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Informationsmaße zur Charakterisierung von Netzwerken

Information Measures to Characterize Networks

Matthias Dehmer (ORCID: 0000-0001-8454-5857)
  • Grant-DOI 10.55776/P22029
  • Förderprogramm Einzelprojekte
  • Status beendet
  • Projektbeginn 01.03.2010
  • Projektende 28.02.2014
  • Bewilligungssumme 308.658 €
  • Projekt-Website

Wissenschaftsdisziplinen

Chemie (25%); Mathematik (75%)

Keywords

    Information Measures, Complex Networks, Chemical Graph Theory, Structural Complexity, Chemometrics, Information Theory

Abstract Endbericht

Für die Modellierung von komplexen realen Systemen sind netzwerk-basierte Ansätze zur Zeit allgegenwärtig. Da sich herausgestellt hat das komplexe Netzwerke oft charakteristische Strukturmuster aufweisen, sind nicht nur reine Zufallsgraphenmodelle für die Modellierung solcher Systeme von Bedeutung. Weiter folgt daraus das Methoden zur strukturellen Analyse von Netzwerken eine große Wichtigkeit besitzen. Der Schwerpunkt dieses Forschungsantrags liegt auf der Charakterisierung von Graphen. Allgemein wird darunter die Beschreibung der strukturellen Graphkomplexität auf Basis bestimmter Eigenschaften oder graphen-theoretischer Maße verstanden. Eine Möglichkeit zur Graph-Charakterisierung besteht in der Anwendung von Shannon-Informationsmaßen, wobei zunächst eine Wahrscheinlichkeitsverteilung basierend auf strukturellen Grapheigenschaften inferiert wird. Solche Informationsmaße für Netzwerke charakterisieren die Graphtopologie als strukturellen Informationsinhalt welche auch oft als Komplexitätsmaße für Graphen interpretiert werden. Jedoch wirkt sich die ungünstige Berechnungskomplexität einiger klassischer Informationsmaße oft negativ auf die Realisierung potentieller Anwendungen aus. Abgesehen von der Herausforderung effiziente Maße zu entwickeln, besteht ein großes Interesse mathematische Eigenschaften und Beziehungen solcher Komplexitätsmaße zu untersuchen. Bezüglich der bekannten Informationsmaße, die oft in der mathematischen Chemie zur Charakterisierung chemischer Strukturen eingesetzt werden, sind solche Eigenschaften noch fast gänzlich unbekannt. Das geplante Forschungsprojekt verfolgt zwei wesentliche Ziele: Zunächst sollen mathematische Eigenschaften von netzwerk-basierten Informationsmaßen untersucht werden. Die Resultate werden dann verwendet um bestehende Anwendungen zur Untersuchung von Beziehungen zwischen einer charakteristischen Eigenschaft einer Substanz mit seiner chemischen Struktur zu verbessern. Hierbei liegt das Hauptziel in der Anwendung neuer und bekannter Informationsmaße auf große Datenbanken um chemische Strukturen aussagekräftig zu charakterisieren.

Dieses Projekt behandelt die strukturelle Netzwerk-Charakterisierung mit informations-theoretischen Maßen. Quantitative Netzwerk-Charakterisierung kann generell als das Problem der Ableitung charakteristischer (struktureller) Eigenschaften verstanden werden. In unserem Fall verwendeten wir entropische Maße wie verschiedene Graph-Entropien. Unter Verwendung von informations-theoretischen Methoden erhält man eine Wahrscheinlichkeitsverteilung für die Struktur eines Netzwerks. Eine immer noch eine komplizierte Frage ist, welche Art von struktureller Komplexität ein gegebenes Maß erfasst. Dieses Projekt hatte zwei wesentliche Ziele: Erstens die Erforschung des mathematischen Apparates und zweitens, (idealerweise) diese Ergebnisse in der Chemieinformatik und für QSPR (Quantitative Struktur-Eigenschafts Beziehungen) anzuwenden.Der erste Teil befasste sich mit dem Beweisen neuer Beziehungen zwischen informations-theoretischen Maßen. Da sehr viele Maße entwickelt worden sind, ist diese Fragestellung nicht trivial. Es wurde auch ein Framework für probabilistische Ungleichungen (für Graphen) entwickelt, welches faszinierende Ergebnisse brachte. Zusätzlich wurden extremale Eigenschaften von informations-theoretischen Graph-Maßen untersucht was sehr schwierig war. Zusammengefasst haben wir neue Erkenntnisse für die Bestimmung der strukturellen Komplexität von Graphen erhalten. Das Problem ist für viele Anwendungsgebiete (z.B. Internet, Biologie, Chemie, etc.) relevant.Ein weiteres Problem in diesem Projekt betraf die Eindeutigkeit dieser informations-theoretischen Graph-Maße. Mit anderen Worten erforschten wir die Fähigkeit der Maße um Graphen strukturell zu unterscheiden. Das Ergebnis ist, dass die meisten bekannten Maße nicht eindeutig auf erschöpfend generierten Graphen sind. Einige waren jedoch hoch diskriminierend. Diese Erkenntnis kann verwendet werden um Graph-Isomorphie zu bestimmen oder eindeutige Fingerprints von Graphen zu erstellen. Zusammengefasst haben die Ergebnisse signifikant dazu beigetragen haben, eine Informationstheorie für Netzwerke zu entwickeln.Die erzielten Ergebnisse verwendeten wir um die Maße für die Anwendung in der Chemoinformatik und Chemometrik zu untersuchen. Wir fanden interessante und wichtige Eigenschaften von Deskriptoren, welche dazu verwendet werden können um effizientere Anwendungen in den genannten Gebieten zu designen. Eine wichtige Entdeckung ist, dass die meisten der verfügbaren molekularen Deskriptoren (insb. strukturelle Deskriptoren) strukturelle Information sehr ähnlich abbilden und damit überflüssig sein könnten. Dieses Ergebnis brachte die Frage auf, wie nützlich molekulare Deskriptoren sind.

Forschungsstätte(n)
  • Priv.-Univ. für Gesundheitswissenschaften, Medizinische Informatik und Technik - 94%
  • Technische Universität Wien - 6%
Nationale Projektbeteiligte
  • Kurt Varmuza, Technische Universität Wien , assoziierte:r Forschungspartner:in

Research Output

  • 738 Zitationen
  • 39 Publikationen
Publikationen
  • 2010
    Titel Network analysis using a novel highly discriminating topological index
    DOI 10.1002/cplx.20363
    Typ Journal Article
    Autor Diudea M
    Journal Complexity
    Seiten 32-39
  • 2010
    Titel A Symmetry Index for Graphs.
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Symmetry: Culture and Science
  • 2012
    Titel Structural Discrimination of Networks by Using Distance, Degree and Eigenvalue-Based Measures
    DOI 10.1371/journal.pone.0038564
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2012
    Titel On the number of transversals in random trees
    DOI 10.46298/dmtcs.2990
    Typ Journal Article
    Autor Gittenberger B
    Journal Discrete Mathematics & Theoretical Computer Science
    Link Publikation
  • 2014
    Titel The gene regulatory network for breast cancer: integrated regulatory landscape of cancer hallmarks
    DOI 10.3389/fgene.2014.00015
    Typ Journal Article
    Autor Emmert-Streib F
    Journal Frontiers in Genetics
    Seiten 15
    Link Publikation
  • 2014
    Titel Probabilistic inequalities for evaluating structural network measures
    DOI 10.1016/j.ins.2014.07.018
    Typ Journal Article
    Autor Kraus V
    Journal Information Sciences
    Seiten 220-245
  • 2014
    Titel The Uniqueness of -Matrix Graph Invariants
    DOI 10.1371/journal.pone.0083868
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2012
    Titel RMol: a toolset for transforming SD/Molfile structure information into R objects
    DOI 10.1186/1751-0473-7-12
    Typ Journal Article
    Autor Grabner M
    Journal Source Code for Biology and Medicine
    Seiten 12
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Uniquely Discriminating Molecular Structures Using Novel.
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal MATCH: Communications in Mathematical and in Computer Chemistry
  • 2012
    Titel An efficient heuristic approach to detecting graph isomorphism based on combinations of highly discriminating invariants
    DOI 10.1007/s10444-012-9281-0
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Advances in Computational Mathematics
    Seiten 311-325
  • 2012
    Titel Entropy and the Complexity of Graphs Revisited
    DOI 10.3390/e14030559
    Typ Journal Article
    Autor Mowshowitz A
    Journal Entropy
    Seiten 559-570
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Location of Zeros of Wiener and Distance Polynomials
    DOI 10.1371/journal.pone.0028328
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Redundancy analysis for characterizing the correlation between groups of variables - Applied to molecular descriptors
    DOI 10.1016/j.chemolab.2011.05.013
    Typ Journal Article
    Autor Varmuza K
    Journal Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems
    Seiten 31-41
  • 2012
    Titel On Extremal Properties of Graph Entropies.
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal MATCH: Communications in Mathematical and in Computer Chemistry
  • 2012
    Titel Recent Developments in Quantitative Graph Theory: Information Inequalities for Networks
    DOI 10.1371/journal.pone.0031395
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Exploring Statistical and Population Aspects of Network Complexity
    DOI 10.1371/journal.pone.0034523
    Typ Journal Article
    Autor Emmert-Streib F
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2012
    Titel The Discrimination Power of Molecular Identication Numbers Revisited.
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal MATCH: Communications in Mathematical and in Computer Chemistry
  • 2012
    Titel Network-Based Methods for Computational Diagnostics by Means of R
    DOI 10.1007/978-3-7091-0947-2_11
    Typ Book Chapter
    Autor Mueller L
    Verlag Springer Nature
    Seiten 185-197
  • 2014
    Titel Netmes: Assessing Gene Network Inference Algorithms by Network-Based Measures
    DOI 10.4137/ebo.s13481
    Typ Journal Article
    Autor Altay G
    Journal Evolutionary Bioinformatics
    Link Publikation
  • 2013
    Titel MULTIVARIATE LINEAR QSPR/QSAR MODELS: RIGOROUS EVALUATION OF VARIABLE SELECTION FOR PLS
    DOI 10.5936/csbj.201302007
    Typ Journal Article
    Autor Varmuza K
    Journal Computational and Structural Biotechnology Journal
    Seiten 1-10
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Enhancing systems medicine beyond genotype data by dynamic patient signatures: having information and using it too
    DOI 10.3389/fgene.2013.00241
    Typ Journal Article
    Autor Emmert-Streib F
    Journal Frontiers in Genetics
    Seiten 241
    Link Publikation
  • 2013
    Titel On Sphere-Regular Graphs and the Extremality of Information-Theoretic Network Measures.
    Typ Journal Article
    Autor Kraus V
    Journal MATCH: Communications in Mathematical and in Computer Chemistry
  • 2013
    Titel [COMMODE] a large-scale database of molecular descriptors using compounds from PubChem
    DOI 10.1186/1751-0473-8-22
    Typ Journal Article
    Autor Dander A
    Journal Source Code for Biology and Medicine
    Seiten 22
    Link Publikation
  • 2013
    Titel The Discrimination Power of Structural SuperIndices
    DOI 10.1371/journal.pone.0070551
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Large-scale analysis of structural branching measures
    DOI 10.1007/s10910-013-0294-9
    Typ Journal Article
    Autor Schutte M
    Journal Journal of Mathematical Chemistry
    Seiten 805-819
  • 2014
    Titel A computational approach to construct a multivariate complete graph invariant
    DOI 10.1016/j.ins.2013.11.008
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Information Sciences
    Seiten 200-208
  • 2012
    Titel Towards Information Inequalities for Generalized Graph Entropies
    DOI 10.1371/journal.pone.0038159
    Typ Journal Article
    Autor Sivakumar L
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2012
    Titel Information Indices with High Discriminative Power for Graphs
    DOI 10.1371/journal.pone.0031214
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Generalized graph entropies
    DOI 10.1002/cplx.20379
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Complexity
    Seiten 45-50
  • 2011
    Titel Connections between Classical and Parametric Network Entropies
    DOI 10.1371/journal.pone.0015733
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2011
    Titel On Distance-Based Entropy Measures.
    Typ Book Chapter
    Autor Dehmer M
  • 2011
    Titel Structural Measures for Network Biology Using QuACN
    DOI 10.1186/1471-2105-12-492
    Typ Journal Article
    Autor Mueller L
    Journal BMC Bioinformatics
    Seiten 492
    Link Publikation
  • 2011
    Titel Quantifying Structural Complexity of Graphs: Information Measures in Mathematical Chemistry.
    Typ Book Chapter
    Autor Dehmer M
  • 2011
    Titel Information Theory of Networks
    DOI 10.3390/sym3040767
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal Symmetry
    Seiten 767-779
    Link Publikation
  • 2013
    Titel B-cell lymphoma gene regulatory networks: biological consistency among inference methods
    DOI 10.3389/fgene.2013.00281
    Typ Journal Article
    Autor De Matos Simoes R
    Journal Frontiers in Genetics
    Seiten 281
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Quantitative Network Measures as Biomarkers for Classifying Prostate Cancer Disease States: A Systems Approach to Diagnostic Biomarkers
    DOI 10.1371/journal.pone.0077602
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 2013
    Titel Large-Scale Evaluation of Molecular Descriptors by Means of Clustering
    DOI 10.1371/journal.pone.0083956
    Typ Journal Article
    Autor Dehmer M
    Journal PLoS ONE
    Link Publikation
  • 0
    Titel Advances in Network complexity.
    Typ Other
    Autor Dehmer M
  • 0
    Titel Statistical Modeling of Molecular Descriptors in QSAR/QSPR.
    Typ Other
    Autor Bonchev D Et Al

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