean
    DOI 10.1186/s40168-022-01329-5
    Typ Journal Article
    Autor Breyer E
    Journal Microbiome
    Seiten 143
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Compositional stability of sediment microbial communities during a seagrass meadow decline
    DOI 10.3389/fmars.2022.966070
    Typ Journal Article
    Autor Markovski M
    Journal Frontiers in Marine Science
    Seiten 966070
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Microbial iron and carbon metabolism as revealed by taxonomy-specific functional diversity in the Southern Ocean
    DOI 10.1038/s41396-021-00973-3
    Typ Journal Article
    Autor Sun Y
    Journal The ISME Journal
    Seiten 2933-2946
    Link Publikation
  • 2021
    Titel What Is Refractory Organic Matter in the Ocean?
    DOI 10.3389/fmars.2021.642637
    Typ Journal Article
    Autor Baltar F
    Journal Frontiers in Marine Science
    Seiten 642637
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Enzyme promiscuity in natural environments: alkaline phosphatase in the ocean
    DOI 10.1038/s41396-021-01013-w
    Typ Journal Article
    Autor Srivastava A
    Journal The ISME Journal
    Seiten 3375-3383
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Potential and expression of carbohydrate utilization by marine fungi in the global ocean
    DOI 10.1186/s40168-021-01063-4
    Typ Journal Article
    Autor Baltar F
    Journal Microbiome
    Seiten 106
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Selective DNA and Protein Isolation From Marine Macrophyte Surfaces
    DOI 10.3389/fmicb.2021.665999
    Typ Journal Article
    Autor Korlevic M
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 665999
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Reviews and syntheses: Heterotrophic fixation of inorganic carbon – significant but invisible flux in environmental carbon cycling
    DOI 10.5194/bg-18-3689-2021
    Typ Journal Article
    Autor Braun A
    Journal Biogeosciences
    Seiten 3689-3700
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Phylogenetically and functionally diverse microorganisms reside under the Ross Ice Shelf
    DOI 10.1038/s41467-021-27769-5
    Typ Journal Article
    Autor Martínez-Pérez C
    Journal Nature Communications
    Seiten 117
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Decoupling of respiration rates and abundance in marine prokaryoplankton
    DOI 10.1038/s41586-022-05505-3
    Typ Journal Article
    Autor Munson-Mcgee J
    Journal Nature
    Seiten 764-770
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Microbial Inhabitants of the Dark Ocean
    DOI 10.1007/978-3-030-90383-1_10
    Typ Book Chapter
    Autor Baltar F
    Verlag Springer Nature
    Seiten 425-459
  • 2022
    Titel Temporal variation in the prokaryotic community of a nearshore marine environment
    DOI 10.1038/s41598-022-20954-6
    Typ Journal Article
    Autor Korlevic M
    Journal Scientific Reports
    Seiten 16859
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Limited carbon cycling due to high-pressure effects on the deep-sea microbiome
    DOI 10.1038/s41561-022-01081-3
    Typ Journal Article
    Autor Amano C
    Journal Nature Geoscience
    Seiten 1041-1047
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Mesozooplankton taurine production and prokaryotic uptake in the northern Adriatic Sea
    DOI 10.1002/lno.11544
    Typ Journal Article
    Autor Clifford E
    Journal Limnology and Oceanography
    Seiten 2730-2747
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Nitrifier adaptation to low energy flux controls inventory of reduced nitrogen in the dark ocean
    DOI 10.1073/pnas.1912367117
    Typ Journal Article
    Autor Zhang Y
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 4823-4830
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Putative degraders of low-density polyethylene-derived compounds are ubiquitous members of plastic-associated bacterial communities in the marine environment
    DOI 10.1111/1462-2920.15232
    Typ Journal Article
    Autor Pinto M
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 4779-4793
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Resolving the paradox: Continuous cell-free alkaline phosphatase activity despite high phosphate concentrations
    DOI 10.1016/j.marchem.2019.103671
    Typ Journal Article
    Autor Thomson B
    Journal Marine Chemistry
    Seiten 103671
  • 2021
    Titel Microbial consortiums of putative degraders of low-density polyethylene-associated compounds in the ocean
    DOI 10.1101/2021.11.23.469798
    Typ Preprint
    Autor Pinto M
    Seiten 2021.11.23.469798
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Microbes mediating the sulfur cycle in the Atlantic Ocean and their link to chemolithoautotrophy
    DOI 10.1111/1462-2920.15759
    Typ Journal Article
    Autor De Corte D
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 7152-7167
    Link Publikation
  • 2021
    Titel Seasonal Dynamics of Epiphytic Microbial Communities on Marine Macrophyte Surfaces
    DOI 10.3389/fmicb.2021.671342
    Typ Journal Article
    Autor Korlevic M
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 671342
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Prokaryotic Life in the Deep Ocean's Water Column
    DOI 10.1146/annurev-marine-032122-115655
    Typ Journal Article
    Autor Herndl G
    Journal Annual Review of Marine Science
    Seiten 461-483
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Novel bacterial group potentially dominates sulfur cycling in the dark ocean
    DOI 10.21203/rs.3.rs-1561045/v1
    Typ Preprint
    Autor Baltar F
    Link Publikation
  • 2022
    Titel Extracellular Enzymatic Activities of Oceanic Pelagic Fungal Strains and the Influence of Temperature
    DOI 10.3390/jof8060571
    Typ Journal Article
    Autor Alekseyeva K
    Journal Journal of Fungi
    Seiten 571
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Microbial iron metabolism as revealed by gene expression profiles in contrasted Southern Ocean regimes
    DOI 10.1111/1462-2920.14621
    Typ Journal Article
    Autor Debeljak P
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 2360-2374
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Jellyfish-Associated Microbiome in the Marine Environment: Exploring Its Biotechnological Potential
    DOI 10.3390/md17020094
    Typ Journal Article
    Autor Tinta T
    Journal Marine Drugs
    Seiten 94
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Ammonia-oxidizing archaea release a suite of organic compounds potentially fueling prokaryotic heterotrophy in the ocean
    DOI 10.1101/558726
    Typ Preprint
    Autor Bayer B
    Seiten 558726
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Towards Integrating Evolution, Metabolism, and Climate Change Studies of Marine Ecosystems
    DOI 10.1016/j.tree.2019.07.003
    Typ Journal Article
    Autor Baltar F
    Journal Trends in Ecology & Evolution
    Seiten 1022-1033
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Ammonia-oxidizing archaea release a suite of organic compounds potentially fueling prokaryotic heterotrophy in the ocean
    DOI 10.1111/1462-2920.14755
    Typ Journal Article
    Autor Bayer B
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 4062-4075
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Ideas and perspectives: Is dark carbon fixation relevant for oceanic primary production estimates?
    DOI 10.5194/bg-16-3793-2019
    Typ Journal Article
    Autor Baltar F
    Journal Biogeosciences
    Seiten 3793-3799
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Niche Differentiation of Aerobic and Anaerobic Ammonia Oxidizers in a High Latitude Deep Oxygen Minimum Zone
    DOI 10.3389/fmicb.2019.02141
    Typ Journal Article
    Autor Muck S
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 2141
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Uneven host cell growth causes lysogenic virus induction in the Baltic Sea
    DOI 10.1371/journal.pone.0220716
    Typ Journal Article
    Autor Köstner N
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Is dark carbon fixation relevant for oceanic primary production estimates?
    DOI 10.5194/bg-2019-223
    Typ Preprint
    Autor Baltar F
    Seiten 1-12
    Link Publikation
  • 2019
    Titel The composition of bacterial communities associated with plastic biofilms differs between different polymers and stages of biofilm succession
    DOI 10.1371/journal.pone.0217165
    Typ Journal Article
    Autor Pinto M
    Journal PLOS ONE
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Proteomic Response of Three Marine Ammonia-Oxidizing Archaea to Hydrogen Peroxide and Their Metabolic Interactions with a Heterotrophic Alphaproteobacterium
    DOI 10.1128/msystems.00181-19
    Typ Journal Article
    Autor Bayer B
    Journal mSystems
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Seasonal dynamics of marine snow-associated and free-living demethylating bacterial communities in the coastal northern Adriatic Sea
    DOI 10.1111/1758-2229.12783
    Typ Journal Article
    Autor Steiner P
    Journal Environmental Microbiology Reports
    Seiten 699-707
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Highly variable mRNA half-life time within marine bacterial taxa and functional genes
    DOI 10.1111/1462-2920.14737
    Typ Journal Article
    Autor Steiner P
    Journal Environmental Microbiology
    Seiten 3873-3884
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Correlation between Cardiorespiratory Fitness and Platelet Function in Healthy Women
    DOI 10.1249/mss.0000000000000882
    Typ Journal Article
    Autor Heber S
    Journal Medicine & Science in Sports & Exercise
    Seiten 1101-1110
  • 2018
    Titel Differential Response of Cafeteria roenbergensis to Different Bacterial and Archaeal Prey Characteristics
    DOI 10.1007/s00248-018-1293-y
    Typ Journal Article
    Autor De Corte D
    Journal Microbial Ecology
    Seiten 1-5
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Host Differentiation and Compartmentalization of Microbial Communities in the Azooxanthellate Cupcorals Tubastrea coccinea and Rhizopsammia goesi in the Caribbean
    DOI 10.3389/fmars.2018.00391
    Typ Journal Article
    Autor Engelen A
    Journal Frontiers in Marine Science
    Seiten 391
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Effects of the Invasion of Caulerpa cylindracea in a Cymodocea nodosa Meadow in the Northern Adriatic Sea
    DOI 10.3389/fmars.2020.602055
    Typ Journal Article
    Autor Najdek M
    Journal Frontiers in Marine Science
    Seiten 602055
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Reviews and syntheses: Heterotrophic fixation of inorganic carbon – significant but invisible flux in global carbon cycling
    DOI 10.5194/bg-2020-465
    Typ Preprint
    Autor Braun A
    Seiten 1-18
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Functional Seasonality of Free-Living and Particle-Associated Prokaryotic Communities in the Coastal Adriatic Sea
    DOI 10.3389/fmicb.2020.584222
    Typ Journal Article
    Autor Steiner P
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 584222
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Microbial Processing of Jellyfish Detritus in the Ocean
    DOI 10.3389/fmicb.2020.590995
    Typ Journal Article
    Autor Tinta T
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 590995
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Hiding in Plain Sight: The Globally Distributed Bacterial Candidate Phylum PAUC34f
    DOI 10.3389/fmicb.2020.00376
    Typ Journal Article
    Autor Chen M
    Journal Frontiers in Microbiology
    Seiten 376
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Linking extracellular enzymes to phylogeny indicates a predominantly particle-associated lifestyle of deep-sea prokaryotes
    DOI 10.1126/sciadv.aaz4354
    Typ Journal Article
    Autor Zhao Z
    Journal Science Advances
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Dissolved organic carbon leaching from plastics stimulates microbial activity in the ocean
    DOI 10.1038/s41467-018-03798-5
    Typ Journal Article
    Autor Romera-Castillo C
    Journal Nature Communications
    Seiten 1430
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Extracting DNA from ocean microplastics: a method comparison study
    DOI 10.1039/c6ay03119f
    Typ Journal Article
    Autor Debeljak P
    Journal Analytical Methods
    Seiten 1521-1526
    Link Publikation
Datasets & Models
  • 2022 Link
    Titel Additional file 2 of Global contribution of pelagic fungi to protein degradation in the ocean
    DOI 10.6084/m9.figshare.20786849
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2022 Link
    Titel Additional file 3 of Global contribution of pelagic fungi to protein degradation in the ocean
    DOI 10.6084/m9.figshare.20786852
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 3 of Potential and expression of carbohydrate utilization by marine fungi in the global ocean
    DOI 10.6084/m9.figshare.14576637.v1
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 3 of Potential and expression of carbohydrate utilization by marine fungi in the global ocean
    DOI 10.6084/m9.figshare.14576637
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 2 of Potential and expression of carbohydrate utilization by marine fungi in the global ocean
    DOI 10.6084/m9.figshare.14576634.v1
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link
  • 2021 Link
    Titel Additional file 2 of Potential and expression of carbohydrate utilization by marine fungi in the global ocean
    DOI 10.6084/m9.figshare.14576634
    Typ Database/Collection of data
    Öffentlich zugänglich
    Link Link

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