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Elektronenwechselwirkung mit nanometergroßen Biomolekülen

Electron interaction with nano-sized biomolecular systems

Stephan Denifl (ORCID: 0000-0001-6072-2070)
  • Grant-DOI 10.55776/P22665
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 04.10.2010
  • Projektende 03.10.2015
  • Bewilligungssumme 263.220 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Physik, Astronomie (100%)

Keywords

    Electron ionization, Electron Attachment, DNA damage, Hydrated biomolecules

Abstract Endbericht

Die Auswirkungen der Bestrahlung von biologischem Gewebe sind sehr umfassend und beinhalten Prozesse von verschiedenster Natur, die in unterschiedlichen Zeitskalen ablaufen. Während zum Beispiel physikalische Prozesse wie die Wechselwirkung der Primärstrahlung mit Zellgewebe in <10-16 sec stattfinden, dauern Prozesse auf der biologischen Stufe bis zu Monate oder länger (beispielsweise das Wachstum von Tumoren). Die Primärstrahlung setzt durch die Wechselwirkung mit Zellkomponenten große Mengen von sekundären Teichen frei (Elektronen, Ionen und neutrale Radikale). Dabei spielen Sekundärelektronen mit einer maximalen kinetischen Energie von ca. einigen 10 eV aufgrund ihrer Häufigkeit eine sehr wichtige Rolle. Sekundärelektronen verlieren in einer Serie von inleastischen Streuprozessen ihre kinetische Energie bevor sie thermalisieren und mit im Zellgewebe vorhandenem Wasser einen gebundenen Zustand eingehen. In diesem Projekt werden wir den schädigenden Effekt von Elektronen mit kinetischen Energien von bis zu 50 eV in der Wechselwirkung mit komplexen DNA Bausteinen wie Nukleosiden und Nukleotiden, die von Wassermolekülen umgeben sind, untersuchen. Allgemein wird die Elektronenionisation als "harte" Ionisierungsmethode bezeichnet, da bei der Ionisierung eines isolierten Moleküls in der Gasphase häufig eine starke Fragmentierung auftritt. Unser Ziel ist herauszufinden, ob durch die Hydratisierung eine durch Elektronenstoß induzierte Fragmentierung von DNA Bausteinen durch eine rasche Energieabgabe an Wassermoleküle abgeschwächt werden kann. Dabei stellt sich die Frage welcher Grad der Hydratisierung für diesen Effekt benötigt wird. Durch eine Massentrennung der mittels Elektrospray erzeugten hydratisierten Biomolekülionen vor dem Elektronenstoß kann dieser hier bestimmt werden. Im zweiten Teil des Projektes verwenden wir Elektronen mit kinetischen Energien unterhalb der Ionisierungsschwelle, d.h. Elektronen können sich an Moleküle anlagern und temporäre negative Ionen bilden. Diese Anionen können durch Emission des Überschusselektrons wieder zerfallen; das Molekül kann aber auch dissoziieren. In einem früheren Experiment wurde eine schwerwiegende Schädigung eines Plasmid-DNA Films in Form von DNA-Strangbrüchen bei Bestrahlung mit niederenergetischen Elektronen festgestellt. Der Schädigungsprozess auf der molekularen Ebene ist bis heute noch nicht vollständig geklärt, wobei es aber einige theoretische Vorhersagen gibt, die experimentell zu verifizieren sind. Hier werden wir Elektronenanlagerung an Nukleotide als Funktion der kinetischen Energie der Elektronen untersuchen und die gebildeten Anionen detektieren. Durch eine Massenselektion mit einem doppelfokussierenden Massenspektrometer lässt sich dabei feststellen, mit welcher Effizienz die Bindung zwischen der Zucker- und Phosphateinheit im Nukleotid gebrochen wird, was dem Bruch eines DNA-Strangs gleichzusetzen ist.

Die Strahlenschädigung von biologischem Gewebe durch ionisierende Strahlung basiert auf Prozessen von verschiedenster Natur. Diese Prozesse laufen auf stark unterschiedlichen Zeitskalen ab. Während zum Beispiel auf der sogenannten physikalischen Ebene die Wechselwirkung der Primärstrahlung mit Zellgewebe in <10-16 s stattfindet, dauern Prozesse auf der biologischen Stufe bis zu Monate oder länger (beispielsweise der Wachstum von Tumoren). Die Primärstrahlung setzt durch die Wechselwirkung mit Zellkomponenten große Mengen von sekundären Teichen frei (Elektronen, Ionen und neutrale Radikale). Dabei spielen Sekundärelektronen mit einer maximalen kinetischen Energie von ca. einigen 10 Elektronenvolt aufgrund ihrer Häufigkeit eine sehr wichtige Rolle. Im diesem abgeschlossenen Projekt haben wir die Wechselwirkung zwischen Elektronen mit solchen kinetischen Energien und Biomolekülen untersucht.Dabei wurden im Laufe des Projektes im Wesentlichen zwei Gruppen von zellrelevanten Biomolekülen in der Gasphase untersucht, (i) Bausteine der DNA und (ii) Bausteine der Proteine. Dabei stellte sich heraus, daß mit der schrittweisen Erhöhung der Komplexität der Moleküle wertvolle Erkenntnisse hinsichtlich der Stabilität von Biomolekülen gegenüber niederenergetischen Elektronen gewonnen werden können. Dies wurde zum Beispiel im Fall von Aminosäuren ersichtlich, wo neben einzelnen Aminosäuren auch das Dipeptid Di-Alanin (zwei kondensierte Alaninmoleküle) und das Tripeptid Tri-alanin (drei kondensierte Alaninmoleküle) untersucht wurden. Dabei stellte sich heraus, daß die Messergebnisse bei den kondensierten Systemen durch die für die Einzelbausteine gewonnenen Erkenntnisse richtig interpretiert werden konnten. Generell konnten wir in diesem Projekt zeigen, daß der selektive Bruch von molekularen Bindungen durch niederenergetische Elektronen auch bei den komplexeren Systemen aufrecht erhalten bleibt, was für die Strahlenschädigung auf molekularer Ebene durch sekundäre Elektronen ein entscheidender Faktor ist. Andererseits wurden bei Nukleobasen auch Reaktionswege gefunden, die zwar hinsichtlich der Molekülphysik höchst bemerkenswert sind, aber aufgrund der beobachteten langen Reaktionsdauer keine effizienten Reaktionen bei der Strahlenschädigung darstellen. Zusammengefasst hat das Projekt ganz wesentlich zum Verständnis des Zerfalls von biomolekularen Ionen, die durch Elektronenwechselwirkung erzeugt wurden, beigetragen und der wichtige Schritt von isolierten Bausteinen zu kondensierten komplexeren Systemen konnte vollzogen werden.

Forschungsstätte(n)
  • Universität Innsbruck - 100%
Internationale Projektbeteiligte
  • Hans Eugen Illenberger, Freie Universität Berlin - Deutschland
  • Steen Brøndsted Nielsen, Aarhus University - Dänemark
  • Paulo Limao-Vieira, Universidade Nova de Lisboa - Portugal

Research Output

  • 629 Zitationen
  • 34 Publikationen
Publikationen
  • 2022
    Titel On the privacy of mental health apps
    DOI 10.1007/s10664-022-10236-0
    Typ Journal Article
    Autor Iwaya L
    Journal Empirical Software Engineering
    Seiten 2
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Reactions in Nitroimidazole and Methylnitroimidazole Triggered by Low-Energy (0–8 eV) Electrons
    DOI 10.1021/acs.jpca.5b02721
    Typ Journal Article
    Autor Tanzer K
    Journal The Journal of Physical Chemistry A
    Seiten 6668-6675
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Low energy electron attachment to cyanamide (NH2CN)
    DOI 10.1063/1.4905500
    Typ Journal Article
    Autor Tanzer K
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 034301
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Decomposition of nitroimidazole ions: experiment and theory
    DOI 10.1039/c5cp01014d
    Typ Journal Article
    Autor Feketeová L
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 12598-12607
    Link Publikation
  • 2015
    Titel Dissociative electron attachment to the gas-phase nucleobase hypoxanthine
    DOI 10.1063/1.4921388
    Typ Journal Article
    Autor Dawley M
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 215101
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Hydroperoxyl radical and formic acid formation from common DNA stabilizers upon low energy electron attachment
    DOI 10.1039/c7cp07697e
    Typ Journal Article
    Autor Ribar A
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 5578-5585
    Link Publikation
  • 2017
    Titel High-energy collision-induced dissociation of histidine ions [His + H]+ and [His - H]- and histidine dimer [His2 + H]+
    DOI 10.1002/rcm.8027
    Typ Journal Article
    Autor Khreis J
    Journal Rapid Communications in Mass Spectrometry
    Seiten 113-120
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Stripping off hydrogens in imidazole triggered by the attachment of a single electron
    DOI 10.1039/c6cp08773f
    Typ Journal Article
    Autor Ribar A
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 6406-6415
  • 2017
    Titel Resonante Bildung von Strangbrüchen in sensibilisierten Oligonukleotiden induziert durch niederenergetische Elektronen (0.5–9.0 eV)
    DOI 10.1002/ange.201705504
    Typ Journal Article
    Autor Schürmann R
    Journal Angewandte Chemie
    Seiten 11094-11098
  • 2017
    Titel Isomer Selectivity in Low-Energy Electron Attachment to Nitroimidazoles
    DOI 10.1002/chem.201702644
    Typ Journal Article
    Autor Ribar A
    Journal Chemistry – A European Journal
    Seiten 12892-12899
    Link Publikation
  • 2017
    Titel Resonant Formation of Strand Breaks in Sensitized Oligonucleotides Induced by Low-Energy Electrons (0.5–9 eV)
    DOI 10.1002/anie.201705504
    Typ Journal Article
    Autor Schürmann R
    Journal Angewandte Chemie International Edition
    Seiten 10952-10955
    Link Publikation
  • 2020
    Titel Inactivation-mimicking block of the epithelial calcium channel TRPV6
    DOI 10.1126/sciadv.abe1508
    Typ Journal Article
    Autor Bhardwaj R
    Journal Science Advances
    Link Publikation
  • 2019
    Titel The Role of Low-Energy Electrons in DNA Radiation Damage
    DOI 10.1201/9780429058820-6
    Typ Book Chapter
    Autor Bald I
    Verlag Taylor & Francis
    Seiten 285-340
  • 2014
    Titel Low-energy electron interactions with dimethyl disulphide
    DOI 10.1016/j.cplett.2014.05.016
    Typ Journal Article
    Autor Matias C
    Journal Chemical Physics Letters
    Seiten 71-76
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Low energy electron attachment to platinum(II) bromide (PtBr2)
    DOI 10.1016/j.ijms.2013.11.016
    Typ Journal Article
    Autor Tanzer K
    Journal International Journal of Mass Spectrometry
    Seiten 152-156
  • 2014
    Titel Electron ionization of the nucleobases adenine and hypoxanthine near the threshold: a combined experimental and theoretical study
    DOI 10.1039/c4cp03452j
    Typ Journal Article
    Autor Dawley M
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 25039-25053
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Hydrogen loss in aminobutanoic acid isomers by the s* resonance formed in electron capture
    DOI 10.1088/1367-2630/14/4/043017
    Typ Journal Article
    Autor Vizcaino V
    Journal New Journal of Physics
    Seiten 043017
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Formation and Decay of the Dehydrogenated Parent Anion upon Electron Attachment to Dialanine
    DOI 10.1002/chem.201102433
    Typ Journal Article
    Autor Gschliesser D
    Journal Chemistry – A European Journal
    Seiten 4613-4619
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Reaktionen in Nitroimidazol, ausgelöst durch niederenergetische (0–2 eV) Elektronen: Methylierung an N1-H blockiert die Reaktivität
    DOI 10.1002/ange.201407452
    Typ Journal Article
    Autor Tanzer K
    Journal Angewandte Chemie
    Seiten 12437-12440
  • 2014
    Titel Dissociative electron attachment and dipolar dissociation in ethylene
    DOI 10.1016/j.ijms.2014.01.006
    Typ Journal Article
    Autor Szymanska E
    Journal International Journal of Mass Spectrometry
    Seiten 356-364
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Bond cleavage reactions in the tripeptide trialanine upon free electron capture
    DOI 10.1140/epjd/e2014-40815-2
    Typ Journal Article
    Autor Puschnigg B
    Journal The European Physical Journal D
    Seiten 119
  • 2014
    Titel Reactions in Nitroimidazole Triggered by Low-Energy (0–2 eV) Electrons: Methylation at N1-H Completely Blocks Reactivity
    DOI 10.1002/anie.201407452
    Typ Journal Article
    Autor Tanzer K
    Journal Angewandte Chemie International Edition
    Seiten 12240-12243
    Link Publikation
  • 2016
    Titel Dissociative Electron Attachment to the Nitroamine HMX (Octahydro-1,3,5,7-Tetranitro-1,3,5,7-Tetrazocine)
    DOI 10.48550/arxiv.1605.00374
    Typ Preprint
    Autor Postler J
  • 2013
    Titel Formation of cations and anions upon electron interaction with (doped) helium droplets
    DOI 10.1140/epjst/e2013-01984-x
    Typ Journal Article
    Autor Denifl S
    Journal The European Physical Journal Special Topics
    Seiten 2017-2033
  • 2013
    Titel Electron attachment to the dipeptide dialanine: influence of methylation on site selective dissociation reactions
    DOI 10.1039/c3cp44230f
    Typ Journal Article
    Autor Puschnigg B
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 3834-3840
  • 2013
    Titel Radiation damage of biomolecules (RADAM) database development: current status
    DOI 10.1088/1742-6596/438/1/012016
    Typ Journal Article
    Autor Denifl S
    Journal Journal of Physics: Conference Series
    Seiten 012016
    Link Publikation
  • 2013
    Titel NCO–, a Key Fragment Upon Dissociative Electron Attachment and Electron Transfer to Pyrimidine Bases: Site Selectivity for a Slow Decay Process
    DOI 10.1007/s13361-013-0715-9
    Typ Journal Article
    Autor Da Silva F
    Journal Journal of The American Society for Mass Spectrometry
    Seiten 1787-1797
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Dissociative Electron Attachment to the Nitroamine HMX (Octahydro-1,3,5,7-Tetranitro-1,3,5,7-Tetrazocine)
    DOI 10.1007/s13361-013-0588-y
    Typ Journal Article
    Autor Postler J
    Journal Journal of The American Society for Mass Spectrometry
    Seiten 744-752
    Link Publikation
  • 2013
    Titel N-site de-methylation in pyrimidine bases as studied by low energy electrons and ab initio calculations
    DOI 10.1039/c3cp50548k
    Typ Journal Article
    Autor Almeida D
    Journal Physical Chemistry Chemical Physics
    Seiten 11431-11440
    Link Publikation
  • 2018
    Titel Dissociation of methyl formate (HCOOCH3) molecules upon low-energy electron attachment
    DOI 10.1051/0004-6361/201732293
    Typ Journal Article
    Autor Feketeová L
    Journal Astronomy & Astrophysics
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Bond dissociation of the dipeptide dialanine and its derivative alanine anhydride induced by low energy electrons
    DOI 10.1063/1.3544217
    Typ Journal Article
    Autor Alizadeh E
    Journal The Journal of Chemical Physics
    Seiten 054305
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Dissociative Electron Attachment to ß-Alanine
    DOI 10.1002/cphc.201001014
    Typ Journal Article
    Autor Vizcaino V
    Journal ChemPhysChem
    Seiten 1272-1279
    Link Publikation
  • 2011
    Titel The Role of Secondary Electrons in Radiation Damage
    DOI 10.1007/978-94-007-2564-5_2
    Typ Book Chapter
    Autor Denifl S
    Verlag Springer Nature
    Seiten 45-58
  • 1972
    Titel Lack of relationship between the degree of induced gingival hyperplasia and the concentration of diphenylhydantoin in various tissues of ferrets.
    DOI 10.1177/00220345720510026801
    Typ Journal Article
    Autor Alvarez J
    Journal Journal of dental research
    Seiten 657-62

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