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Multilokus Modelle für Selektion und genetische Drift in strukturierten Populationen

Multilocus models of selection and genetic drift in subdivided populations

Reinhard Bürger (ORCID: 0000-0003-2174-4968)
  • Grant-DOI 10.55776/P25188
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.12.2012
  • Projektende 31.08.2017
  • Bewilligungssumme 275.961 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Biologie (30%); Mathematik (70%)

Keywords

    Invasion Probabilities, Clines, Local Adaptation, Branching Processes, Difussion Processes, Partial Differential Equations

Abstract Endbericht

Viele Arten leben in räumlich strukturierten Verbreitungsgebieten und bilden daher örtliche Sub-Populationen, zwischen denen einzelne Individuen migrieren. Wenn sich die Umweltbedingungen entlang des Verbreitungsgebietes ändern, dann stehen solche Arten unter räumlich heterogener Selektion, welche typischerweise auf viele Gene wirkt. Einzelne Sub-Populationen können sich an die örtlichen Bedingungen anpassen, sofern dieser Prozess nicht durch Individuen beeinträchtigt wird, die von aussen einwandern und schlecht angepasste Gene mitbringen (Genfluss). Starker Genfluss oder kleine Populationsgrößen führen häufig zum Verlust von Variation und sogar zu weitgehender genetischer Homogenität. Da aber genetische Variation eine wichtige Rolle bei der adaptiven Evolution spielt, ist hohe genetische Diversität wesentlich für das Überleben von Arten unter sich ändernden Umweltbedingungen. Von besonderem Interesse ist ein quantitatives Verständnis davon, wie lokale Anpassung und genetische Divergenz zwischen Sub-Populationen von Art und Stärke der Migration, von Form und Intensität der Selektion, von genetischer Architektur der Merkmale unter Selektion, sowie von Populationsgröße und genetischer Drift abhängen. Im Hinblick auf genomische Daten und deren Auswertung ist es wichtig, die Konsequenzen von Selektion und Genfluss auf neutrale gelinkte Markergene zu quantifizieren. Mit Hilfe mathematischer Modelle soll studiert werden, wie sich die genetische Architektur auf die Erhaltung genetischer Variabilität, auf die Evolution von lokaler Anpassung, und auf den Fortschritt zunehmender genetischer Diversifizierung (wichtig für Speziation) auswirkt. Von besonderem Interesse sind dabei der Einfluss von Rekombination, die Größe und Verteilung der Geneffekte, und epistatische Wechselwirkungen zwischen den Genen. Von vergleichbarer Bedeutung, und eng damit verwandt, ist das Studium der genetischen Architektur, die durch diversifizierende Selektion evolviert. Daher soll die Evolution von Rekombinationsraten, von Chromosomeninversionen, und von genetischen Inkompatibilitäten zwischen Sub-Populationen durch mathematische Modelle analysiert werden. Das ist eine sehr anspruchsvolle Aufgabe, da dazu echte Multilokus- Modelle, und zwar sowohl deterministische als auch stochastische, behandelt werden müssen. Aus diesem Grund wird die mathematische Analyse durch umfangreiche Computersimulationen ergänzt werden. Eine Hauptstoßrichtung in diesem Forschungsvorhaben wird stochastischen Modellen gewidmet sein, welche die Evolution von Sub-Populationen mit endlicher Individuenzahl in diskreten Habitaten beschreiben. Für die oben angeführten Szenarien werden die Invasions- und Verweileigenschaften von lokal vorteilhaften Mutationen in einem genomischen Kontext untersucht, sowie die Signaturen, die Selektion und Genfluss an gelinkten neutralen Markergenen hinterlassen. Die Methoden werden der Theorie der Verzweigungsprozesse, der Markovketten, und der Diffusionsprozesse entnommen. Eine zweite Hauptstoßrichtung wird sich mit (unendlich großen) Populationen befassen, die eine stetige räumliche Verteilung aufweisen. Deren Evolution wird durch Systeme von semilinearen parabolischen Differentialgleichungen beschrieben. Ziel ist der Beweis von Existenz-, Konvergenz-, und Störungsresultaten über sogenannte Multilokus-Kline, also nicht-konstante stationäre Lösungen, die die räumliche Abhängigkeit der Genotyphäufigkeiten beschreiben. Insbesondere wird die Invasion von lokal vorteilhaften Allelen an gekoppelten Genorten und die Auswirkung von Rekombination auf die Existenz und die Form von Klinen studiert.

Wir entwarfen und analysierten mathematische Modelle, die unser Verständnis der Evolution von lokaler Anpassung und von genetischer Differenzierung in räumlich strukturierten biologischen Arten beträchtlich verbessern und erweitern. Die meisten Arten, Tiere wie Pflanzen, sind räumlich verteilt, wobei Individuen oder Samen zwischen lokalen Teilpopulationen migrieren. Da auch die Umweltbedingungen räumlich variieren, sind solche Arten räumlich heterogener Selektion ausgesetzt, die typischer Weise auf viele Gene wirkt. Lokale Anpassung an die jeweiligen Umweltbedingungen kann durch schädlichen Genfluss aus anderen Teilpopulationen, wenn sie sich genetisch stark unterscheiden, erschwert oder verhindert werden. Das ist insbesondere dann der Fall, wenn die Populationen klein sind oder die Migration stark. Diese Faktoren sowie ein Mangel an genetischer Diversität können die Arterhaltung bedrohen, insbesondere bei starken Umweltveränderungen. Andererseits kann gute lokale Anpassung auch zu starker genetischer Differenzierung führen und, letztendlich auch zur Bildung neuer Arten. Für ein genaues, daher quantitatives, Verständnis dieser Prozesse ist es erforderlich mathematische Modelle zu studieren, mit deren Hilfe das erwartete Ausmaß an Anpassung und Differenzierung in Abhängigkeit der genetischen Struktur, der Stärke und Art der Migration und Selektion, der Populationsgröße, und anderer Faktoren berechnet werden kann. Insbesondere braucht es auch Modelle, die die Häufigkeitsverteilungen von molekularen Markern entlang des Genoms liefern, die diese Mechanismen induzieren. Genau solche Modelle wurden ihm Rahmen dieses Projekts entwickelt und analysiert. Modelle dieser Art sind mathematisch sehr komplex und wurden, abhängig vom genauen Zweck, in Form von Systemen von Rekurrenzgleichungen, von Differentialgleichungen, oder mit Hilfe stochastischer Prozesse formuliert. Auch intensive Computersimulationen wurden durchgeführt. Die erzielten Resultate lieferten tatsächlich ein deutlich verbessertes Verständnis der ökologischen und evolutionären Prozesse, die lokale Anpassung und Artbildung begünstigen bzw. erschweren. Beispielhaft seien zwei Hauptresultate skizziert: (i) Wir zeigten wie bekannte Maße für genetische Differentiation entlang des Genoms variieren, wenn Migration lokaler Selektion entgegenwirkt. (ii) Im Gegensatz zu einer weit verbreiteten Meinung zeigten wir, dass sexuelle Selektion Artentstehung in räumlich strukturierten Populationen häufig nicht nur nicht begünstigt sondern sogar behindert, und teilweise getrennte Arten wieder zusammenführen kann.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Wien - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Yuan Lou, Ohio State University - Vereinigte Staaten von Amerika

Research Output

  • 808 Zitationen
  • 33 Publikationen
Publikationen
  • 2019
    Titel Eco-Evolutionary Feedbacks Between Predator’s Linkage Disequilibrium and Prey Densities Maintain Diversity
    DOI 10.1101/523720
    Typ Preprint
    Autor Patel S
    Seiten 523720
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Global Stability of Spatially Homogeneous Equilibria in Migration-Selection Models
    DOI 10.1137/15m1027504
    Typ Journal Article
    Autor Hofbauer J
    Journal SIAM Journal on Applied Mathematics
    Seiten 578-597
  • 2015
    Titel Global stability in diallelic migration–selection models
    DOI 10.1016/j.jmaa.2015.03.034
    Typ Journal Article
    Autor Hofbauer J
    Journal Journal of Mathematical Analysis and Applications
    Seiten 677-695
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Two-locus clines maintained by diffusion and recombination in a heterogeneous environment
    DOI 10.48550/arxiv.1808.03665
    Typ Preprint
    Autor Su L
  • 2018
    Titel Partitioning the Effects of Eco-Evolutionary Feedbacks on Community Stability
    DOI 10.1086/695834
    Typ Journal Article
    Autor Patel S
    Journal The American Naturalist
    Seiten 381-394
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Robust permanence for ecological equations with internal and external feedbacks
    DOI 10.1007/s00285-017-1187-5
    Typ Journal Article
    Autor Patel S
    Journal Journal of Mathematical Biology
    Seiten 79-105
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Two-locus clines on the real line with a step environment
    DOI 10.48550/arxiv.1708.03499
    Typ Preprint
    Autor Bürger R
  • 2017
    Titel Partitioning the Effects of Eco-Evolutionary Feedbacks on Community Stability
    DOI 10.1101/104505
    Typ Preprint
    Autor Patel S
    Seiten 104505
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Two-locus clines on the real line with a step environment
    DOI 10.1016/j.tpb.2017.08.002
    Typ Journal Article
    Autor Bürger R
    Journal Theoretical Population Biology
    Seiten 1-22
    Link Publikation
  • 2017
    Titel The Effects of Predator Evolution and Genetic Variation on Predator–Prey Population-Level Dynamics
    DOI 10.1007/s11538-017-0297-y
    Typ Journal Article
    Autor Cortez M
    Journal Bulletin of Mathematical Biology
    Seiten 1510-1538
  • 2017
    Titel Evolutionary dynamics in the two-locus two-allele model with weak selection
    DOI 10.1007/s00285-017-1140-7
    Typ Journal Article
    Autor Pontz M
    Journal Journal of Mathematical Biology
    Seiten 151-203
    Link Publikation
  • 2018
    Titel The Effects on Parapatric Divergence of Linkage between Preference and Trait Loci versus Pleiotropy
    DOI 10.3390/genes9040217
    Typ Journal Article
    Autor Servedio M
    Journal Genes
    Seiten 217
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Two-locus clines maintained by diffusion and recombination in a heterogeneous environment
    DOI 10.1016/j.jde.2018.12.022
    Typ Journal Article
    Autor Su L
    Journal Journal of Differential Equations
    Seiten 7909-7947
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Antagonistic coevolution between multiple quantitative traits: Matching dynamics can arise from difference interactions
    DOI 10.1101/509885
    Typ Preprint
    Autor Yamamichi M
    Seiten 509885
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Antagonistic coevolution between multiple quantitative traits: Matching dynamics can arise from difference interactions
    DOI 10.1002/1438-390x.12022
    Typ Journal Article
    Autor Yamamichi M
    Journal Population Ecology
    Seiten 362-370
    Link Publikation
  • 2019
    Titel Eco-evolutionary feedbacks between prey densities and linkage disequilibrium in the predator maintain diversity
    DOI 10.1111/evo.13785
    Typ Journal Article
    Autor Patel S
    Journal Evolution
    Seiten 1533-1548
    Link Publikation
  • 2014
    Titel The Effect of Linkage on Establishment and Survival of Locally Beneficial Mutations
    DOI 10.1534/genetics.114.163477
    Typ Journal Article
    Autor Aeschbacher S
    Journal Genetics
    Seiten 317-336
    Link Publikation
  • 2014
    Titel The consequences of dominance and gene flow for local adaptation and differentiation at two linked loci
    DOI 10.1016/j.tpb.2014.04.001
    Typ Journal Article
    Autor Akerman A
    Journal Theoretical Population Biology
    Seiten 42-62
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Clines with partial panmixia in an environmental pocket
    DOI 10.1016/j.tpb.2014.05.003
    Typ Journal Article
    Autor Nagylaki T
    Journal Theoretical Population Biology
    Seiten 24-32
  • 2014
    Titel Epistasis and natural selection shape the mutational architecture of complex traits
    DOI 10.1038/ncomms4709
    Typ Journal Article
    Autor Jones A
    Journal Nature Communications
    Seiten 3709
    Link Publikation
  • 2014
    Titel A survey of migration-selection models in population genetics
    DOI 10.3934/dcdsb.2014.19.883
    Typ Journal Article
    Autor Bürger R
    Journal Discrete and Continuous Dynamical Systems - B
    Seiten 883-959
    Link Publikation
  • 2014
    Titel A two-locus model of spatially varying stabilizing or directional selection on a quantitative trait
    DOI 10.1016/j.tpb.2014.03.002
    Typ Journal Article
    Autor Geroldinger L
    Journal Theoretical Population Biology
    Seiten 10-41
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Clines in quantitative traits: The role of migration patterns and selection scenarios
    DOI 10.1016/j.tpb.2014.10.006
    Typ Journal Article
    Autor Geroldinger L
    Journal Theoretical Population Biology
    Seiten 43-66
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Robust permanence for ecological equations with internal and external feedbacks
    DOI 10.48550/arxiv.1612.06554
    Typ Preprint
    Autor Patel S
  • 2016
    Titel The evolution of genomic islands by increased establishment probability of linked alleles
    DOI 10.1111/mec.13611
    Typ Journal Article
    Autor Yeaman S
    Journal Molecular Ecology
    Seiten 2542-2558
  • 2015
    Titel Clines with directional selection and partial panmixia in an unbounded unidimensional habitat
    DOI 10.3934/dcds.2015.35.1697
    Typ Journal Article
    Autor Su L
    Journal Discrete and Continuous Dynamical Systems
    Seiten 1697-1741
    Link Publikation
  • 2013
    Titel A Survey on Migration-Selection Models in Population Genetics
    DOI 10.48550/arxiv.1309.2576
    Typ Preprint
    Autor Bürger R
  • 2013
    Titel The consequences of gene flow for local adaptation and differentiation: A two-locus two-deme model
    DOI 10.48550/arxiv.1303.1374
    Typ Preprint
    Autor Akerman A
  • 2013
    Titel The effect of linkage on establishment and survival of locally beneficial mutations
    DOI 10.48550/arxiv.1311.6326
    Typ Preprint
    Autor Aeschbacher S
  • 2013
    Titel The consequences of gene flow for local adaptation and differentiation: a two-locus two-deme model
    DOI 10.1007/s00285-013-0660-z
    Typ Journal Article
    Autor Akerman A
    Journal Journal of Mathematical Biology
    Seiten 1135-1198
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Catch Me if You Can: Adaptation from Standing Genetic Variation to a Moving Phenotypic Optimum
    DOI 10.1534/genetics.115.178574
    Typ Journal Article
    Autor Matuszewski S
    Journal Genetics
    Seiten 1255-1274
    Link Publikation
  • 2015
    Titel The effects of sexual selection on trait divergence in a peripheral population with gene flow
    DOI 10.1111/evo.12762
    Typ Journal Article
    Autor Servedio M
    Journal Evolution
    Seiten 2648-2661
    Link Publikation
  • 2014
    Titel The counterintuitive role of sexual selection in species maintenance and speciation
    DOI 10.1073/pnas.1316484111
    Typ Journal Article
    Autor Servedio M
    Journal Proceedings of the National Academy of Sciences
    Seiten 8113-8118
    Link Publikation

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